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[交流] 【求助完毕】表面反应过渡态constrained minimization scheme怎么理解?

看到用Siesta计算的文章,其中过渡态计算说用的是constrained minimization scheme.这个方法跟C-NEB或者NEB有什么不同呢?这个方法是Siesta内嵌的?这个方法似乎不在Sobereva姐的牛文中。

有篇文章是这样解释的:

The transition states of all the reactions studied were searched for using a constrained minimization technique, in which all the degrees of freedom of the system except the reaction coordinate (the bond being formed/broken) are relaxed.

J.AM.CHEM.SOC. 2004, 126, 10746-10756
CODE:
  DOI: 10.1021/ja0481833

求解释。

[ Last edited by cenwanglai on 2011-4-25 at 20:12 ]
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★ ★
sunyang1988(金币+2): 谢谢指点 2011-02-19 22:50:52
cenwanglai(金币+2): 谢谢参与! 2011-02-20 09:51:21

你确定这篇文献是用SIESTA来计算的吗?此文对所用的方法写的很隐晦。此文也提到了同样的方法用在其他工作了,根据里面的文献找一下源头了。
4楼2011-02-19 21:22:38
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)


★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢指教 2011-02-19 22:55:12
cenwanglai(金币+3): 谢谢回复! 2011-02-20 09:51:32

不是siesta 内嵌,需要自己写代码。

此方法只适用于成键断键的过渡态搜索,先猜想一个初始的过渡态构型,固定成键或断键的两个原子的距离
5楼2011-02-19 21:37:43
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引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2011-02-19 13:22:38:
你确定这篇文献是用SIESTA来计算的吗?此文对所用的方法写的很隐晦。此文也提到了同样的方法用在其他工作了,根据里面的文献找一下源头了。

我给出的文献不是用SIESTA来计算的。但是这篇文献中的一句话解释了一下constrained minimization scheme.
6楼2011-02-20 09:33:44
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emilyoyang

木虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请教LZ 这种方法 constrained minimization scheme 弄懂了吗? 能不能给讲一下 您对此的理解? 我也很想了解一下!
我的了解是:这种方法不是SIESTA的内嵌程序(像ABINIT QE  VASP 的NEB方法那样)   我见过 CASTEP SIESTA QE计算都用到这种方法计算过渡态
可是 我不知道如何具体操作
7楼2012-12-23 17:13:46
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vallen

银虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我也想用siesta算过渡态,constrained minimization scheme  需要对siesta源代码进行改动吗?

是不是就是设定好起始和最终点以及步长, 然后每一步都进行优化,最后把得到的能量作图 找最高点
8楼2013-01-26 00:52:07
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引用回帖:
1627316楼: Originally posted by emilyoyang at 2012-12-23 17:13:46
请教LZ 这种方法 constrained minimization scheme 弄懂了吗? 能不能给讲一下 您对此的理解? 我也很想了解一下!
我的了解是:这种方法不是SIESTA的内嵌程序(像ABINIT QE  VASP 的NEB方法那样)   我见过 CASTE ...

我也不知道~
9楼2013-01-26 16:06:55
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引用回帖:
1629684楼: Originally posted by vallen at 2013-01-26 00:52:07
我也想用siesta算过渡态,constrained minimization scheme  需要对siesta源代码进行改动吗?

是不是就是设定好起始和最终点以及步长, 然后每一步都进行优化,最后把得到的能量作图 找最高点

我还没搞清楚~
10楼2013-01-26 16:07:07
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简单回复
2011-02-16 14:54   回复  
2011-02-18 11:03   回复  
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