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【求助】单机多核并行VASP，如何编译？已有4人参与
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例如：2CPU，4核/cpu。单机多核并行VASP，如何编译？ 高人指点一下，需要注意哪些设置：如节点等 |
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enola
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版主，我有个疑问阿，如下，版主能给点建议吗？谢谢。。或者可以共享下版主的编译经验吗？ 我的计算环境如下： 我有两个Nodes，是HP的BL460c G7，配置是 Intel X5670 24G内存，两块20G的网卡。 我安装的系统的Debian-Lenny, 64bits 编译器是Intel的icc,ifort和MKL（version-11), 以及MPICH2。我已经 安装好VASP，才用Bewulf结构，但是计算中出现了问题： 1.如果我只在一个node上做计算（只启动一个node），采用mpirun，可以全速计算，MPI不会出现问题： 2.但是假如我同事启动两个，node0和node1（也就是两个node有数据交流时，不管用的核多少），我使用mpirun时，当POSCAR 或者说计算的super cell超过一定值时，就会报如下的错： ################################################### Fatal error in MPI_Waitall: Other MPI error, error stack: MPI_Waitall(261)..................: MPI_Waitall(count=46, req_array=0x7fffeeca46a0, status_array=0x7fffeeca4760) failed MPIDI_CH3I_Progress(150)..........: MPID_nem_mpich2_blocking_recv(948): MPID_nem_tcp_connpoll(1709).......: Communication error rank 23 in job 1 node0_55860 caused collective abort of all ranks exit status of rank 23: killed by signal 9 ###################################################举个例子,VASP的例子，关于水的优化： O atom in a box 1.0 ! universal scaling parameters 8.0 0.0 0.0 ! lattice vector a(1) 0.0 8.0 0.0 ! lattice vector a(2) 0.0 0.0 8.0 ! lattice vector a(3) 1 ! number of atoms cart ! positions in cartesian coordinates 0 0 0 当 “1.0 ! universal scaling parameters”，时，同时在两个nodes上计算（也就是两个node有数据交流时）会出错的，但是在一个node上不会。 但是当把“1.0 ! universal scaling parameters”中的“1”修改成0.5时，就不会。 我也测试过不管怎么样，当supercell超过4，就会出错。 |
4楼2011-02-23 16:03:40
valenhou001
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2楼2011-02-21 15:41:40
sunyang1988
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zzy870720z(金币+2): 谢谢交流 2011-02-21 21:30:06
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单机就一个节点，没什么节点问题 关于编译vasp,在本版VIP资源中有不少，自己找一下吧 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1505128 |
3楼2011-02-21 16:55:18
sunyang1988
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5楼2011-02-24 00:01:03