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xuwei0909

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【请教】这句审稿意见如何处理

The water molecules should be moved to equivalent positions that shows the hydrogen bonding properly.   “ equivalent positions ”是什么意思啊？水分子上的氢如何加才是？
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1楼 2011-02-10 15:36:24
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qianbh

至尊木虫 (著名写手)
是指等效位置，表明将水分子移到等效位置使氢键合理。
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2楼2011-02-10 15:39:44
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xuwei0909

至尊木虫 (著名写手)
谢谢！
现在结构里的三个水分子是直接找出来的，坐标如下：
O7          0.67047   0.59784   0.19475     11.000
O8          0.41992   0.13453  -0.11285     11.000
O9          0.69347   0.03479   0.00282     11.000

移到等效位置要怎么处理好呢 ?
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3楼2011-02-10 15:49:44
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xuwei0909

至尊木虫 (著名写手)
是不是要把所有水分子都移到晶胞内，并相互接近
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4楼2011-02-10 15:59:33
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qianbh

至尊木虫 (著名写手)
xuwei0909(金币+2): 多谢！ 2011-02-11 08:10:24
移到晶胞内的等效位置，H的位置和方向结合氢键（如果有的话）来确定。
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5楼2011-02-10 16:21:48
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
xuwei0909(金币+3): 明白了，多谢！ 2011-02-11 08:10:40
就是希望你把这些水分子对称操作一下， 使其和与之形成氢键的原子靠得最近， 这样，就不要在描述氢键时用到对称操作。

比如，O7是和O1形成氢键， 但现在可能O7离O1很远（比如5.0埃)， 这样，描述氢键时， 可能要用到对称操作，如1-x, 1-y, 1-z,
那末移动 o7, 使得 O7...O1 为最短，比如 2.7埃。

具体的一个做法

设你的.ins为 x.ins
xp
reap x
arad 0.2 2 2 $o
envi o1
查看 o7后面的那个对称操作， 如 2665
sgen 2655 o7
kill o7
name o7a o7
file x
用新形成的.ins来精修。
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6楼2011-02-10 22:10:44
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