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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » ME/Gulp » 【求助】ME计算时坐标的固定问题
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truemantwo

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】ME计算时坐标的固定问题

如题
虽然使用ME的朋友估计比较少，但还是想问一下有没有人知道ME计算时，如何对特定的方向进行坐标固定？
有些文献上说对x方向控制为自由边界，而y方向施加周期性边界条件。不知道ME里面能否实现？另外这种情况是不是表示该体系为二维的而不是带cell的三维结构？
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1楼 2010-12-28 11:27:34
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linlin1011

铁虫 (正式写手)
★ ★
truemantwo(金币+2):谢谢 2010-12-29 16:20:35
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-30 09:54:22
ME默认3个方向均为周期性边界，如果X方向为自由边界，可以加一个真空层来实现。
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2楼2010-12-29 14:44:43
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truemantwo

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by linlin1011 at 2010-12-29 14:44:43:
ME默认3个方向均为周期性边界，如果X方向为自由边界，可以加一个真空层来实现。

谢谢你的回复
也就是说，如果y方向控制为周期性边界条件的话，就是只要建立cell的时候把y方向MDcell的长度设置成和体系的y方向一样的长度，而不需要留多余的真空层？
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3楼2010-12-29 16:23:58
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