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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 【求助/交流】AMOVA 分子方差分析
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xiamr

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】AMOVA 分子方差分析 已有6人参与

大家好 遇到 软件上的头疼事 请大家帮个忙 我现在进行AMOVA  分子方差分析，不知道 怎么用Arlequin 这个软件 请大家赐教！！

越详细越好，从序列的分析开始》》》 haha-1996@163.com
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1楼 2011-02-24 15:16:47
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无风的小屋

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
方差分析是ANOVA吧！！
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Nocross，nocrown.
2楼2011-02-24 15:21:21
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xiamr

金虫 (小有名气)
你会算吗？
给讲讲 可以加我QQ 280262040谢谢
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3楼2011-02-24 15:48:02
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xiamr

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 无风的小屋 at 2011-02-24 15:21:21:
方差分析是ANOVA吧！！

会算吗？ 教下我
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4楼2011-02-24 15:48:26
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people1845

铁虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我也想知道

小木虫上给人解答专业问题的太少了
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5楼2011-03-08 15:28:39
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
可以找一本生物统计学书看一看～我也不大清楚，友情帮顶了～不过的确是ANOVA，是个缩写～
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6楼2011-03-10 18:39:57
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xiamr

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gaoyang636 at 2011-03-10 18:39:57:
可以找一本生物统计学书看一看～我也不大清楚，友情帮顶了～不过的确是ANOVA，是个缩写～

和那个生物统计上的不一样，做地理种群的就用AMOVA
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7楼2011-03-10 20:04:58
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ko0ko0

铁虫 (小有名气)

DNA数据Arlequin预处理格式，希望对各位有帮助

★
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[Profile]

     Title="mtDNA sequences in the Senegalese Mandenka (hypervariable region 1)"

         #Data from :
         #Graven, L., Passarino, G., Semino, O., Boursot, P., Santachiara-Benerecetti, A. S.,
         #Langaney, A., and Excoffier, L., 1995, Evolutionary correlation between
         #control region sequence and RFLP diversity pattern in the mitochondrial genome
         #of a Senegalese sample, Mol. Biol. Evol. 12(2):334-345
（#后的文字是提示，软件不读取）
     NbSamples=1
                  GenotypicData=0
                  DataType=DNA
                  LocusSeparator=NONE
                MissingData='?'（将GAP换成？或者将这里的？换成-，要统一）

[Data]

     [[Samples]]

                SampleName="Mandenka"
                   #Reference: Graven et al. 1995 Mol. Biol. Evol. 12:334-345.
                   SampleSize=8（序列总个数）                   SampleData= {
名称  个数   序列（不知道为什么发言框里自动换行了，但是编辑时一个序列一行，不要换行）
01      6     ATTAGCACCCAAAGCTAAGATTCTAATTTAAACTATTCTCTGTTCTTTCATGGGGA GCAGATTTGGGTACCACCCAAGTATTGACTCACCCATCAACAACCGCTATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCATAAATACTTGACTATCTGTAGTACATAAAAACCCAAT--CCACATCAAAA-----CCCCCTCCCCATGCTTACAAGCAAGTACAGCAATCAACCTTCAACTATCACACATCAACTGCAACTCCAAAGCCA-CCCCTCACCCACTAGGATATCAACAAACCTACCCATCCTTAACAGTACATAGTACATAAAGCCATTTACCGTACATAGCACATTACAGTCAAATCCTTTCTCGTCCCCATGGATGACCCCCC
02   2     ???????????????????????????????????????????TCTTTCATGGGGAAGCAGATTTGGGTACCACCCAAGTATTGACTCACCCATCAACAACCGCCATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCATAAATACTTGACCACCTGTAGTACATAAAAACCCAAT--CCACATCAAAA-----CCCCCTCCCCATGCTTACAAGCAAGTACAGCAATCAACCTTCAACTATCACACATCAACTGCAACTCCAAAGCCA-CCCCTCACCCACTAGGATATCAACAAACCTACCCATCCTTAACAGTACATGGTACATAAAGCCATTTACCGTACATAGCACATTACAGTCAAATCCCTTCTCGTCCCCATGGATGACCCCC?
                            }
        [[Structure]]

                StructureName="New Edited Structure"
                NbGroups=1

                Group={
                        "Mandenka"
                }

按照这个格式，文件是可以识别的
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8楼2011-03-30 17:01:42
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0743001205
9楼2012-03-19 19:03:58
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