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wanghongyu

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请问diamond里面看到的结构怎么会有孤立的氧原子存在? 已有4人参与

刚开始学diamond,不太懂。是不是解析晶体结构的时候出问题了?
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腾龙云飞

金虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
diamond是画图程序,它可以根据你的cif等文件画出你想要的图形,所有原子、键都可以删除和添加,孤立的氧原子可能是没加氢原子的水分子,或者其它还没有连接的其他氧原子,你看一下原子编号就知道了。
解晶体结构是否有问题基本可以通过check cif来确定,跟diamond没有直接关系
但行好事 莫问前程 _______ 渤海之滨 黄河之津 书生侠骨 义薄惊云
2楼2011-01-12 10:08:58
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lishourui111

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
有没有可能是晶胞abc的设置问题啊,,,,,就是说正好有孤立的原子在这个范围,,而整个分子却在这个范围之外,,,,
成功的关键在于踏踏实实过好每一天!
3楼2011-01-12 10:28:59
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wanghongyu

金虫 (正式写手)

谢谢了,继续学习中
4楼2011-01-12 14:29:31
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zmxyn

铁虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我感觉还是键长设置的不对

在Diamond中设置键长
把C-O或H-O键设置到合适的键长范围应该是可以连接的
5楼2011-01-14 22:24:45
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