应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】H2 Binding Energy@SIESTA
51/1返回列表
查看: 2040  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

leila3409

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】H2 Binding Energy@SIESTA 已有6人参与

因为我需要计算H在Fe中的性质，所以首先想确保H势函数的精确性，我算了一下孤立空间中的H2分子的性质，键长为0.745 Ang，还比较正常。（实验值0.741）可是结合能是7.17 eV（per molecular），这个值与实验值差距很大（实验值4.75eV）。
我换了势函数（有LDA），计算结果与GGA的还是比较类似，我又换了基函数，结果还是不理想，所以想请问有没有高手能指点一下，可能是哪里的错误？我的输入文件已经帖在了下面。

另外，我还用了VASP做测试，不考虑自旋时，距离为0.75 Ang，结合能4.55 eV。与实验值非常稳合，可是当考虑了自旋后，H－H距离变为3.48 Ang，结合能小到0.019　eV。不知道有没有高手遇到过这种情况，谢谢！

SIESTA　input
-----------------------------------------------------
SystemName         H2
SystemLabel        H
NumberOfSpecies        1      
%block ChemicalSpeciesLabel
  1  1   H
%endblock ChemicalSpeciesLabel
# Basis
#PAO.basis-size DZP
PAO.energy-shift 0.015 Ry #300 meV
%block PAO.Basis
H     2      0.22
n=1    0    2   E      2.07      0.00
   4.971   1.771
   1.000   1.000
n=2    1    1   E      0.89      0.01
   4.988
   1.000
%endblock PAO.Basis
Diag.DivideAndConquer F
UseSaveData T
MD.TypeOfRun           cg   
MD.NumCGsteps          100
MaxSCFIterations      400   
SolutionMethod        diagon
xc.functional         GGA           # Exchange-correlation functional
xc.authors            PBE           # Exchange-correlation version
WriteCoorXmol       .true.
WriteForces         .true.
DM.MixingWeight       0.04        # New DM amount for next SCF cycle
DM.NumberPulay        7
%block kgrid_Monkhorst_Pack
5       0        0       0.5
0       5        0       0.5
0       0        5       0.5
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

NumberOfAtoms         2
LatticeConstant 10. Ang
%block LatticeVectors         
1.0000000000000000    0.0000000000000000    0.0000000000000000  
0.0000000000000000    1.0000000000000000    0.0000000000000000  
0.0000000000000000    0.0000000000000000    1.0000000000000000  
%endblock LatticeVectors
# Atomic coordinates
AtomicCoordinatesFormat    Fractional   
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
0.        0.        0.                                1
0.        0.        0.075                          1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

siesta问题

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-02-28 11:11:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-03-02 10:28:52:
请问，怎么优化basis？请指教一二！

不好意思，生病了，没来实验室。那个basis的优化，我优化过一次。
具体细节记不太清楚了，但是是在siesta/Util/Optimizer 可以参考里面的Example。
你可以根据你需要的不同来选择优化的参数。比如你希望你的basis 可以得到你想要的O2键长，它会生成不同的basis后，去优化O2结构分子，一直到你想要的键长为止
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2011-03-06 16:53:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

wangsong1016

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by leila3409 at 2011-02-28 11:11:01:
因为我需要计算H在Fe中的性质，所以首先想确保H势函数的精确性，我算了一下孤立空间中的H2分子的性质，键长为0.745 Ang，还比较正常。（实验值0.741）可是结合能是7.17 eV（per molecular），这个值与实验值差距很 ...

能不能告诉我，结合能是如何计算呢？从哪里看出来结合能的大小？
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-02-28 21:48:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leila3409

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wangsong1016 at 2011-02-28 21:48:53:
能不能告诉我，结合能是如何计算呢？从哪里看出来结合能的大小？

E(H2)-2E(isolate H atom)
赞一下 回复此楼
3楼2011-03-01 09:25:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangsong1016

铜虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mazuju028(金币+1): 谢谢交流 2011-03-07 08:07:09
引用回帖:
Originally posted by leila3409 at 2011-03-01 09:25:54:
E(H2)-2E(isolate H atom)

我用你的文件计算了一下，得到的输出文件中Total =-31.341350eV，氢原子的基态能级是-13.6eV，这样相减，得到的能量差是4.14eV左右。和你说的7.7eV差的比较多。是不是在输出中选择了不同的能量，得到了你的结果，而我选Total 并不是你要计算体系的总能量？
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-03-01 16:44:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 资源与环境 调剂申请(333分) +5 holy J 2026-03-21 5/250 2026-03-21 22:42 by Catalysis25
[考研] 材料学硕301分求调剂 +7 Liyouyumairs 2026-03-21 7/350 2026-03-21 22:31 by peike
[考研] 一志愿西安交通大学材料工程专业 282分求调剂 +10 枫桥ZL 2026-03-18 12/600 2026-03-21 22:02 by peike
[考研] 考研调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-21 3/150 2026-03-21 20:04 by 无际的草原
[考研] 0703化学调剂 +11 妮妮ninicgb 2026-03-15 15/750 2026-03-21 19:15 by ColorlessPI
[基金申请] 山东省面上项目限额评审 +3 石瑞0426 2026-03-19 3/150 2026-03-21 18:59 by RRRKKK
[考研] 266求调剂 +3 哇呼哼呼哼 2026-03-20 3/150 2026-03-21 16:46 by barlinike
[考研] 材料与化工（0856）304求 B区 调剂 +3 邱gl 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:47 by lature00
[考研] 346求调剂[0856] +4 WayneLim327 2026-03-16 7/350 2026-03-21 04:02 by JourneyLucky
[考研] 一志愿天津大学化学工艺专业（081702）315分求调剂 +12 yangfz 2026-03-17 12/600 2026-03-21 03:30 by JourneyLucky
[考研] 307求调剂 +3 wyyyqx 2026-03-17 3/150 2026-03-21 03:20 by JourneyLucky
[考研] 材料工程（专）一志愿985 初试335求调剂 +3 hiloiy 2026-03-17 4/200 2026-03-21 03:04 by JourneyLucky
[考研] A区线材料学调剂 +5 周周无极 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:33 by laoshidan
[考研] 求调剂 +3 eation27 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:32 by JourneyLucky
[考研] 0854，计算机类招收调剂 +3 胡辣汤放糖 2026-03-15 6/300 2026-03-18 12:09 by 上岸上岸……..
[考研] 293求调剂 +11 zjl的号 2026-03-16 16/800 2026-03-18 08:10 by zhukairuo
[考研] 277调剂 +5 自由煎饼果子 2026-03-16 6/300 2026-03-17 19:26 by 李leezz
[考研] 326求调剂 +5 上岸的小葡 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:26 by ruiyingmiao
[考研] 一志愿南京大学，080500材料科学与工程，调剂 +4 Jy? 2026-03-16 4/200 2026-03-17 11:02 by gaoqiong
[考研] 0856求调剂 +3 刘梦微 2026-03-15 3/150 2026-03-16 10:00 by houyaoxu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭