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朵尓丹娜

金虫 (初入文坛)

[求助] 求助：测出的序列与原先的序列之间的相似性很低~

我把PCR扩增的300多bp的片段连接到pMD18载体上，然后转化到了JM109中，之后提取质粒，检测之后，分别送给华大和英俊公司测序，结果英俊公司测出的序列长度为520bp，而华大的测出的为300bp，比对之后，发现序列一致性为100%，但是长度不符，另外与我设计引物所用的序列之间的相似性非常低，不足10%。不知道哪个环节除了问题，所以请教各位帮一下忙！非常感谢~
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1楼 2010-12-26 23:22:59
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yzxmichell

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

朵尓丹娜(金币+3, 博学EPI+1):虽然不是很全面，但是也提供了不错的思路！ 2010-12-28 12:10:09
你设计的引物是特异引物吗？还是兼并引物？也或者你P出的是载体上的序列，不是你要的目的序列。
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Nomoving！
2楼2010-12-27 16:43:22
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朵尓丹娜

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by yzxmichell at 2010-12-27 16:43:22:
你设计的引物是特异引物吗？还是兼并引物？也或者你P出的是载体上的序列，不是你要的目的序列。

不是载体序列，与载体序列进行比对过了，不是载体序列！
我设计的是特异引物！我和公司的人联系，关于序列长短的问题已经解决，但是为什么与原来的序列之间没有相似性，这个问题还是没有思路！
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3楼2010-12-28 12:34:47
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