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【求助】ubuntu phonopy
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有没有使用phonopy的朋友？我在ubuntu上装了phonopy，开始运行正常，后来算另一个时（原子种类由2种变成4种）出现一下问题：运行phonopy产生超胞，phonopy -f vasprun.mxl-*产生FORCES都正常，最后执行phonopy -p时出现一下： Band structure mode Settings: Supercell: [3 3 1] Spacegroup: P2_1/m (11) Traceback (most recent call last): File "/usr/local/bin/phonopy", line 505, in forces = file_IO.parse_FORCES( supercell ) File "/home/dxp/phonopy-0.9.3/lib/python/phonopy/file_IO.py", line 29, in parse_FORCES forces = Forces( atom_number-1, displacement, forces_tmp ) File "/home/dxp/phonopy-0.9.3/lib/python/phonopy/forces.py", line 17, in __init__ self.forces = np.array(forces) ValueError: setting an array element with a sequence. 请问大家知不知道什么原因？ 还有在算另一个时出现一下情况： Supercell: [3 3 1] Spacegroup: P6_3/mmc (194) Paths in reciprocal reduced coordinates: [ 0.00 0.00 0.00] --> [ 0.00 0.00 0.50] [ 0.00 0.00 0.50] --> [-0.33 0.67 0.50] [-0.33 0.67 0.50] --> [-0.33 0.67 -0.00] [-0.33 0.67 0.00] --> [ 0.00 -0.00 0.00] [ 0.00 0.00 0.00] --> [ 0.00 0.50 0.00] [ 0.00 0.50 0.00] --> [ 0.00 0.50 0.50] [ 0.00 0.50 0.50] --> [-0.33 0.67 0.50] Traceback (most recent call last): File "/usr/local/bin/phonopy", line 583, in is_eigenvectors=settings.get_is_eigenvectors() ) File "/home/dxp/phonopy-0.9.3/lib/python/phonopy/__init__.py", line 284, in set_band_structure factor=self.factor ) File "/home/dxp/phonopy-0.9.3/lib/python/phonopy/band_structure.py", line 20, in __init__ self.set_band( verbose=verbose ) File "/home/dxp/phonopy-0.9.3/lib/python/phonopy/band_structure.py", line 72, in set_band eigvals.append(np.linalg.eigvalsh(dm).real) File "/usr/lib/python2.6/dist-packages/numpy/linalg/linalg.py", line 722, in eigvalsh raise LinAlgError, 'Eigenvalues did not converge' numpy.linalg.linalg.LinAlgError: Eigenvalues did not converge 这又是怎么回事？ 有时出现上面情况，有计算成功的时候。 |
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