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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】均方位移
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astringent

铜虫 (著名写手)

[交流] 【求助】均方位移 已有4人参与

最近准备写均方位移（MSD）的程序，但是有一点不太明白。均方位移指的是分子质心的均方位移，还是采用动力学模拟后得到的轨迹直接算就可以？如果是指质心的均方位移，，那么在计算时是不是首先要考虑质心的移动啊？另外我看文献上说 unfold each molecule,这个unfold又是什么意思呢？
请大家不吝赐教，先谢谢了。
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1楼 2011-01-14 18:08:25
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雪顶咖啡冰

禁虫
送红花一朵
本帖内容被屏蔽
11楼2020-11-19 10:42:53
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-01-16 20:58:06
引用回帖:
Originally posted by astringent at 2011-01-14 18:08:25:
最近准备写均方位移（MSD）的程序，但是有一点不太明白。均方位移指的是分子质心的均方位移，还是采用动力学模拟后得到的轨迹直接算就可以？如果是指质心的均方位移，，那么在计算时是不是首先要考虑质心的移动啊 ...

你可以参考DLPOLY的源代码。
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好好学习，天天向上。
2楼2011-01-15 14:43:19
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cooloyyt

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+8): 谢谢 2011-01-16 20:58:18
引用回帖:
Originally posted by astringent at 2011-01-14 18:08:25:
最近准备写均方位移（MSD）的程序，但是有一点不太明白。均方位移指的是分子质心的均方位移，还是采用动力学模拟后得到的轨迹直接算就可以？如果是指质心的均方位移，，那么在计算时是不是首先要考虑质心的移动啊 ...

首先，看你用的程序输出的是真实坐标还是应用周期化边界以后的坐标，如果是前者那很好办，直接求分子质心的均方位移就行。如果是后者，就没辙，你只能取分析的这段时间区间内体系中运动没有超过盒子边界的分子来做msd。我自己写的程序就是为了算msd就把输出坐标改成真实坐标了。

至于unfold each molecule，没有上下文，我猜是将那些由于应用了周期性边界的而发生了坐标分裂分子（比如说一个分子的一部分坐标在盒子左边界，一部分在盒子右边界）去除周期性边界条件将他们还原到盒子的一侧来。
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雪顶咖啡冰
3楼2011-01-15 14:55:43
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astringent

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-01-15 14:43:19:

你可以参考DLPOLY的源代码。

请问在哪里可以找到DLPOLY的源代码？谢谢
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4楼2011-01-15 19:31:34
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