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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】H2 Binding Energy@SIESTA
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leila3409

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】H2 Binding Energy@SIESTA 已有6人参与

因为我需要计算H在Fe中的性质，所以首先想确保H势函数的精确性，我算了一下孤立空间中的H2分子的性质，键长为0.745 Ang，还比较正常。（实验值0.741）可是结合能是7.17 eV（per molecular），这个值与实验值差距很大（实验值4.75eV）。
我换了势函数（有LDA），计算结果与GGA的还是比较类似，我又换了基函数，结果还是不理想，所以想请问有没有高手能指点一下，可能是哪里的错误？我的输入文件已经帖在了下面。

另外，我还用了VASP做测试，不考虑自旋时，距离为0.75 Ang，结合能4.55 eV。与实验值非常稳合，可是当考虑了自旋后，H－H距离变为3.48 Ang，结合能小到0.019　eV。不知道有没有高手遇到过这种情况，谢谢！

SIESTA　input
-----------------------------------------------------
SystemName         H2
SystemLabel        H
NumberOfSpecies        1      
%block ChemicalSpeciesLabel
  1  1   H
%endblock ChemicalSpeciesLabel
# Basis
#PAO.basis-size DZP
PAO.energy-shift 0.015 Ry #300 meV
%block PAO.Basis
H     2      0.22
n=1    0    2   E      2.07      0.00
   4.971   1.771
   1.000   1.000
n=2    1    1   E      0.89      0.01
   4.988
   1.000
%endblock PAO.Basis
Diag.DivideAndConquer F
UseSaveData T
MD.TypeOfRun           cg   
MD.NumCGsteps          100
MaxSCFIterations      400   
SolutionMethod        diagon
xc.functional         GGA           # Exchange-correlation functional
xc.authors            PBE           # Exchange-correlation version
WriteCoorXmol       .true.
WriteForces         .true.
DM.MixingWeight       0.04        # New DM amount for next SCF cycle
DM.NumberPulay        7
%block kgrid_Monkhorst_Pack
5       0        0       0.5
0       5        0       0.5
0       0        5       0.5
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

NumberOfAtoms         2
LatticeConstant 10. Ang
%block LatticeVectors         
1.0000000000000000    0.0000000000000000    0.0000000000000000  
0.0000000000000000    1.0000000000000000    0.0000000000000000  
0.0000000000000000    0.0000000000000000    1.0000000000000000  
%endblock LatticeVectors
# Atomic coordinates
AtomicCoordinatesFormat    Fractional   
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
0.        0.        0.                                1
0.        0.        0.075                          1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
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1楼 2011-02-28 11:11:01
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wangsong1016

铜虫 (初入文坛)
★
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引用回帖:
Originally posted by leila3409 at 2011-02-28 11:11:01:
因为我需要计算H在Fe中的性质，所以首先想确保H势函数的精确性，我算了一下孤立空间中的H2分子的性质，键长为0.745 Ang，还比较正常。（实验值0.741）可是结合能是7.17 eV（per molecular），这个值与实验值差距很 ...

能不能告诉我，结合能是如何计算呢？从哪里看出来结合能的大小？
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2楼2011-02-28 21:48:53
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leila3409

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wangsong1016 at 2011-02-28 21:48:53:
能不能告诉我，结合能是如何计算呢？从哪里看出来结合能的大小？

E(H2)-2E(isolate H atom)
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3楼2011-03-01 09:25:54
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wangsong1016

铜虫 (初入文坛)
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mazuju028(金币+1): 谢谢交流 2011-03-07 08:07:09
引用回帖:
Originally posted by leila3409 at 2011-03-01 09:25:54:
E(H2)-2E(isolate H atom)

我用你的文件计算了一下，得到的输出文件中Total =-31.341350eV，氢原子的基态能级是-13.6eV，这样相减，得到的能量差是4.14eV左右。和你说的7.7eV差的比较多。是不是在输出中选择了不同的能量，得到了你的结果，而我选Total 并不是你要计算体系的总能量？
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4楼2011-03-01 16:44:13
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
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zzy870720z(金币+2): 谢谢指点 2011-03-02 16:17:07
考虑自旋的情况下，认为你要计算两个H原子，这个我也试过的。
还有一种可能就是因为你的Basis，不知道你优化了没有？
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5楼2011-03-02 09:23:37
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2011-03-02 02:23:37:
考虑自旋的情况下，认为你要计算两个H原子，这个我也试过的。
还有一种可能就是因为你的Basis，不知道你优化了没有？

请问，怎么优化basis？请指教一二！
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弘德明志博学笃行
6楼2011-03-02 10:28:52
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-03-02 10:28:52:
请问，怎么优化basis？请指教一二！

不好意思，生病了，没来实验室。那个basis的优化，我优化过一次。
具体细节记不太清楚了，但是是在siesta/Util/Optimizer 可以参考里面的Example。
你可以根据你需要的不同来选择优化的参数。比如你希望你的basis 可以得到你想要的O2键长，它会生成不同的basis后，去优化O2结构分子，一直到你想要的键长为止
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7楼2011-03-06 16:53:22
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houfeifan

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2011-03-06 16:53:22:
不好意思，生病了，没来实验室。那个basis的优化，我优化过一次。
具体细节记不太清楚了，但是是在siesta/Util/Optimizer 可以参考里面的Example。
你可以根据你需要的不同来选择优化的参数。比如你希望你的b ...

请问你对MS里面的CASTEP熟悉么，我遇到类似的结合能计算的问题，想请教一下你！
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8楼2011-03-06 18:10:06
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
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zzy870720z(金币+1): 谢谢交流 2011-03-06 22:36:17
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2011-03-06 09:53:22:
不好意思，生病了，没来实验室。那个basis的优化，我优化过一次。
具体细节记不太清楚了，但是是在siesta/Util/Optimizer 可以参考里面的Example。
你可以根据你需要的不同来选择优化的参数。比如你希望你的b ...

你的意思是说根据你要的物理量来找basis了。这样话，对于键长是好的basis对别的物理量有可能就不是好的。
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弘德明志博学笃行
9楼2011-03-06 18:26:39
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-03-06 18:26:39:
你的意思是说根据你要的物理量来找basis了。这样话，对于键长是好的basis对别的物理量有可能就不是好的。

对的，我没有同时优化两个参数。我是优化完一个参数后， 就去试试别的参数，不会太离谱就用了
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10楼2011-03-07 11:00:14
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