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fineren

木虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】MS构建晶体时，怎么将分子放入晶胞中？已有16人参与

如图所示，首先建立了晶胞（菱形的框），然后将优化后的分子结构放入该晶胞。好像通过cleave可以调整分子在晶胞中的位置，我希望把这个分子刚好放入这个菱形的框中，晶体参数是根据粉末XRD数据填的，应该是对的。但是调节的时候U，V是分别沿着X和Y轴方向移动，无法在XY面内做旋转。请问应该如何调节呢？

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Yolanda7

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1楼 2011-03-08 16:52:58

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acridine

木虫 (正式写手)

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★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+3): 谢谢指教 2011-04-05 13:36:41

但是这个shift+鼠标移动的过程其实就是在改变原子坐标啊！
你可以看一下，在使用shift移动之后，各个原子的坐标是发生改变了的。而不像单纯的鼠标移动或旋转，那只是在改变视角而已。另外MS有一个移动工具条可以也实现shift移动的效果，并且可以对选中的原子进行定量的角度或距离移动，应该能实现你所说。至于是先改变分子坐标还是先再建立周期结构，这个没有本质的区别吧，但用这个方法都是可以实现的。
另外如果只是想改变某些原子的坐标，除了上面说的方法之外，直接编辑原子属性也可以