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【求助/交流】AMOVA 分子方差分析 已有6人参与
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大家好 遇到 软件上的头疼事 请大家帮个忙 我现在进行AMOVA 分子方差分析，不知道 怎么用Arlequin 这个软件 请大家赐教！！ 越详细越好，从序列的分析开始》》》 haha-1996@163.com |
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7楼2011-03-10 20:04:58
DNA数据Arlequin预处理格式，希望对各位有帮助
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[Profile] Title="mtDNA sequences in the Senegalese Mandenka (hypervariable region 1)" #Data from : #Graven, L., Passarino, G., Semino, O., Boursot, P., Santachiara-Benerecetti, A. S., #Langaney, A., and Excoffier, L., 1995, Evolutionary correlation between #control region sequence and RFLP diversity pattern in the mitochondrial genome #of a Senegalese sample, Mol. Biol. Evol. 12(2):334-345 （#后的文字是提示，软件不读取） NbSamples=1 GenotypicData=0 DataType=DNA LocusSeparator=NONE MissingData='?'（将GAP换成？或者将这里的？换成-，要统一） [Data] [[Samples]] SampleName="Mandenka" #Reference: Graven et al. 1995 Mol. Biol. Evol. 12:334-345. SampleSize=8（序列总个数） SampleData= { 名称 个数 序列（不知道为什么发言框里自动换行了，但是编辑时一个序列一行，不要换行） 01 6 ATTAGCACCCAAAGCTAAGATTCTAATTTAAACTATTCTCTGTTCTTTCATGGGGA GCAGATTTGGGTACCACCCAAGTATTGACTCACCCATCAACAACCGCTATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCATAAATACTTGACTATCTGTAGTACATAAAAACCCAAT--CCACATCAAAA-----CCCCCTCCCCATGCTTACAAGCAAGTACAGCAATCAACCTTCAACTATCACACATCAACTGCAACTCCAAAGCCA-CCCCTCACCCACTAGGATATCAACAAACCTACCCATCCTTAACAGTACATAGTACATAAAGCCATTTACCGTACATAGCACATTACAGTCAAATCCTTTCTCGTCCCCATGGATGACCCCCC 02 2 ???????????????????????????????????????????TCTTTCATGGGGAAGCAGATTTGGGTACCACCCAAGTATTGACTCACCCATCAACAACCGCCATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCATAAATACTTGACCACCTGTAGTACATAAAAACCCAAT--CCACATCAAAA-----CCCCCTCCCCATGCTTACAAGCAAGTACAGCAATCAACCTTCAACTATCACACATCAACTGCAACTCCAAAGCCA-CCCCTCACCCACTAGGATATCAACAAACCTACCCATCCTTAACAGTACATGGTACATAAAGCCATTTACCGTACATAGCACATTACAGTCAAATCCCTTCTCGTCCCCATGGATGACCCCC? } [[Structure]] StructureName="New Edited Structure" NbGroups=1 Group={ "Mandenka" } 按照这个格式，文件是可以识别的 |
8楼2011-03-30 17:01:42
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9楼2012-03-19 19:03:58
