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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】MS构建晶体时，怎么将分子放入晶胞中？
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fineren

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by acridine at 2011-03-21 20:55:55:
不妨试试选中分子（不选中边框）后，用shift+鼠标右键拖动

这个方法确实可以移动分子，但是实际构建晶体应该不是这么做的，可能需要改变几个关键原子的坐标，然后就可以把结构单元放入晶胞中。但是不会操作
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11楼2011-04-04 14:42:49
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acridine

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+3): 谢谢指教 2011-04-05 13:36:41
但是这个shift+鼠标移动的过程 其实就是在改变原子坐标啊！
你可以看一下，在使用shift移动之后，各个原子的坐标是发生改变了的。而不像单纯的鼠标移动或旋转，那只是在改变视角而已。另外MS有一个移动工具条可以也实现shift移动的效果，并且可以对选中的原子进行定量的角度或距离移动，应该能实现你所说。至于是先改变分子坐标还是先再建立周期结构，这个没有本质的区别吧，但用这个方法都是可以实现的。
另外如果只是想改变某些原子的坐标，除了上面说的方法之外，直接编辑原子属性也可以
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12楼2011-04-04 15:53:12
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fineren

木虫 (正式写手)
★
franch(金币+1): 鼓励交流 2011-04-05 15:47:51
引用回帖:
Originally posted by acridine at 2011-04-04 15:53:12:
但是这个shift+鼠标移动的过程 其实就是在改变原子坐标啊！
你可以看一下，在使用shift移动之后，各个原子的坐标是发生改变了的。而不像单纯的鼠标移动或旋转，那只是在改变视角而已。另外MS有一个移动工具条可以 ...

非常感谢。但是有鼠标移动精度太差。
看了一些教程，构建晶体通常是先build crystal，然后add atom，但是我的情况是要用g03优化后的分子去建晶体，不知道优化后的分子的原子坐标应该怎么找？
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13楼2011-04-04 21:02:42
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dragon5061

至尊木虫 (正式写手)

学生
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by fineren at 2011-04-04 14:42:49:
这个方法确实可以移动分子，但是实际构建晶体应该不是这么做的，可能需要改变几个关键原子的坐标，然后就可以把结构单元放入晶胞中。但是不会操作

你好问你一个问题，比如说要把金刚石晶体中的C-C键替换为苯环，构建新的晶胞，该怎么办？不胜感激！
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相信自己，努力拼搏！
14楼2011-05-04 09:15:19
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fineren

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by dragon5061 at 2011-05-04 09:15:19:
你好问你一个问题，比如说要把金刚石晶体中的C-C键替换为苯环，构建新的晶胞，该怎么办？不胜感激！

抱歉，我也不会。看看有没有相似的晶胞，能直接拿过来用
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15楼2011-05-04 10:59:02
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tanxuerong

铜虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2012-03-03 22:17:41
先建立晶胞，后输入原子的坐标
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hard
16楼2012-03-03 21:47:06
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Yolanda7

捐助贵宾 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
您好！您的问题解决了吗？是怎么解决的？谢啦
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喜洋洋~
17楼2012-04-04 08:05:09
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han456

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请楼主解释用g03优化分子构型的相关参数如何可以原封不动带入MS中!谢谢
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18楼2012-08-09 15:16:37
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cosfrist

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
SHIFT+鼠标中键 移动
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力学出身搞过生物医学工程的研究计算材料学的医学影像系青椒一枚
19楼2012-08-09 16:42:12
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仇小仇

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
请问楼主 是怎么将分子结构放入晶胞中的呢？ 我在做纤维素晶体部分 要构建纤维素晶体分子链 不知能否指导一下？
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学海无涯
20楼2012-10-13 20:21:42
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