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【奖励】 本帖被评价14次,作者bnliu增加金币 10

bnliu

金虫 (小有名气)


[资源] 【原创】关于结构优化的总结,体会

之前也有做结构优化,但是一直不太理解。最近导师让我重新优化结构,结果被训的比较惨,之前的理解全部错误,还好基本算是被导师点通了吧。现在把我从导师那得来的知识还有我自己的总结跟大家分享一下,希望对大家有帮助。


优化晶格常数,晶格常数取不同的值,最后得到晶格常数和能量的关系,再利用murn.f程序进行处理(murn.f只是针对立方相的),i取不同的值最后得到不同的体积,假设i=1对应的体积是V0,通过拟合可以得到最低的体积,但是这一点不一定对应你所取的i值,这样我们可以通过计算得到最小体积下的i值,i=(V/ V0)^3(这里标示开三次方)。得到最低能量下的体积对应的i值之后,再把i值代入运行一次,对结构参数进行优化。
注意:不可单独对某一个结构参数(a,c)进行优化(这是我开始犯得错误),当你固定一个参数优化另一个参数的时候,你不能保证弛豫之后的力为0
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匿名


本帖仅楼主可见
2楼2011-01-04 10:26:52
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fannyzhou

至尊木虫 (著名写手)


★★★ 三星级,支持鼓励

感谢楼主分享。有用!
3楼2011-01-04 15:04:28
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明月李

铜虫 (小有名气)


★★★ 三星级,支持鼓励

在哪看弛豫后的力?OUTCAR吗,那个位置
4楼2011-01-05 09:57:59
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lzl8181

铁杆木虫 (著名写手)



ellsaking(金币+1):谢谢交流 2011-01-05 21:14:57
按楼主说的,如果是个四方相a,b,c的话,就需要先设置c/a, b/a, a, 然后改变a进行体积优化,得出M方程你合出来的曲线后取最小值吧?
5楼2011-01-05 20:39:10
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

其实没明白,唉,学习
6楼2011-01-05 23:33:14
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)


★★★ 三星级,支持鼓励

挺好的,谢谢lz
8楼2011-01-06 08:41:16
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bnliu

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by lzl8181 at 2011-01-05 20:39:10:
按楼主说的,如果是个四方相a,b,c的话,就需要先设置c/a, b/a, a, 然后改变a进行体积优化,得出M方程你合出来的曲线后取最小值吧?

不是那个意思,第一步只能让你得到最低能量值下的体积,然后你要固定这个体积,去弛豫体系,然后得到C/a,a,c
9楼2011-01-06 09:10:43
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bnliu

金虫 (小有名气)


★ ★ ★
youzhizhe(金币+3):谢谢分享。 2011-01-07 00:43:25
估计我把思路整的太乱了,我这里讲的是四方相的,对于立方的相信大家都知道怎么做。
首先根据侯柱峰VASP的脚本设置I值,进行计算,运行一次脚本之后,通过拟合可以得到最低能量的体积,这个体积你可以看最后的拟合结果,或者把拟合的晶格常数乘以三就是对应的体积,但是注意这时候的晶格常数并不是你体系的,用此时得到的体积去除以I=1时候的体积开三次方,然后把脚本中的I值变成此时你得到的值,在运行一次,最后得到的就是你要的体系,晶格参数a,c,c/a通过你弛豫好之后的体系得到
10楼2011-01-06 09:20:04
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xiaotong324

铁虫 (初入文坛)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

还是不太懂唉!
11楼2011-01-07 00:05:25
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ufo991

铁虫 (正式写手)


★ 一星级,一般

偶也没看明白呢
12楼2011-01-07 09:02:04
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ufo991

铁虫 (正式写手)


貌似见过某些手册上说两种方法,一种是一步步的,一种是一次性的优化?区别在哪里呀?
13楼2011-01-07 09:07:25
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awmc2008

至尊木虫 (文坛精英)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

学习学习。用起来容易,做起来难。
14楼2011-01-07 11:35:20
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gloomy2004

金虫 (著名写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

一点也没看懂,我也需要知道这方面,LZ能不能给出更详细的说明?或者给个资料连接?
15楼2011-01-08 14:04:43
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bnliu

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by gloomy2004 at 2011-01-08 14:04:43:
一点也没看懂,我也需要知道这方面,LZ能不能给出更详细的说明?或者给个资料连接?

偶的表达能力真那么差呀
16楼2011-01-08 16:37:24
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bnliu

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by gloomy2004 at 2011-01-08 14:04:43:
一点也没看懂,我也需要知道这方面,LZ能不能给出更详细的说明?或者给个资料连接?

不好意思啊,没资料链接,这是最近做结构优化的总结,没想到表达能力这么差
17楼2011-01-08 16:38:39
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gloomy2004

金虫 (著名写手)


引用回帖:
Originally posted by bnliu at 2011-01-08 16:38:39:

不好意思啊,没资料链接,这是最近做结构优化的总结,没想到表达能力这么差

我最近也作结构优化,看了你的帖子,我吓得不轻,完全不懂,莫非我都做错了?
着急啊。
18楼2011-01-08 23:28:43
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gloomy2004

金虫 (著名写手)


你不用郁闷了,我明白了。
我还没做到这一步,所以看不懂。现在知道了。你写的其实很详细,不错。以后交流!
19楼2011-01-08 23:33:22
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wuliang0503

木虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

意思有点明白了,感学分享啊!
20楼2011-01-09 08:25:59
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bnliu

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by gloomy2004 at 2011-01-08 23:28:43:


我最近也作结构优化,看了你的帖子,我吓得不轻,完全不懂,莫非我都做错了?
着急啊。

这个偶就没办法了,感觉我说的很明白了
21楼2011-01-10 11:12:36
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leo肖

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by bnliu at 2011-01-06 09:20:04:
估计我把思路整的太乱了,我这里讲的是四方相的,对于立方的相信大家都知道怎么做。
首先根据侯柱峰VASP的脚本设置I值,进行计算,运行一次脚本之后,通过拟合可以得到最低能量的体积,这个体积你可以看最后的拟 ...

以前看手册在这一块没弄明白,现在清楚些了,谢谢啦!那最后的固定体积再运行一次,是通过设置ISIF=4或者5吗?
22楼2011-01-11 10:22:23
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bnliu

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by leo肖 at 2011-01-11 10:22:23:


以前看手册在这一块没弄明白,现在清楚些了,谢谢啦!那最后的固定体积再运行一次,是通过设置ISIF=4或者5吗?

我是用的4
23楼2011-01-13 09:38:28
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leo肖

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by bnliu at 2011-01-13 09:38:28:

我是用的4

好的,昨天我也用的ISIF=4运行了一次,结果和其余的理论值差不多,这下知道如何计算了,十分感谢!
24楼2011-01-13 10:25:53
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引用回帖:
Originally posted by bnliu at 2011-01-04 09:32:24:
之前也有做结构优化,但是一直不太理解。最近导师让我重新优化结构,结果被训的比较惨,之前的理解全部错误,还好基本算是被导师点通了吧。现在把我从导师那得来的知识还有我自己的总结跟大家分享一下,希 ...

你这个i值是什么?晶格的常数吗?我没有这个murn.f,怎么优化呢?是通过设置poscar里不同晶格常数吗?这一步优化的时候,isif等于多少?

得到不同晶格常数下的能量 再通过拟合找出能量最低时的晶格常数,再进行优化,这个时候isif=4 是吧?

谢谢咯!
25楼2011-01-13 10:48:18
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swx0789

铜虫 (小有名气)


LZ。你讲的算是很清楚了,除了写出带INCAR,POSCAR,KPOINTS文件的例子了。我也是这么优化的。但有一点我不是太明白,在第一步INCAR里面设置的时候ISIF可不可以设置为4?这样得到一系列(E,V)点,再拟合最小体积,你觉的怎么样?我自己也感觉设置ISIF=4行不同(计算时间将会华的更多)。你开始是设置ISIF=5,拟合后再计算时再设置ISIF=4吗?
26楼2011-01-13 20:00:06
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bnliu

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by swx0789 at 2011-01-13 20:00:06:
LZ。你讲的算是很清楚了,除了写出带INCAR,POSCAR,KPOINTS文件的例子了。我也是这么优化的。但有一点我不是太明白,在第一步INCAR里面设置的时候ISIF可不可以设置为4?这样得到一系列(E,V)点,再拟合最小体积 ...

这个我都是用的4,
27楼2011-01-14 09:51:56
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bnliu

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2011-01-13 10:48:18:


你这个i值是什么?晶格的常数吗?我没有这个murn.f,怎么优化呢?是通过设置poscar里不同晶格常数吗?这一步优化的时候,isif等于多少?

得到不同晶格常数下的能量 再通过拟合找出能量最低时的晶格常数,再 ...

你可以看一下侯柱峰的脚本,直接把晶格常数处的值换成i就可以了,你也可以直接用origin自己把图拟合出来,得到最低体积然后确定i值,i确定之后再运行一次脚本,就可以确定a,c的值了
28楼2011-01-14 09:54:09
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bluegirlll

铜虫 (小有名气)


我听您这么一说觉得我优化做的挑简单了,我就是做那种三个晶格常数a,b,c是一样的,然后只对a进行优化。取能量最小值的a为晶格常数,我有跟别人要的那个murn程序,不过不怎么看得懂,那个程序的输入参数是什么,输出结果是什么。请高人指点。
还有一个问题就是怎么对超胞进行优化?非常感谢
引用回帖:
Originally posted by bnliu at 2011-01-06 09:20:04:
估计我把思路整的太乱了,我这里讲的是四方相的,对于立方的相信大家都知道怎么做。
首先根据侯柱峰VASP的脚本设置I值,进行计算,运行一次脚本之后,通过拟合可以得到最低能量的体积,这个体积你可以看最后的拟 ...

29楼2011-01-14 14:01:41
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bnliu

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by bluegirlll at 2011-01-14 14:01:41:
我听您这么一说觉得我优化做的挑简单了,我就是做那种三个晶格常数a,b,c是一样的,然后只对a进行优化。取能量最小值的a为晶格常数,我有跟别人要的那个murn程序,不过不怎么看得懂,那个程序的输入参数是什么, ...

拜托程序你自己读一下就可以了
30楼2011-01-14 15:40:42
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bnliu

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by bluegirlll at 2011-01-14 14:01:41:
我听您这么一说觉得我优化做的挑简单了,我就是做那种三个晶格常数a,b,c是一样的,然后只对a进行优化。取能量最小值的a为晶格常数,我有跟别人要的那个murn程序,不过不怎么看得懂,那个程序的输入参数是什么, ...

侯柱峰的资料上有讲,我记得有讲那个程序的,自己看一下就可以了
31楼2011-01-16 14:30:07
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navyzhang

木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

照楼主的意思是不是先计算拟合得到 i 值
然后将 i 值代入再优化一次
得到最后的a,b,c
32楼2011-05-25 17:35:22
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stevencong

新虫 (初入文坛)


★★★ 三星级,支持鼓励

我也遇到相同的问题, 真无奈, 呵呵
33楼2012-05-30 15:31:24
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losenq

新虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

引用回帖:
1771282楼: Originally posted by bnliu at 2011-01-06 09:20:04
估计我把思路整的太乱了,我这里讲的是四方相的,对于立方的相信大家都知道怎么做。
首先根据侯柱峰VASP的脚本设置I值,进行计算,运行一次脚本之后,通过拟合可以得到最低能量的体积,这个体积你可以看最后的拟合 ...

那请问LZ对于单斜体系如何优化?
34楼2012-10-17 15:35:51
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简单回复
mazuju0287楼
2011-01-05 23:40   回复  
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