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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】24个Mg原子，即hcp结构， 结果里面出现很大的warning，怎么回事
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bingmou

金虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢建议 2011-03-16 20:30:55
引用回帖:
Originally posted by hans201011 at 2011-03-16 15:54:25:
在原胞的基础上将它扩展成2x2x3的超原胞就可以了
这句话怎么理解

建议google supercell
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11楼2011-03-16 19:43:51
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
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bingmou(金币+1): 感谢交流 2011-03-16 19:54:25
先看固体物理导论上有关原胞地概念。再在网上找supercell (超原胞）的概念的解释。
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12楼2011-03-16 19:51:23
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uuv2010

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zzy870720z(金币+2): 谢谢建议 2011-03-17 13:53:05
引用回帖:
Originally posted by hans201011 at 2011-03-16 15:54:25:
在原胞的基础上将它扩展成2x2x3的超原胞就可以了
这句话怎么理解

先建立原胞的POSCAR，然后扩展成2x2x3的suprecell
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13楼2011-03-17 11:10:36
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uuv2010

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zzy870720z(金币+2): 谢谢指教 2011-03-17 13:53:19
Mg的原胞可以这样写：
Mg
    1.000000
    3.209400     0.000000     0.000000
   -1.604700     2.779422     0.000000
    0.000000     0.000000     5.210500
  2
Direct
    0.333333     0.666667     0.250000
    0.666667     0.333333     0.750000




在上面原胞的基础上你如果想扩展成2x2x3的单胞的话，扩展之后的坐标可以这样写：
Mg
    1.000000
    6.418800     0.000000     0.000000
   -3.209400     5.558844     0.000000
    0.000000     0.000000    15.631500
24
Direct
    0.166667     0.333333     0.083333
    0.333333     0.166667     0.250000
    0.666667     0.333333     0.083333
    0.833333     0.166667     0.250000
    0.166667     0.833333     0.083333
    0.333333     0.666667     0.250000
    0.666667     0.833333     0.083333
    0.833333     0.666667     0.250000
    0.166667     0.333333     0.416667
    0.333333     0.166667     0.583333
    0.666667     0.333333     0.416667
    0.833333     0.166667     0.583333
    0.166667     0.833333     0.416667
    0.333333     0.666667     0.583333
    0.666667     0.833333     0.416667
    0.833333     0.666667     0.583333
    0.166667     0.333333     0.750000
    0.333333     0.166667     0.916667
    0.666667     0.333333     0.750000
    0.833333     0.166667     0.916667
    0.166667     0.833333     0.750000
    0.333333     0.666667     0.916667
    0.666667     0.833333     0.750000
    0.833333     0.666667     0.916667
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14楼2011-03-17 11:22:39
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wujiandongde

木虫 (小有名气)
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zzy870720z(金币+1): 谢谢建议 2011-03-17 13:53:28
很明显 你的POSCAR有问题，有某几个原子在同一个位置上了 建议你重新写POSCAR
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15楼2011-03-17 12:52:09
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hans201011

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by uuv2010 at 2011-03-17 11:22:39:
Mg的原胞可以这样写：
Mg
    1.000000
    3.209400     0.000000     0.000000
   -1.604700     2.779422     0.000000
    0.000000     0.000000     5.210500
  2
Direct
    0.333333     0.66666 ...

单看这计算好的坐标  也看不出什么啊
能不能写几个没运算的  比如第一个是1/3
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16楼2011-03-17 13:49:47
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hans201011

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wujiandongde at 2011-03-17 12:52:09:
很明显 你的POSCAR有问题，有某几个原子在同一个位置上了 建议你重新写POSCAR

我也想重新写POSCAR啊  
老板让我算Mg hcp的 0001   110  111  221  ...  这些面的surface energy 怎么算啊
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17楼2011-03-17 13:51:45
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wujiandongde

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by hans201011 at 2011-03-17 13:51:45:
我也想重新写POSCAR啊  
老板让我算Mg hcp的 0001   110  111  221  ...  这些面的surface energy 怎么算啊

这个  没算过。。
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18楼2011-03-17 15:34:02
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hans201011

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by uuv2010 at 2011-03-17 11:22:39:
Mg的原胞可以这样写：
Mg
    1.000000
    3.209400     0.000000     0.000000
   -1.604700     2.779422     0.000000
    0.000000     0.000000     5.210500
  2
Direct
    0.333333     0.66666 ...

我简单看了一下书 写了一些原子坐标  帮我看看呗  因为我也不太知道你那个原子坐标怎么写出来的  z方向为什么不是c=5.21的倍数 然后为什么没有一个坐标大于1呢
Mg
   3.209
     1               0                0
     -0.5          0.8666         0
     0              0                c/a=0.3116

Direct
   0.0            0.0               0.0
   0.0            -1.0              0.0
   1.0            0.0               0.0
   1.0           1.0                0.0
   0.0           1.0                0.0
   -1.0          0.0                0.0
   -1.0          -1.0               0.0    #到这儿是第一层的7个原子
   0.6667      0.3333         c/2=2.605
   -0.3333    -0.6667         2.605
   -0.3333    -0.3333         2.605   #这是第二层的三个原子
                                                #第三层就是没个第一层的坐标加上个c



这是我看完书的理解程度了
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19楼2011-03-18 14:40:32
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
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mazuju028(金币+1): 谢谢指导 2011-03-20 17:25:23
引用回帖:
Originally posted by hans201011 at 2011-03-18 14:40:32:
我简单看了一下书 写了一些原子坐标  帮我看看呗  因为我也不太知道你那个原子坐标怎么写出来的  z方向为什么不是c=5.21的倍数 然后为什么没有一个坐标大于1呢
Mg
   3.209
     1               0         ...

1. ‘z方向为什么不是c=5.21的倍数’
5.210500 x3= 15.631500
2.‘为什么没有一个坐标大于1’
分数坐标
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20楼2011-03-20 16:22:12
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