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【求助】MUSIC的MD模块计算甲烷在IRMOF-1上的扩散系数 已有6人参与
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前段时间在版主和gjh123的帮助下终于掌握了music运行gmc的方法。现在想把MD模块也学习一下，但是遇到了很多问题，想把我的过程贴出来，希望大家能通过讨论把它解决掉。第一次写贴，如有不足请海涵，废话少说，过程开始： 计算MD的主要目的：计算MSD均方位移，通过对均方位移斜率的1/6来求解扩散行为的扩散系数。 计算MD的对象：甲烷在IRMOF-1上的扩散行为。 首先照葫芦画瓢，把需要的文件贴上来，其中把我觉得有问题的地方用红色标出来，希望大家帮忙检查。 music中md需要的文件： atom-atom文件 mol-mol文件 atm文件 mol文件 star_config文件 intramolecular文件 md.ctr文件 post.ctr文件 ########################### atm文件与mol文件 与GCMC需要的相同 ################################################## atom-atom Methane Methane LJ SIG@3.730 EPS@148.0 HICUT@12.8 Carbon Carbon LJ SIG@3.430 EPS@52.84 HICUT@12.8 Hydrogen Hydrogen LJ SIG@2.570 EPS@22.14 HICUT@12.8 Oxygen Oxygen LJ SIG@3.120 EPS@30.19 HICUT@12.8 Zinc Zinc LJ SIG@2.460 EPS@62.40 HICUT@12.8 Methane Carbon LJ SIG@LBMIX EPS@LBMIX HICUT@12.8 Methane Hydrogen LJ SIG@LBMIX EPS@LBMIX HICUT@12.8 Methane Oxygen LJ SIG@LBMIX EPS@LBMIX HICUT@12.8 Methane Zinc LJ SIG@LBMIX EPS@LBMIX HICUT@12.8 ############################################# intramolecular Intra: Methane Intra: IRMOF1 ############################################# mol-mol Methane Methane NCOUL BASIC LJ FAST Methane Methane COUL OFF Methane IRMOF1 NCOUL MAP@IRMOF1 FAST Methane@PMAP@IRMOF1.Methane.LJ.map Methane IRMOF1 COUL OFF IRMOF1 IRMOF1 NCOUL OFF IRMOF1 IRMOF1 COUL OFF 注：这里我使用了map加速，map的制作方法与gcmc的相同 ################################# star_config 注：这个是开始的初始结构，我问过版主，他说是用res文件就可以了，于是我选择了我gcmc过程中产生的IRMOF1.CH4.res.1来代替。 ################################# md.ctr 控制文件 这里是我最想弄明白的地方 ------ General Information ------------------------------------------ Metahne in IRMOF1 500000 # No. of iterations 50000 # No. of steps between writes to output/log file 5000 # No. of steps between writes to crash file 5000 # No. of steps between writes to config. file 2 # Start numbering simulations from . 1 # Iseed 4 # specifies contents of config file temp.res # Restart File to write to temp.con # Configuration File ------ Atomic Types -------------------------------------------------- 5 # number of atomic types Methane # atom type Methane.atm # basic atom info file Carbon # atom type Carbon.atm # basic atom info file Hydrogen # atom type Hydrogen.atm # basic atom info file Zinc # atom type Zinc.atm # basic atom info file Oxygen # atom type Oxygen.atm # basic atom info file ----- Molecule Types ------------------------------------------------- 2 # Same again with the molecules Methane # This is the molecule file you created earlier Methane.mol # This is the molecule file you created earlier IRMOF1 # This is the molecule file you created earlier IRMOF1.mol # This is the molecule file you created earlier ----- Simulation Cell Information -------------------------------------- IRMOF1 # Name of your sorbent 2, 2, 2 # how to replicate the unit cell in x,y,z directions 1, 1, 1 ----- Forcefield Information ------------------------------------------- BASIC # BASIC will use bruteforce calculations MOL atom_atom_file_UFF # atom-atom interaction file sorb_sorb_file_UFF # sorbate-sorbate interaction file intramolecular_file # intramolecular interaction file/specification ------ MD Information ------------------------------------------------- 1 # Number of MD Move types listed IRMOF1.CH4.res.1 # Initial velocities (Generate, filename) INTEGRATE # Type of move 1 # No. of moves 0.001 # Time step, ps 300.0 # Simulation temperature 5000 # Steps between writes to std IO 5000 # Steps between writes to .res file NVT # Ensemble to simulate in (NVT, NVE) GEAR6 # Integretor 10 # steps between penalty function calls NOSEHOOVER # thermostat 100 # Q parameter (I don't know if this is reasonable) ------ Configuration Initialization ------------------------------------ Methane # Sorbate_Type RESTARTFILE temp.res.1 # Source Filename IRMOF1 # Sorbate_Type FIXED NULL # Source Filename -------- Main Datafile Information ------------------------------------ Energy, position, Velocity, pair_energy, time # contents of datafile ------Movie Information ------------------------------------------------ movie.xyz # Movie filename 0, 1000 # Starting step, ending step 10 # Steps between frames No # Include zeolite in movie 1, 1, 1 # Number of unit cells to dump in x, y, z directions 注：其中标红的MD information 我想把我的理解讲一下，让会的人看看有没有错误 第一行：1种MD的移动方法 第二行：MD开始的结构，采用GCMC的res文件，但是res的结构文件中甲烷的速度为0，因此我先跑1000步NVE让里面的甲烷带上速度。 第三行：移动方法 第四行：按照我的理解是，有多少种分子就填多少，例如单单计算甲烷，就填1，计算甲烷、氢气就填2（这里我们只考虑甲烷，所以仍然为1） 第五行：md的步长（单位为ps） 第六行：温度 第七、八行：分别为写入CON与res文件的相隔步数 第九行：md的系宗（包括你NVT和NVE） 第十行：积分方法（我在例子里面只找到速度Verlet和Gear方法）这里应该是采用Grear法，我在计算NVE的时候采用了速度Verlet方法，但是在计算NVT系宗的时候只能采用GEAR6不知道为何，希望高手指点。 第十行：不明，照着例子写的。 第十一行：控温方法采用nose-hoover 第十二行：不明。 |
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出现的问题： 1采用GREA积分方法能成功的运行出NVT系宗的MD结果，但是为何采用速度Verlet法就只能运行NVE系宗而不能运行NVT系宗呢？ 2用post.exe对采用GREA积分方法计算NVT系宗的MD，后con文件分析出现一下问题，究竟是为何呢？ -bash-3.00$ ./post.exe post.ctr>post.log post.F901726: Created scratch files for sim 1 Starting to Calculating diffusivities mdpc.F90 1319 : Number of values to average for MSD is too small. maxj = 0 totConfigs= 100 nconf= 100 nskip= 2 谢谢  [ Last edited by ldf831206 on 2011-1-14 at 11:17 ] |
3楼2011-01-14 11:06:45
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################################### post.ctr这里是抄袭版主的 -- Post Processor Information ------------ MD # Type of simulation GCMC, NVTMC , MD .... temp.con # basename for config files 2, 2 # first and last file numbers new.ctr # name for new ctrlfile that will regenerated MD_data # Base name for output files 50, 0 # Percentages of data to skipped at start and end #### This section is reqd for energy averages in your post code output files #### as of now only total enrgies vs sim. step ------ Post : Energy Average Info ----------------------------------- 10 # Number of blocks into which data should be divided for stats #### This section is reqd for Loading averages in your post code outputfiles #### as of now only species loading vs sim. step (for all species) ------ Post : Loading Average Info ----------------------------------- 10 # Number of blocks into which data should be divided for stats # the below sections are reqd for MD diffusivity # # -------------"MD Post Code Information"---------------------------- 2 # number of actions MD Post Diffusivities # The tag for the diffusivites section heading. MD Radial Profile # The tag for the radial profile section heading ------ MD Post Diffusivities -------------------------------------- 1 Methane # Names of sorbates 10 # number of time values for diffusivity 100, 499 # higest and lowest time values, (picoseconds) 0, 0 # initial and final data to be skipped in picoseconds 400 # time skipped bewteen calculations of displ.(ps) 注：我想问一下版主MD Post Diffusivities中的问题，第3行第5、6行分别代表什么呢？ [ Last edited by ldf831206 on 2011-1-14 at 11:11 ] |
2楼2011-01-14 11:06:34
ghcacj
荣誉版主 (著名写手)
阿超
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- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
7楼2011-01-14 12:10:35
9楼2015-01-14 15:06:50
