24小时热门版块排行榜    

查看: 1196  |  回复: 1

狐虎

新虫 (初入文坛)


[交流] 【求助】ubuntu phonopy

有没有使用phonopy的朋友?我在ubuntu上装了phonopy,开始运行正常,后来算另一个时(原子种类由2种变成4种)出现一下问题:运行phonopy产生超胞,phonopy -f vasprun.mxl-*产生FORCES都正常,最后执行phonopy -p时出现一下:
Band structure mode
Settings:
  Supercell:  [3 3 1]
Spacegroup:  P2_1/m     (11)
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/bin/phonopy", line 505, in
    forces = file_IO.parse_FORCES( supercell )
  File "/home/dxp/phonopy-0.9.3/lib/python/phonopy/file_IO.py", line 29, in parse_FORCES
    forces = Forces( atom_number-1, displacement, forces_tmp )
  File "/home/dxp/phonopy-0.9.3/lib/python/phonopy/forces.py", line 17, in __init__
    self.forces = np.array(forces)
ValueError: setting an array element with a sequence.
请问大家知不知道什么原因?
还有在算另一个时出现一下情况:
  Supercell:  [3 3 1]
Spacegroup:  P6_3/mmc   (194)
Paths in reciprocal reduced coordinates:
[ 0.00  0.00  0.00] --> [ 0.00  0.00  0.50]
[ 0.00  0.00  0.50] --> [-0.33  0.67  0.50]
[-0.33  0.67  0.50] --> [-0.33  0.67 -0.00]
[-0.33  0.67  0.00] --> [ 0.00 -0.00  0.00]
[ 0.00  0.00  0.00] --> [ 0.00  0.50  0.00]
[ 0.00  0.50  0.00] --> [ 0.00  0.50  0.50]
[ 0.00  0.50  0.50] --> [-0.33  0.67  0.50]
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/bin/phonopy", line 583, in
    is_eigenvectors=settings.get_is_eigenvectors() )
  File "/home/dxp/phonopy-0.9.3/lib/python/phonopy/__init__.py", line 284, in set_band_structure
    factor=self.factor )
  File "/home/dxp/phonopy-0.9.3/lib/python/phonopy/band_structure.py", line 20, in __init__
    self.set_band( verbose=verbose )
  File "/home/dxp/phonopy-0.9.3/lib/python/phonopy/band_structure.py", line 72, in set_band
    eigvals.append(np.linalg.eigvalsh(dm).real)
  File "/usr/lib/python2.6/dist-packages/numpy/linalg/linalg.py", line 722, in eigvalsh
    raise LinAlgError, 'Eigenvalues did not converge'
numpy.linalg.linalg.LinAlgError: Eigenvalues did not converge
这又是怎么回事?

有时出现上面情况,有计算成功的时候。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (著名写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 狐虎 的主题更新
普通表情 高级回复(可上传附件)
信息提示
请填处理意见