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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】怎样用Gview看HOMO，LUMO轨道
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快乐至上7868

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】怎样用Gview看HOMO，LUMO轨道

已经得到了优化好的几何构型，现在需要分析分子的HOMO跟LUMO轨道
我现在的方法是，首先formchk优化好的几何构型的chk文件，然后使用以下命令
cubegen 0 mo=homo *.fchk *.cub 0
得到的*.cube文件使用gview看结果，显示No MOs available，用Chem3D看的图是第一个图，而我想要的是第二个图。
不知道哪里出了问题？还请大家指点一下，万分感谢！
我的*.cube文件如下
1-scan 2010 1214 mo=homo
MO coefficients
  -72  -21.821550  -14.004084   -9.360395
  121    0.364585    0.000000    0.000000
   81    0.000000    0.364585    0.000000
   52    0.000000    0.000000    0.364585
    6    6.000000   -5.495631   -0.425731    1.939299
    6    6.000000   -2.870723   -0.406900    2.041871
  ........
-6.00239E-12 -1.32209E-11 -2.78898E-11 -5.63447E-11 -1.09010E-10 -2.01956E-10
-3.58263E-10 -6.08524E-10 -9.89590E-10 -1.54066E-09 -2.29618E-09 -3.27582E-09
-4.47322E-09 -5.84621E-09 -7.31224E-09 -8.75217E-09 -1.00239E-08 -1.09845E-08
  .......................




[ Last edited by 快乐至上7868 on 2010-12-17 at 01:30 ]
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1楼 2010-12-17 00:37:27
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小红豆

主管区长 (知名作家)
★
快乐至上7868(金币+5):谢谢参与
楼主是否保存了计算是产生的CHK文件？
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2楼2010-12-17 09:32:50
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gougaozhan

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★
快乐至上7868(金币+5):谢谢参与
小红豆(金币+3):感谢交流 2010-12-17 09:54:20
应该没有出错，你调节chemoffice    里的surfaces——isocontour，应该就可以看了。但首先要让显示出HOMO，LUMO图来
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3楼2010-12-17 09:42:12
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manson1998

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
快乐至上7868(金币+5):谢谢参与
小红豆(金币+2):鼓励交流 2010-12-17 10:12:19
直接用gv可以打开chk就可以看
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4楼2010-12-17 09:57:58
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
快乐至上7868(金币+5):谢谢参与
小红豆(金币+2):感谢交流 2010-12-20 08:26:30
gaussview 5.08-->File-->Open-->*.fchk-->open-->Edit-->MOs-->Visualize-->Update

gv其他版本应该也一样吧...
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5楼2010-12-17 10:24:38
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快乐至上7868

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 小红豆 at 2010-12-17 09:32:50:
楼主是否保存了计算是产生的CHK文件？

都保存了的
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6楼2010-12-17 12:16:04
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快乐至上7868

新虫 (小有名气)
★ ★
小红豆(金币+2):感谢交流 2010-12-20 08:27:13
引用回帖:
Originally posted by fatpig8832 at 2010-12-17 10:24:38:
gaussview 5.08-->File-->Open-->*.fchk-->open-->Edit-->MOs-->Visualize-->Update

gv其他版本应该也一样吧...

visualize的选项是灰的，不能选，可以看到轨道，但是得不到我想要的第二个图，这是什么原因呢？
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7楼2010-12-17 12:27:12
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
快乐至上7868(金币+15): 2010-12-20 03:29:53
小红豆(金币+2):感谢交流 2010-12-20 08:27:22
引用回帖:
Originally posted by 快乐至上7868 at 2010-12-17 12:27:12:

visualize的选项是灰的，不能选，可以看到轨道，但是得不到我想要的第二个图，这是什么原因呢？

是不是fchk文件，跟chk不同的...

你可以算个h2o试试，弄出fchk文件再用上面的步骤看看是否有图出现

通常直接打开log文件就会出现visualize的选项是灰的...
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8楼2010-12-17 12:34:51
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★
快乐至上7868(金币+5):谢谢参与
快乐至上7868(金币+15): 2010-12-20 03:29:41
小红豆(金币+3):感谢交流 2010-12-20 08:27:35
gaussview 5.08-->File-->Open-->*.fchk-->open-->Results-->Surfaces/Conrtours-->Cube actions-->New action-->Surface action 就可以了，你的分子比较大，时间会长些
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9楼2010-12-19 14:05:39
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)
★ ★ ★
小红豆(金币+3):感谢交流 2010-12-20 08:27:44
可以先把默认得计算基组改大些
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10楼2010-12-19 14:10:10
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快乐至上7868

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gmy1990 at 2010-12-19 14:05:39:
gaussview 5.08-->File-->Open-->*.fchk-->open-->Results-->Surfaces/Conrtours-->Cube actions-->New action-->Surface action 就可以了，你的分子比较大，时间会长些

非常感谢，用这个方法就可以了。
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11楼2010-12-20 03:28:50
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hq2010

金虫 (正式写手)
★
快乐至上7868(金币+5):谢谢参与
按这个试确实可以
引用回帖:
Originally posted by fatpig8832 at 2010-12-17 10:24:38:
gaussview 5.08-->File-->Open-->*.fchk-->open-->Edit-->MOs-->Visualize-->Update

gv其他版本应该也一样吧...

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12楼2010-12-21 02:33:05
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快乐至上7868

新虫 (小有名气)
[quote]Originally posted by hq2010 at 2010-12-21 02:33:05:
按这个试确实可以

这个后来又试了，也可以的，谢谢！
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13楼2010-12-21 04:04:11
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agnes1986

金虫 (小有名气)
★
快乐至上7868(金币+5):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by gmy1990 at 2010-12-19 14:05:39:
gaussview 5.08-->File-->Open-->*.fchk-->open-->Results-->Surfaces/Conrtours-->Cube actions-->New action-->Surface action 就可以了，你的分子比较大，时间会长些

你好！我想问一下，做出的轨道图，怎么可以把轨道变成透明的，然后保存起来呢，我保存之后再用看图软件打开，就不是透明的了，不知道是什么原因。谢谢
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14楼2010-12-23 10:09:12
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by agnes1986 at 2010-12-23 10:09:12:

你好！我想问一下，做出的轨道图，怎么可以把轨道变成透明的，然后保存起来呢，我保存之后再用看图软件打开，就不是透明的了，不知道是什么原因。谢谢

file--preferences--display format--surface--就可以调整你想要得透明度了
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15楼2010-12-23 12:13:43
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by agnes1986 at 2010-12-23 10:09:12:

你好！我想问一下，做出的轨道图，怎么可以把轨道变成透明的，然后保存起来呢，我保存之后再用看图软件打开，就不是透明的了，不知道是什么原因。谢谢

file--preferences--display format--surface--就可以调整你想要得透明度了
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16楼2010-12-23 12:15:13
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boylc789

木虫 (著名写手)
★
快乐至上7868(金币+5):谢谢参与
学习了:dnd:
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17楼2010-12-29 18:35:31
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green1986

木虫 (小有名气)
★
快乐至上7868(金币+5):谢谢参与
学习了，很实用～
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18楼2010-12-29 18:47:14
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yuanzou3015

银虫 (小有名气)
★
快乐至上7868(金币+5):谢谢参与
лл
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19楼2011-10-27 11:15:45
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徐氏小浩

铜虫 (小有名气)
★
快乐至上7868(金币+5): 谢谢参与
挺好的
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21楼2015-11-21 15:32:41
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赵红霞20楼
2014-08-29 16:45   回复  
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