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肥鸡跳舞

金虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】求助DS中common feature pharmacophore方面的文献

各位大侠好：
   想做药效团这一块，但是因为蛋白比较新，比较单薄，没有小分子数据库支持，只有一个晶体小分子的结构，确定与其有作用，现在已经用DS中common feature pharmacophore这一块对小分子做了一个药效团的模型。
   针对这个药效团，各位能不能提供一些相关的文章让我见识一下，因为它比较不同于往常的药效团，所以不知道接下来应该如何开展工作？
   主要遇到的问题是：1、如何将药效团与其他结构不同的活性分子进行有效叠合，说明分子有效性
2、药效团接下来可以去搜寻数据库吗，这个药效团是基于对接以后的小分子构型产生的，通过GOLD软件对接，以及与晶体复合物对比，基本可以确定其构型而产生的药效团，所以它是不是在对接其他分子时有说服力
   希望大家能够关注帖子一下，或者提供一些相关文献，不甚感激，知道大家不是冲金币来的，但愿意提供大把金币宫讨论。谢谢啦。

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1楼 2011-02-23 13:41:33

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bamboosity

木虫 (著名写手)

应助: 2 (幼儿园)
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★ ★ ★ ★ ★
肥鸡跳舞(金币+15): 真心的非常感谢你，我会好好阅读的，希望下次跟你再讨论！谢谢！ 2011-02-26 10:15:41
zh1987hs(金币+5): 谢谢 2011-02-26 22:46:22

用common feature pharmacophore见药学团步骤很简单，原理也很简单，你看看DS说明书就能搞定，我提供一篇文献供参考（http://g.zhubajie.com/urllink.php?id=10682194l49i6wcb8jr3cq8z
）。问题一，DS本身可以解决，见说明书。问题二，不妨可以试试对接后的POSE再叠合，但你要适当注意对接结果的可靠性。

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