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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 【求助】晶体中手性的问题？高人请进，金币不是问题！！！
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baiyuefei

版主 (文学泰斗)

[交流] 【求助】晶体中手性的问题？高人请进，金币不是问题！！！

自己合成出一个新的有机化合物，含有一个手性中心，未经拆分即为
消旋体（R和S的混合物），将这个消旋体进行单晶培养，并进行了测量。

疑问1：这个单晶是单纯的R体？单纯的S体？还是消旋体（R和S的混合物）？
      该怎么鉴别呢？

    2： 我个人怀疑我的这个单晶为消旋体（R和S的混合物），我还想拿其发文章，JMS期刊的（拿混旋体发文章可以吗？），但很害怕审稿人问手性的问题，到时候确实不知道怎么回答才好。

高手帮帮我吧，很是担心，怎么解决？怎么回答好呢？
以前为过类似问题，可始终没有准确答案。
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1楼 2011-03-08 18:51:37
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hardy2709

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by vink at 2011-03-10 17:24:30:
这个没关系吗，不嫌麻烦就测一下旋光，各向异性等性质。嫌麻烦就看看你的单晶数据就行了，手性晶体解出来是手性空间群吗，看看不就成了。是手性就看看FLACK参数，不是就直接正常处理了。

这个空间群具有手性，不一定该晶体具有手性
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13楼2011-03-10 18:27:30
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zhaoyangqufu

至尊木虫 (知名作家)
★
wsht212(金币+1): 2011-03-11 21:32:31
引用回帖:
Originally posted by baiyuefei at 2011-03-10 17:46:47:
那您的意思就是这两个单晶数据都没有Flanck参数了？
不过我有一点不是太明白：我培养时确实是拿混旋体培养的单晶，那么培养出来的单晶肯定是单纯的R体或单纯的S体或R和S的混合体这三种情况中的一种吧？

我的 ...

就空间群来说，你的晶体应该不是手性化合物，所以找不到Flack参数也就很正常了。
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14楼2011-03-10 18:35:50
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zqfkkd

铁杆木虫 (正式写手)
★
baiyuefei(金币+5): 2011-03-11 20:26:46
wsht212(金币+1): 2011-03-11 21:32:10
从晶体的消光规律可以判断手性，但要求分子中含重原子(>Si)。如果不含重原子，则Falck参数意义不大。从你给出的这两个空间群来看，都是非手性的，所以应是消旋的晶体。
   如果从晶体不能判断手性，则最好采用其他测试方法。如CD、旋光仪等，以最终确定晶体是否有手性。但要注意，单棵晶体的手性和大量晶体的手性也不是一个概念。
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22楼2011-03-11 09:23:32
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普通回帖

老孟-科比

金虫 (小有名气)
太难了  问问导师吧
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2楼2011-03-08 22:08:50
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baiyuefei

版主 (文学泰斗)
引用回帖:
Originally posted by 老孟-科比 at 2011-03-08 22:08:50:
太难了  问问导师吧

老师更不会，垃圾的很，我都气愤了
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3楼2011-03-09 09:16:22
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老孟-科比

金虫 (小有名气)
baiyuefei(金币+2): 2011-03-10 17:40:04
同情你啊  如果你弄好了 估计会发个高影响因子的文章啊
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4楼2011-03-09 10:21:34
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zhaoyangqufu

至尊木虫 (知名作家)
★
baiyuefei(金币+10): 2011-03-10 17:40:20
wsht212(金币+1): 2011-03-11 21:33:23
请问单晶结构解析好了吗？Flack参数是多少？根据这个参数可以知道你的绝对构型对不对。另外，在偏光显微镜下你可以根据颜色或者其它物理性质初步判断其手性。或者做CD光谱，更为有说服力！
以上仅为个人见解，如有不妥，请见谅。
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5楼2011-03-09 20:06:43
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baiyuefei

版主 (文学泰斗)
引用回帖:
Originally posted by zhaoyangqufu at 2011-03-09 20:06:43:
请问单晶结构解析好了吗？Flack参数是多少？根据这个参数可以知道你的绝对构型对不对。另外，在偏光显微镜下你可以根据颜色或者其它物理性质初步判断其手性。或者做CD光谱，更为有说服力！
以上仅为个人见解，如 ...

Flack参数在那里找呢？那个是呢？
解析好了，非常感谢你
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6楼2011-03-09 20:23:04
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xuanyuanjie

至尊木虫 (职业作家)
★
baiyuefei(金币+10): 2011-03-10 17:40:34
wsht212(金币+1): 2011-03-11 21:33:29
做单晶的CD谱。原则上，如果是单一手型那么不管是几颗晶体其CD谱没有变化，而外消旋体会随着晶体数量的增加趋向于没有CD谱信号。
大致步骤：先挑一颗单晶看看绝对构型是R还是S，再挑两颗再看看是不是外消旋体。然后是3颗、4颗。。。数量增加多来几次，最后如果偶数颗单晶（数量多一些，比方100颗以上）是外消旋那就是R和S的混合物。
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7楼2011-03-10 00:03:29
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hardy2709

木虫 (小有名气)
★
baiyuefei(金币+5): 2011-03-10 17:40:42
wsht212(金币+1): 2011-03-11 21:33:34
做个固体的CD谱，颗数为奇数，有条件在做一下，紫外，比较一下这两个图谱就可以确定
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8楼2011-03-10 09:54:39
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vink

木虫 (著名写手)
★
baiyuefei(金币+20): ？？ 2011-03-10 17:39:30
wsht212(金币+1): 2011-03-11 21:33:42
这个没关系吗，不嫌麻烦就测一下旋光，各向异性等性质。嫌麻烦就看看你的单晶数据就行了，手性晶体解出来是手性空间群吗，看看不就成了。是手性就看看FLACK参数，不是就直接正常处理了。
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9楼2011-03-10 17:24:30
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baiyuefei

版主 (文学泰斗)
引用回帖:
Originally posted by vink at 2011-03-10 17:24:30:
这个没关系吗，不嫌麻烦就测一下旋光，各向异性等性质。嫌麻烦就看看你的单晶数据就行了，手性晶体解出来是手性空间群吗，看看不就成了。是手性就看看FLACK参数，不是就直接正常处理了。

我做个两个单晶，数据如下：这两个都是手性空间群吗？是手性分子吗？分别看了cif何LST，为找到Flank参数啊，新手请多多指教。
（我是拿两个消旋体培养的单晶并进行了测量，不知测得的单晶是R ,S 还是R和S混合体）
1

_symmetry_cell_setting            Monoclinic
_symmetry_space_group_name_H-M    'C 2/c'
_symmetry_space_group_name_Hall   '-C 2yc'

2
_symmetry_cell_setting            Trigonal
_symmetry_space_group_name_H-M    R-3
_symmetry_space_group_name_Hall   '-R 3'
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10楼2011-03-10 17:31:22
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rebuild8586

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by baiyuefei at 2011-03-10 17:31:22:
我做个两个单晶，数据如下：这两个都是手性空间群吗？是手性分子吗？分别看了cif何LST，为找到Flank参数啊，新手请多多指教。
（我是拿两个消旋体培养的单晶并进行了测量，不知测得的单晶是R ,S 还是R和S混合体 ...

我记得 C2/c 和 R-3 都不是手性群。
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11楼2011-03-10 17:39:06
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baiyuefei

版主 (文学泰斗)
引用回帖:
Originally posted by rebuild8586 at 2011-03-10 17:39:06:
我记得 C2/c 和 R-3 都不是手性群。

那您的意思就是这两个单晶数据都没有Flanck参数了？
不过我有一点不是太明白：我培养时确实是拿混旋体培养的单晶，那么培养出来的单晶肯定是单纯的R体或单纯的S体或R和S的混合体这三种情况中的一种吧？

我的这两个单晶到底时那种呢？我该如何去看呢？

这两个单晶的cif在Check网站核查时，均提示我均是R体。对吗？我不因该相信吧？可我有不知如何去看属于三种情况中的那种。
望高手帮帮我啊？
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12楼2011-03-10 17:46:47
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xuanyuanjie

至尊木虫 (职业作家)
★
wsht212(金币+1): 2011-03-11 21:32:42
在cif文件中是这两行：

'Flack H D (1983), Acta Cryst. A39, 876-881'
_refine_ls_abs_structure_Flack    -0.06(8)

Flack 因子接近0，绝对构型正确；接近1绝对构型定反需要翻转；在0.5左右可能是倒反孪晶。

根据我的经验你的问题不是绝对构型是否定对，而是是否存在共结晶的问题。
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15楼2011-03-10 18:39:04
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baiyuefei

版主 (文学泰斗)
引用回帖:
Originally posted by zhaoyangqufu at 2011-03-10 18:35:50:
就空间群来说，你的晶体应该不是手性化合物，所以找不到Flack参数也就很正常了。

如果投文章时，审稿人问到我的晶体究竟是R，S还是R和S的混合体？我该如何回答呢？
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16楼2011-03-10 19:14:03
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zhaoyangqufu

至尊木虫 (知名作家)
wsht212: 谢谢交流，希望常来！ 2011-03-11 21:32:52
引用回帖:
Originally posted by baiyuefei at 2011-03-10 19:14:03:
如果投文章时，审稿人问到我的晶体究竟是R，S还是R和S的混合体？我该如何回答呢？

既然是中心对称的结构，就谈不上R还是S构型，除非你的结构里有手性中心，但是化合物却不呈现手性。
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17楼2011-03-10 20:45:56
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baiyuefei

版主 (文学泰斗)
引用回帖:
Originally posted by zhaoyangqufu at 2011-03-10 20:45:56:
既然是中心对称的结构，就谈不上R还是S构型，除非你的结构里有手性中心，但是化合物却不呈现手性。

我的结构里有个手性中心，Check网站核查时提示是R，但我不知道这个提示是否正确啊？
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18楼2011-03-10 20:59:27
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rebuild8586

木虫 (正式写手)
★
wsht212(金币+1): 2011-03-11 21:32:58
引用回帖:
Originally posted by baiyuefei at 2011-03-10 17:46:47:
那您的意思就是这两个单晶数据都没有Flanck参数了？
不过我有一点不是太明白：我培养时确实是拿混旋体培养的单晶，那么培养出来的单晶肯定是单纯的R体或单纯的S体或R和S的混合体这三种情况中的一种吧？

我的 ...

不是手性群 不代表没有 Flack 参数

我做过个晶体，配体是用消旋的，得到的是非心群，有 Flack 参数。
从你的空间群上看，是有心的，这和你的结构中有手性中心的事实有矛盾，因为结构中即使有多个“对称”的手性配体，也不可能出现中心对称。所以我认为，你的晶体是消旋的，而且不同构型的配体所占比例相同，在晶体中表现为强烈的无序（刚好可以拆分为一半一半）。如果晶体没有解析错误的话。

可以用固体CD光谱来测试，看是结构有问题还是晶体有问题。如果你有测试偏振角度的仪器那就一了百了拉……
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19楼2011-03-10 23:00:11
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vink

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by hardy2709 at 2011-03-10 18:27:30:
这个空间群具有手性，不一定该晶体具有手性

大哥啊，看清楚好不，俺是说手性晶体解出来是手性空间群，不是反过来好不？
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20楼2011-03-10 23:29:23
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hardy2709

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by vink at 2011-03-10 23:29:23:
大哥啊，看清楚好不，俺是说手性晶体解出来是手性空间群，不是反过来好不？

恩，谢谢提醒，不好意思
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21楼2011-03-11 09:07:29
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vink

木虫 (著名写手)
★ ★
baiyuefei(金币+15): 2011-03-11 20:26:40
wsht212(金币+2): 2011-03-11 21:32:16
引用回帖:
Originally posted by baiyuefei at 2011-03-10 17:31:22:
我做个两个单晶，数据如下：这两个都是手性空间群吗？是手性分子吗？分别看了cif何LST，为找到Flank参数啊，新手请多多指教。
（我是拿两个消旋体培养的单晶并进行了测量，不知测得的单晶是R ,S 还是R和S混合体 ...

对空间群这个东西我也不懂，不过我记得C2是手性空间群，但是：晶体结构是手性的，则空间群必定是手性的。空间群是手性的，其中的晶体未必是手性的！
举个例子讲，你测出来的空间群（假设用PLATON检测空间群没有问题）是手性空间群，则你的测试的单晶很可能是手性晶体，如果用钼靶至少要有P(?)原子或更重的原子存在，反常散射才会明显，如果是铜靶至少要有O(?)或更重的原子存在，这样才能看FLACK常数是否接近0（误差也要在合理范围内如 0.02（80）这个显然不对了）来确定绝对结构。如果FLACK在合理范围内，你测试的哪个单晶很可能是手性，再看看结构，有时候不是因为手性分子的原因导致你的空间群是手性空间群，比如本来是一种化合物但是由于无序导致有些基团取向发生了变化，解出来会看到两个分子有不同的伸展方向。
如果你用的钼靶又没有重原子，反常散射不明显，就不能通过晶体结构鉴定绝对构型了，可以用其他办法，如核磁（二维？）或手性柱或CD。
我是自学的，又不是做单晶这行的，所以只能如此谬解。希望能够帮到楼主。
手头上一下子又没书籍，只能这么回答了。
https://www.crystalstar.org/cstarbbsxp/ShowPost.htm?id=1342

[ Last edited by vink on 2011-3-11 at 19:08 ]
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23楼2011-03-11 19:04:05
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lin_twins

荣誉版主 (文坛精英)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
如果不嫌麻烦的话，在偏光显微镜下，根据旋光慢慢手工分离吧。
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sibyl_2012
24楼2011-03-12 01:25:56
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adu110

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
430135楼: Originally posted by hardy2709 at 2011-03-10 09:54:39
做个固体的CD谱，颗数为奇数，有条件在做一下，紫外，比较一下这两个图谱就可以确定

紫外能够看出左旋、右旋的区别吗？
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25楼2012-12-26 13:17:18
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sibyl_2012

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
24楼: Originally posted by lin_twins at 2011-03-12 01:25:56
如果不嫌麻烦的话，在偏光显微镜下，根据旋光慢慢手工分离吧。

麻烦请教一下，如何用偏光显微镜分手性晶体？一锅长出两种对应空间群的晶体，想把它们拆分开，但苦于不知道改如何操作。
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26楼2018-06-08 17:18:49
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lin_twins

荣誉版主 (文坛精英)
引用回帖:
26楼: Originally posted by sibyl_2012 at 2018-06-08 17:18:49
麻烦请教一下，如何用偏光显微镜分手性晶体？一锅长出两种对应空间群的晶体，想把它们拆分开，但苦于不知道改如何操作。...

正交偏光，明暗场
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27楼2018-07-03 21:42:09
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