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帝夫

至尊木虫 (知名作家)

=一只小小啄木鸟=

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[交流] 【交流】常见A、B类错误及解决办法大收集 已有34人参与

checkcif :
1.http://checkcif.iucr.org/
2.http://journals.iucr.org/services/cif/checkcif.html(for Acta  C and E)


checkcif 时,出现A、B类错误是很常见的,但这是我们做晶体人员必须得学会解决的问题。

坛子里的虫友们接触晶体的时间有长有短(有小硕的刚开始,也有大师的几十年),遇到过的问题却多有雷同,大都掌握了一定的解决A、B类错误的方法和技巧。

“常见A、B类错误及解决办法大收集”活动的目的全面收集,编辑成册,惠及大家

为了帮助更多的虫子方便、快速、自主地解决遇到的A、B类错误,特举办此活动,望大家积极参与,奖金丰厚(允许重复贴,视情况予以奖励)!

活动参与细则:
1.跟帖形式:
    B类错误:PLAT220_ALERT_2_B Large Non-Solvent    C     Ueq(max)/Ueq(min) ... 3.78 Ratio
    解决办法:在ins中加simu 0.01 0.02 3.8 $C
2.重复问题,可以有不相同的解决办法。严禁直接copy
3.一条解决办法1~2个金币,高效者,可追加


2011年,我们希望晶体版块有个更好的开端、小木虫有个更猛的发展势头:新虫子的问题能够得到更好、更快速的答复;老虫子们能在这里逛得闲适、潇洒!



注:可能有部分帖子涉及到小汇总,如:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2768638&fpage=1,但远远不足,望虫友们多多支持工作~~

[ Last edited by 帝夫 on 2011-5-21 at 11:53 ]
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帝夫

至尊木虫 (知名作家)

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PLAT220_ALERT_2_B Large
Non-Solvent C Ueq(max)/Ueq(min) ... 3.83 Ratio
解决方法:simu 0.01 0.02 3.8 $c
(simu 限制在一定范围内的原子具有相同的位移参数)
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11楼2011-01-19 17:08:35
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帝夫

至尊木虫 (知名作家)

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A 类错误No s.u. Given for Flack
Parameter .............. ?
不知道如何解决
解决方法:你这个结构是否有手性?
1. 如果有手性且有重原子,那在修正中加入Flack 指令,修正后重新产生CIF。
2. 如果没有手性,或有手性但用Mo 靶做小于Si 元素的结构,则可在CIF 的原
子信息这一栏的最后面添加一句话,如下所示:
_chemical_formula_sum 'C10 H18 O5 '
_chemical_formula_moiety 'C10 H18 O5 '
_chemical_formula_weight 218.25
_chemical_melting_point ?
_chemical_absolute_configuration ' unk '
这样就可以了
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12楼2011-01-19 17:09:16
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帝夫

至尊木虫 (知名作家)

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一个B 类错误:Merging of Friedel Pairs is STRONGLY Indicated
解决方法:在ins 文件中加入MERG 3 重新精修一轮即可。
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13楼2011-01-19 17:09:29
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帝夫

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ABSTM02_ALERT_3_A Test not performed as the _exptl_absorpt_correction_type
has not been identified. See test ABSTY_01.
解决方法:The absorption correction should be one of the following
* none
* analytical
* integration
* numerical
* gaussian
* empirical
* psi-scan
* multi-scan
* refdelf
* sphere
* cylinder

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14楼2011-01-19 17:09:48
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帝夫

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Alert level A
PLAT031_ALERT_4_A Refined Extinction Parameter within Range ...... 0.00
Sigma
Alert level B
PLAT232_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff (M-X) Zn -- O1 .. 21.64
su
PLAT232_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff (M-X) Zn -- O2 .. 12.23 su
解决方法:第一个问题在INS 文件中把EXTI 这行命令删掉再修就可以了
后两个B 类错误可以在-lst 文件中BOND 的下一行使用如写命令,然后精修:
ELMU Zn O1 Zn O2
SIMU 0.007 0.001 Zn O1 Zn O2
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15楼2011-01-19 17:10:07
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帝夫

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A类错误:diffrn_measured_fraction_theta_full Low .......       0.86   
解决办法:
1.在lst文件中寻找坏点,Delta(F^2)/esd>5的删除,在ins中命令,如:omit  1 0 0
2.直接在ins中加命令:omit  0 50(自己尝试)
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16楼2011-01-19 17:13:32
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A类错误:
PLAT242_ALERT_2_A Check Low       Ueq as Compared to Neighbors for         S1
解决办法:加入命令simu 0.01 0.02 $S 试一下。
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17楼2011-01-19 17:30:05
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PLAT232_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff (M-X)  Cu2    --  O3      ..      17.28 su

可以试一试命令
delu  0.0002 cu2  o3
simu  0.0002 cu2  o3
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18楼2011-02-01 14:03:04
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错误:PLAT342_ALERT_3_B Low Bond Precision on  C-C Bonds (x 1000) Ang ..         32  
解决办法:空间群可能有误,建议platon之后看看~~
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19楼2011-02-20 17:31:51
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问题:PLAT723_ALERT_1_A Torsion Calc     -164.00, Rep       17.00 Dev...     179.00 Sigma
              C18 -C17 -O2  -C17'   1.555   1.555   1.555   1.555   
解决方法:在cif中按F3找到 C18 -C17 -O2  -C17' ,将偏差17.00改为0-16间的任意一个数,使得164.00+Dev小于等于180.0

[ Last edited by 帝夫 on 2011-4-18 at 16:30 ]
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20楼2011-04-18 14:35:55
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