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liuyupu132

木虫 (正式写手)

[交流] 【请教】本人菜鸟一个，请教几个A类错误

PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom O1      is N.P.D. or (nearly) 2D ...          ?     
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom O6      is N.P.D. or (nearly) 2D ...          ?     
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom C2      is N.P.D. or (nearly) 2D ...          ?     
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom C3      is N.P.D. or (nearly) 2D ...          ?     
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom C4      is N.P.D. or (nearly) 2D ...          ?     
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom C6      is N.P.D. or (nearly) 2D ...          ?     
PLAT213_ALERT_2_A Atom O4              has ADP max/min Ratio .....       7.30 prola
PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D       H4     ..  H7      ..       1.46 Ang.
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1楼 2010-12-23 13:43:45
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)
liuyupu132(金币+5): 2011-01-01 21:30:40
首先确定空间群有没有问题 如果没问题检查各个原子定的是否正确 这么多的非正定不正常哦
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2楼2010-12-23 13:50:39
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david_njust

银虫 (小有名气)
同是菜鸟的飘过
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3楼2010-12-23 13:55:40
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yunruirui

荣誉版主 (著名写手)
liuyupu132(金币+1): 2011-01-01 21:30:58
liuyupu132(金币+3): 2011-01-01 21:31:05
非正定一般是没有异性精修，或者是该原子的热振动因子偏大，或者是你在定原子时出现错误
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4楼2010-12-23 14:00:29
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454106649

木虫 (著名写手)
liuyupu132(金币+2): 2011-01-01 21:34:22
引用回帖:
Originally posted by liuyupu132 at 2010-12-23 13:43:45:
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom O1      is N.P.D. or (nearly) 2D ...          ?     
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom O6      is N.P.D. or (nearly) 2D ...          ?     
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom ...

这样的错误不看数据，不好整！
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5楼2010-12-23 14:48:08
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2009210721

铜虫 (著名写手)
liuyupu132(金币+1): 2011-01-07 22:32:02
前面7个是无序的意思，最后是氢键之间短了，重新找个吧
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6楼2010-12-23 15:44:28
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lilywang501

金虫 (小有名气)
liuyupu132(金币+3): 2011-01-07 22:32:22
首先确定空间群有没有问题 有可能空间群定低了 如果没问题检查各个原子定的是否正确 还有一种可能就是没做各向异性 如果不是上述问题 可以用isor 0.01 命令限制一下
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7楼2011-01-07 09:02:56
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cf_success

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
前面几个ADP的错误用isor限定。你在shelxtl里面看一看ins温度因子或者xshell的thermal ellipsoid，这几个原子的温度因子值应该比较大
最后一个用dfix限定距离
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8楼2011-09-02 19:39:19
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