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zmw_520

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】关于菌种鉴定(系统发育树建立)已有6人参与

我把16SrDNA Blast了一下,出现了很多相似度99%的,这个怎么搞,看过别人的系统发育树,相似度都是有差别才可以聚类吧~~~第一次弄这个东西,请教高人!!!
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不明白很多事~~~
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zhangxn2010

木虫 (著名写手)

让一切随风飞翔


dhd997(金币+1): 谢谢交流 2011-01-19 09:42:26
有时候还要选择其他序列再测一下,我们这做植物分子鉴定,做18S,有时候还需要ITS
一直向前!
2楼2011-01-18 21:45:26
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yangsener032

金虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+1): 谢谢交流 2011-01-19 09:42:37
那个相似度99%的应该是在前面吧,后面是不是还有一个最大覆盖率的啊?那个数据应该也有用吧?我做的是18S的,不过没有出现都是99%的情况过。
偏离轨道,正在矫正ing
3楼2011-01-18 22:39:26
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+1): 谢谢交流 2011-01-19 09:42:47
前面的是同源性高的,后面还有同源性更低的,要自己选择的。
4楼2011-01-18 22:59:42
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zmw_520

金虫 (小有名气)


scelab(金币+1): 是的,第一个是什么种,基本上就是了 2011-01-19 00:16:27
引用回帖:
Originally posted by lxj341401 at 2011-01-18 22:59:42:
前面的是同源性高的,后面还有同源性更低的,要自己选择的。

这样啊,就是说第一个是同源性最高的咯.......
不明白很多事~~~
5楼2011-01-18 23:13:06
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zmw_520 at 2011-01-18 23:13:06:

这样啊,就是说第一个是同源性最高的咯.......

不是第一个,是前面99%都是,但是你要选择一个或者几个你要的。
6楼2011-01-19 07:51:21
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zmw_520

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by lxj341401 at 2011-01-19 07:51:21:

不是第一个,是前面99%都是,但是你要选择一个或者几个你要的。

原来是这样,难怪树建出来都没用的~~~
不明白很多事~~~
7楼2011-01-19 08:49:30
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大米草

新虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我也出现过这种情况 就需要你重新选择测序引物进行测序
我要的幸福
8楼2011-01-19 08:59:25
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zmw_520

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by lxj341401 at 2011-01-19 07:51:21:

不是第一个,是前面99%都是,但是你要选择一个或者几个你要的。

那个选择根据什么咧???第一次搞这个,很郁闷~~~
不明白很多事~~~
9楼2011-01-19 10:57:16
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chenxin2012

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangxn2010 at 2011-01-18 21:45:26
有时候还要选择其他序列再测一下,我们这做植物分子鉴定,做18S,有时候还需要ITS

你好,我要做动物分子,也要做18S,还没开始做,实验室只有我自己,真不知道该准备些什么,希望能给些建议……谢谢……嘿嘿
加油!
10楼2013-05-08 10:14:07
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