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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】自由能计算，pb和gb算出来结果不一样怎么办？
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petersen

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】自由能计算，pb和gb算出来结果不一样怎么办？

利用autodock对接小分子和蛋白，得到两种结合方式的结构，放在amber里面跑，到达平衡后，计算这两种方式的自由能，得到结果是，mmpbsa的结果：A>B
mmgbsa的结果则相反：A 这个怎么办啊，难道无法从自由能上辨别哪种结合方式更优吗？
各位大侠们帮帮忙吧！有什么高明的见解吗？
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1楼 2011-03-07 14:20:53
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rogerzhang

新虫 (初入文坛)
算一下熵的作用
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2楼2013-03-20 15:09:35
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