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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【原创】关于结构优化的总结，体会
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【奖励】 本帖被评价14次，作者bnliu增加金币 10 个

bnliu

金虫 (小有名气)

[资源] 【原创】关于结构优化的总结，体会

之前也有做结构优化，但是一直不太理解。最近导师让我重新优化结构，结果被训的比较惨，之前的理解全部错误，还好基本算是被导师点通了吧。现在把我从导师那得来的知识还有我自己的总结跟大家分享一下，希望对大家有帮助。


优化晶格常数，晶格常数取不同的值，最后得到晶格常数和能量的关系，再利用murn.f程序进行处理（murn.f只是针对立方相的），i取不同的值最后得到不同的体积，假设i=1对应的体积是V0，通过拟合可以得到最低的体积，但是这一点不一定对应你所取的i值，这样我们可以通过计算得到最小体积下的i值，i=（V/ V0）^3(这里标示开三次方)。得到最低能量下的体积对应的i值之后，再把i值代入运行一次，对结构参数进行优化。
注意：不可单独对某一个结构参数（a,c）进行优化（这是我开始犯得错误），当你固定一个参数优化另一个参数的时候，你不能保证弛豫之后的力为0
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1楼 2011-01-04 09:32:24
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匿名


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2楼2011-01-04 10:26:52
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fannyzhou

至尊木虫 (著名写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

感谢楼主分享。有用！
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3楼2011-01-04 15:04:28
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明月李

铜虫 (小有名气)

★★★ 三星级,支持鼓励

在哪看弛豫后的力？OUTCAR吗，那个位置
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4楼2011-01-05 09:57:59
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lzl8181

铁杆木虫 (著名写手)
★
ellsaking(金币+1):谢谢交流 2011-01-05 21:14:57
按楼主说的，如果是个四方相a，b，c的话，就需要先设置c/a, b/a, a, 然后改变a进行体积优化，得出M方程你合出来的曲线后取最小值吧？
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5楼2011-01-05 20:39:10
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

其实没明白，唉，学习
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6楼2011-01-05 23:33:14
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

挺好的，谢谢lz
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8楼2011-01-06 08:41:16
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bnliu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lzl8181 at 2011-01-05 20:39:10:
按楼主说的，如果是个四方相a，b，c的话，就需要先设置c/a, b/a, a, 然后改变a进行体积优化，得出M方程你合出来的曲线后取最小值吧？

不是那个意思，第一步只能让你得到最低能量值下的体积，然后你要固定这个体积，去弛豫体系，然后得到C/a，a,c
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9楼2011-01-06 09:10:43
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bnliu

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
youzhizhe(金币+3):谢谢分享。 2011-01-07 00:43:25
估计我把思路整的太乱了，我这里讲的是四方相的，对于立方的相信大家都知道怎么做。
首先根据侯柱峰VASP的脚本设置I值，进行计算，运行一次脚本之后，通过拟合可以得到最低能量的体积，这个体积你可以看最后的拟合结果，或者把拟合的晶格常数乘以三就是对应的体积，但是注意这时候的晶格常数并不是你体系的，用此时得到的体积去除以I=1时候的体积开三次方，然后把脚本中的I值变成此时你得到的值，在运行一次，最后得到的就是你要的体系，晶格参数a,c,c/a通过你弛豫好之后的体系得到
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10楼2011-01-06 09:20:04
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xiaotong324

铁虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

还是不太懂唉！
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11楼2011-01-07 00:05:25
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ufo991

铁虫 (正式写手)

★ 一星级,一般

偶也没看明白呢
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12楼2011-01-07 09:02:04
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ufo991

铁虫 (正式写手)
貌似见过某些手册上说两种方法，一种是一步步的，一种是一次性的优化？区别在哪里呀？
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13楼2011-01-07 09:07:25
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awmc2008

至尊木虫 (文坛精英)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

学习学习。用起来容易，做起来难。
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14楼2011-01-07 11:35:20
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gloomy2004

金虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

一点也没看懂，我也需要知道这方面，LZ能不能给出更详细的说明？或者给个资料连接？
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15楼2011-01-08 14:04:43
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bnliu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gloomy2004 at 2011-01-08 14:04:43:
一点也没看懂，我也需要知道这方面，LZ能不能给出更详细的说明？或者给个资料连接？

偶的表达能力真那么差呀
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16楼2011-01-08 16:37:24
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bnliu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gloomy2004 at 2011-01-08 14:04:43:
一点也没看懂，我也需要知道这方面，LZ能不能给出更详细的说明？或者给个资料连接？

不好意思啊，没资料链接，这是最近做结构优化的总结，没想到表达能力这么差
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17楼2011-01-08 16:38:39
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gloomy2004

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by bnliu at 2011-01-08 16:38:39:

不好意思啊，没资料链接，这是最近做结构优化的总结，没想到表达能力这么差

我最近也作结构优化，看了你的帖子，我吓得不轻，完全不懂，莫非我都做错了？
着急啊。
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18楼2011-01-08 23:28:43
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gloomy2004

金虫 (著名写手)
你不用郁闷了，我明白了。
我还没做到这一步，所以看不懂。现在知道了。你写的其实很详细，不错。以后交流！
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19楼2011-01-08 23:33:22
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wuliang0503

木虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

意思有点明白了，感学分享啊！
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20楼2011-01-09 08:25:59
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bnliu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gloomy2004 at 2011-01-08 23:28:43:


我最近也作结构优化，看了你的帖子，我吓得不轻，完全不懂，莫非我都做错了？
着急啊。

这个偶就没办法了，感觉我说的很明白了
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21楼2011-01-10 11:12:36
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leo肖

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bnliu at 2011-01-06 09:20:04:
估计我把思路整的太乱了，我这里讲的是四方相的，对于立方的相信大家都知道怎么做。
首先根据侯柱峰VASP的脚本设置I值，进行计算，运行一次脚本之后，通过拟合可以得到最低能量的体积，这个体积你可以看最后的拟 ...

以前看手册在这一块没弄明白，现在清楚些了，谢谢啦！那最后的固定体积再运行一次，是通过设置ISIF=4或者5吗？
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22楼2011-01-11 10:22:23
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bnliu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by leo肖 at 2011-01-11 10:22:23:


以前看手册在这一块没弄明白，现在清楚些了，谢谢啦！那最后的固定体积再运行一次，是通过设置ISIF=4或者5吗？

我是用的4
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23楼2011-01-13 09:38:28
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leo肖

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bnliu at 2011-01-13 09:38:28:

我是用的4

好的，昨天我也用的ISIF=4运行了一次，结果和其余的理论值差不多，这下知道如何计算了，十分感谢！
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24楼2011-01-13 10:25:53
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by bnliu at 2011-01-04 09:32:24:
之前也有做结构优化，但是一直不太理解。最近导师让我重新优化结构，结果被训的比较惨，之前的理解全部错误，还好基本算是被导师点通了吧。现在把我从导师那得来的知识还有我自己的总结跟大家分享一下，希 ...

你这个i值是什么？晶格的常数吗？我没有这个murn.f，怎么优化呢？是通过设置poscar里不同晶格常数吗？这一步优化的时候，isif等于多少？

得到不同晶格常数下的能量 再通过拟合找出能量最低时的晶格常数，再进行优化，这个时候isif=4 是吧？

谢谢咯！
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25楼2011-01-13 10:48:18
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swx0789

铜虫 (小有名气)
LZ。你讲的算是很清楚了，除了写出带INCAR，POSCAR，KPOINTS文件的例子了。我也是这么优化的。但有一点我不是太明白，在第一步INCAR里面设置的时候ISIF可不可以设置为4？这样得到一系列（E，V）点，再拟合最小体积，你觉的怎么样？我自己也感觉设置ISIF＝4行不同（计算时间将会华的更多）。你开始是设置ISIF＝5，拟合后再计算时再设置ISIF＝4吗？
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26楼2011-01-13 20:00:06
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bnliu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by swx0789 at 2011-01-13 20:00:06:
LZ。你讲的算是很清楚了，除了写出带INCAR，POSCAR，KPOINTS文件的例子了。我也是这么优化的。但有一点我不是太明白，在第一步INCAR里面设置的时候ISIF可不可以设置为4？这样得到一系列（E，V）点，再拟合最小体积 ...

这个我都是用的4,
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27楼2011-01-14 09:51:56
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bnliu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2011-01-13 10:48:18:


你这个i值是什么？晶格的常数吗？我没有这个murn.f，怎么优化呢？是通过设置poscar里不同晶格常数吗？这一步优化的时候，isif等于多少？

得到不同晶格常数下的能量 再通过拟合找出能量最低时的晶格常数，再 ...

你可以看一下侯柱峰的脚本，直接把晶格常数处的值换成i就可以了，你也可以直接用origin自己把图拟合出来，得到最低体积然后确定i值，i确定之后再运行一次脚本，就可以确定a,c的值了
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28楼2011-01-14 09:54:09
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bluegirlll

铜虫 (小有名气)
我听您这么一说觉得我优化做的挑简单了，我就是做那种三个晶格常数a，b，c是一样的，然后只对a进行优化。取能量最小值的a为晶格常数，我有跟别人要的那个murn程序，不过不怎么看得懂，那个程序的输入参数是什么，输出结果是什么。请高人指点。
还有一个问题就是怎么对超胞进行优化？非常感谢
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Originally posted by bnliu at 2011-01-06 09:20:04:
估计我把思路整的太乱了，我这里讲的是四方相的，对于立方的相信大家都知道怎么做。
首先根据侯柱峰VASP的脚本设置I值，进行计算，运行一次脚本之后，通过拟合可以得到最低能量的体积，这个体积你可以看最后的拟 ...

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29楼2011-01-14 14:01:41
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bnliu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bluegirlll at 2011-01-14 14:01:41:
我听您这么一说觉得我优化做的挑简单了，我就是做那种三个晶格常数a，b，c是一样的，然后只对a进行优化。取能量最小值的a为晶格常数，我有跟别人要的那个murn程序，不过不怎么看得懂，那个程序的输入参数是什么， ...

拜托程序你自己读一下就可以了
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30楼2011-01-14 15:40:42
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bnliu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bluegirlll at 2011-01-14 14:01:41:
我听您这么一说觉得我优化做的挑简单了，我就是做那种三个晶格常数a，b，c是一样的，然后只对a进行优化。取能量最小值的a为晶格常数，我有跟别人要的那个murn程序，不过不怎么看得懂，那个程序的输入参数是什么， ...

侯柱峰的资料上有讲，我记得有讲那个程序的，自己看一下就可以了
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31楼2011-01-16 14:30:07
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navyzhang

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

照楼主的意思是不是先计算拟合得到 i 值
然后将 i 值代入再优化一次
得到最后的a,b,c
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32楼2011-05-25 17:35:22
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stevencong

新虫 (初入文坛)

★★★ 三星级,支持鼓励

我也遇到相同的问题, 真无奈, 呵呵
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33楼2012-05-30 15:31:24
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losenq

新虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

引用回帖:
1771282楼: Originally posted by bnliu at 2011-01-06 09:20:04
估计我把思路整的太乱了，我这里讲的是四方相的，对于立方的相信大家都知道怎么做。
首先根据侯柱峰VASP的脚本设置I值，进行计算，运行一次脚本之后，通过拟合可以得到最低能量的体积，这个体积你可以看最后的拟合 ...

那请问LZ对于单斜体系如何优化？
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34楼2012-10-17 15:35:51
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mazuju0287楼
2011-01-05 23:40   回复  
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