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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 【求助】GaussView 中怎么调堆积聚集体的结构
汕头大学海洋科学接受调剂
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daiyulan85

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】GaussView 中怎么调堆积聚集体的结构

最近优化一个堆积聚集体结构，总是得不到理想的结果。要求是：两个分子必须是面对面的排列，并且之间的距离为3.9A。。主要问题是两个分子之间3.9的距离没法调，不知道以什么为基准，另一个是两个分子之间的相对距离要怎么调，是DCN是放进一些还是放出一些。
请教各位高手指点。
以下是我调的结构：

tdcn1

0 1
C                  0.00000000    0.00000000    0.00000000
C                  0.00000000    0.00000000    1.39950137
C                  1.21181222    0.00000000    2.09929115
C                  2.42102177    0.00206532    1.39247163
C                  2.42026876    0.00006885   -0.00589602
C                  1.20831677   -0.00299830   -0.71437163
C                  1.41940724   -1.51192641   -2.79188182
C                  1.18700998   -0.06836541   -2.23652097
C                  2.73853599   -1.37957103   -3.54058825
N                  3.17224372   -0.14738898   -3.57344074
N                  2.30683818    0.67758732   -2.87559474
C                  2.44399016    2.07033293   -2.93286504
C                  3.50211922    2.65397123   -3.66168067
C                  1.52110577    2.90640041   -2.27213537
C                  3.62384364    4.04147743   -3.72161517
C                  1.65896735    4.29550465   -2.34647792
C                  2.70617252    4.87597054   -3.06852207
C                  3.45659575   -2.47997329   -4.17613442
C                  4.68668199   -2.25835222   -4.83516097
C                  2.93426991   -3.78898645   -4.14833346
C                  5.36390948   -3.31256317   -5.44421550
C                  4.83411757   -4.61148073   -5.41140710
C                  3.61771410   -4.84335139   -4.76142782
H                 -0.94375729    0.00564632   -0.53998807
H                 -0.94161146    0.00582153    1.93965625
H                  1.21467147    0.00452413    3.18461251
H                  3.36414573    0.00993724    1.92977497
H                  3.35715728    0.01743262   -0.55322451
H                  0.61297167   -1.82608441   -3.46587584
H                  1.47358667   -2.24352739   -1.97964387
H                  0.23397996    0.33651095   -2.59810588
H                  4.20534073    2.00910999   -4.17114502
H                  0.71335433    2.48099918   -1.68985870
H                  4.44309518    4.47467714   -4.28767969
H                  0.93967530    4.92410591   -1.83020688
H                  2.80748064    5.95477627   -3.12134048
H                  5.09278059   -1.25372395   -4.85656831
H                  1.99196514   -3.98555452   -3.64728307
H                  6.30813725   -3.12509200   -5.94603072
H                  5.36519970   -5.43030516   -5.88607696
H                  3.19949978   -5.84460473   -4.72979422
N                  1.83889071    4.39688968   -6.42928130
C                  2.14668401    1.88083851   -7.03087649
C                  3.34393624    1.45162299   -7.59370895
C                  3.53209102    0.09752610   -7.92652506
C                  2.52371336   -0.83269722   -7.69781264
C                  1.08006471    0.95161110   -6.77856086
C                  1.27202256   -0.43006121   -7.11814309
C                 -0.15713781    1.35468960   -6.20463179
C                 -1.15955916    0.43386305   -5.97652923
C                 -0.96997283   -0.93051115   -6.31187275
C                  0.21918464   -1.35341689   -6.87025261
C                  1.98016003    3.26308442   -6.70141014
C                  2.73947783   -2.20377926   -8.04495416
N                  2.91168073   -3.33056861   -8.32818631
H                  4.13780941    2.16577233   -7.77722472
H                  4.46974396   -0.22338261   -8.36442449
H                 -0.30157247    2.39857491   -5.94830835
H                 -2.09877027    0.75355153   -5.53823514
H                 -1.76564027   -1.64420092   -6.12754837
H                  0.36493005   -2.39700150   -7.12704588
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1楼 2011-01-06 22:08:47
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daiyulan85

木虫 (正式写手)
就是两个分子之间的距离，你说的虚原子的距离要怎么调？
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3楼2011-01-07 13:06:32
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manson1998

金虫 (著名写手)
daiyulan85(金币+1): 2011-01-07 13:03:58
距离 控制在3.9，没有告诉你是什么距离么？
maybe 虚原子可以帮助你操作
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2楼2011-01-07 11:57:31
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manson1998

金虫 (著名写手)
daiyulan85(金币+1): 2011-01-10 21:15:09
daiyulan85(金币+8): 2011-02-22 16:58:28
就是两个原子之间的距离呗
打开element表里面有个X原子就是了
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4楼2011-01-07 13:34:07
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daiyulan85

木虫 (正式写手)
添加虚原子以后，要固定优化吗？如果要，要怎么固定键长？我用moderundant命令没有优化出来，
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6楼2011-01-10 21:17:58
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