| 查看: 1236 | 回复: 1 | |||
[交流]
【求助】ubuntu phonopy
|
|
有没有使用phonopy的朋友？我在ubuntu上装了phonopy，开始运行正常，后来算另一个时（原子种类由2种变成4种）出现一下问题：运行phonopy产生超胞，phonopy -f vasprun.mxl-*产生FORCES都正常，最后执行phonopy -p时出现一下： Band structure mode Settings: Supercell: [3 3 1] Spacegroup: P2_1/m (11) Traceback (most recent call last): File "/usr/local/bin/phonopy", line 505, in forces = file_IO.parse_FORCES( supercell ) File "/home/dxp/phonopy-0.9.3/lib/python/phonopy/file_IO.py", line 29, in parse_FORCES forces = Forces( atom_number-1, displacement, forces_tmp ) File "/home/dxp/phonopy-0.9.3/lib/python/phonopy/forces.py", line 17, in __init__ self.forces = np.array(forces) ValueError: setting an array element with a sequence. 请问大家知不知道什么原因？ 还有在算另一个时出现一下情况： Supercell: [3 3 1] Spacegroup: P6_3/mmc (194) Paths in reciprocal reduced coordinates: [ 0.00 0.00 0.00] --> [ 0.00 0.00 0.50] [ 0.00 0.00 0.50] --> [-0.33 0.67 0.50] [-0.33 0.67 0.50] --> [-0.33 0.67 -0.00] [-0.33 0.67 0.00] --> [ 0.00 -0.00 0.00] [ 0.00 0.00 0.00] --> [ 0.00 0.50 0.00] [ 0.00 0.50 0.00] --> [ 0.00 0.50 0.50] [ 0.00 0.50 0.50] --> [-0.33 0.67 0.50] Traceback (most recent call last): File "/usr/local/bin/phonopy", line 583, in is_eigenvectors=settings.get_is_eigenvectors() ) File "/home/dxp/phonopy-0.9.3/lib/python/phonopy/__init__.py", line 284, in set_band_structure factor=self.factor ) File "/home/dxp/phonopy-0.9.3/lib/python/phonopy/band_structure.py", line 20, in __init__ self.set_band( verbose=verbose ) File "/home/dxp/phonopy-0.9.3/lib/python/phonopy/band_structure.py", line 72, in set_band eigvals.append(np.linalg.eigvalsh(dm).real) File "/usr/lib/python2.6/dist-packages/numpy/linalg/linalg.py", line 722, in eigvalsh raise LinAlgError, 'Eigenvalues did not converge' numpy.linalg.linalg.LinAlgError: Eigenvalues did not converge 这又是怎么回事？ 有时出现上面情况，有计算成功的时候。 |
回复此楼» 猜你喜欢
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
编译 fropho
已经有8人回复
- 求phononpy或frophon安装包
已经有14人回复
- scipy 编译错误
已经有3人回复
- 【求助】Phonopy 计算声子频率的问题
已经有9人回复
- 【求助】算声子谱的时候LO-TO谱出错（vasp+fropho）
已经有8人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
北京石油化工学院【化学工程与技术、材料与化工】调剂招生3名！
+1/90
-
广东医科大学 陈胜昔教授团队（国家级人才；AI医药创新研发平台）高薪聘请博士后
+1/85
-
河南农业大学理学院仿生应用化学创新团队招收硕士调剂生
+1/55
-
考研调剂!
+1/40
-
汕头大学土木与智慧建设工程系调剂信息
+1/37
-
广东省五邑大学光电催化团队接受研究生调剂
+1/34
-
大连工业大学 高分子材料 接收考研调剂
+1/19
-
API项目寻求落地合作
+1/18
-
南京林业大学-国家级青年人才团队 招2026级博士、调剂硕士（合成化学方向）
+1/18
-
西南科技大学李永升老师接收材料和化工类研究生调剂
+1/17
-
长江大学智能钻井方向硕士调剂
+1/10
-
西安工程大学环境与化学工程学院能源环境催化与先进材料课题组招生
+1/9
-
中科院和北京工商大学招收2026博士（化学背景）
+1/8
-
台州学院医药化工学院2026年化学/化学工程硕士研究生
+2/6
-
材料科学与工程学院招生
+1/4
-
哈尔滨工程大学动力学院赵建辉团队招收2026博士研究生
+1/3
-
金属材料先进连接技术
+1/2
-
阶段性压力
+2/2
-
2026年北京石油化工学院环境学科-水污染控制工程方向课题组欢迎您
+1/2
-
长江师范学院化学工程方向接收大量调剂考生
+1/1
2楼2016-08-23 15:42:07
