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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助完毕】表面反应过渡态constrained minimization scheme怎么理解？
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

[交流] 【求助完毕】表面反应过渡态constrained minimization scheme怎么理解？

看到用Siesta计算的文章，其中过渡态计算说用的是constrained minimization scheme.这个方法跟C-NEB或者NEB有什么不同呢？这个方法是Siesta内嵌的？这个方法似乎不在Sobereva姐的牛文中。

有篇文章是这样解释的：

The transition states of all the reactions studied were searched for using a constrained minimization technique, in which all the degrees of freedom of the system except the reaction coordinate (the bond being formed/broken) are relaxed.

J.AM.CHEM.SOC. 2004, 126, 10746-10756
CODE:
  DOI: 10.1021/ja0481833

求解释。

[ Last edited by cenwanglai on 2011-4-25 at 20:12 ]
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1楼 2011-02-16 09:26:17
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
sunyang1988(金币+2): 谢谢指点 2011-02-19 22:50:52
cenwanglai(金币+2): 谢谢参与！ 2011-02-20 09:51:21

你确定这篇文献是用SIESTA来计算的吗？此文对所用的方法写的很隐晦。此文也提到了同样的方法用在其他工作了，根据里面的文献找一下源头了。
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4楼2011-02-19 21:22:38
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢指教 2011-02-19 22:55:12
cenwanglai(金币+3): 谢谢回复！ 2011-02-20 09:51:32

不是siesta 内嵌，需要自己写代码。

此方法只适用于成键断键的过渡态搜索，先猜想一个初始的过渡态构型，固定成键或断键的两个原子的距离
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5楼2011-02-19 21:37:43
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2011-02-19 13:22:38:
你确定这篇文献是用SIESTA来计算的吗？此文对所用的方法写的很隐晦。此文也提到了同样的方法用在其他工作了，根据里面的文献找一下源头了。

我给出的文献不是用SIESTA来计算的。但是这篇文献中的一句话解释了一下constrained minimization scheme.
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6楼2011-02-20 09:33:44
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emilyoyang

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请教LZ 这种方法 constrained minimization scheme 弄懂了吗？ 能不能给讲一下 您对此的理解？ 我也很想了解一下！
我的了解是：这种方法不是SIESTA的内嵌程序（像ABINIT QE  VASP 的NEB方法那样）   我见过 CASTEP SIESTA QE计算都用到这种方法计算过渡态
可是 我不知道如何具体操作
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7楼2012-12-23 17:13:46
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vallen

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我也想用siesta算过渡态,constrained minimization scheme  需要对siesta源代码进行改动吗?

是不是就是设定好起始和最终点以及步长, 然后每一步都进行优化,最后把得到的能量作图 找最高点
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8楼2013-01-26 00:52:07
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
1627316楼: Originally posted by emilyoyang at 2012-12-23 17:13:46
请教LZ 这种方法 constrained minimization scheme 弄懂了吗？ 能不能给讲一下 您对此的理解？ 我也很想了解一下！
我的了解是：这种方法不是SIESTA的内嵌程序（像ABINIT QE  VASP 的NEB方法那样）   我见过 CASTE ...

我也不知道~
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9楼2013-01-26 16:06:55
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
1629684楼: Originally posted by vallen at 2013-01-26 00:52:07
我也想用siesta算过渡态,constrained minimization scheme  需要对siesta源代码进行改动吗?

是不是就是设定好起始和最终点以及步长, 然后每一步都进行优化,最后把得到的能量作图 找最高点

我还没搞清楚~
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10楼2013-01-26 16:07:07
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cenwanglai2楼
2011-02-16 14:54   回复  
cenwanglai3楼
2011-02-18 11:03   回复  
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