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xppcomeon

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[交流] 【求助】网上下载的蛋白-配基复合物,配基结构不完整时怎么办 已有1人参与

我想分析自己合成的小分子和靶蛋白的结合模式与已知化合物结合模式的异同。
从网上下载下来了蛋白-已知化合物复合物的pdb文件,但是由于已知化合物的一部分化学基团在蛋白活性口袋外,在pdb文件中没有标出这部分基团,所以小分子结构不完全。
如果要完成我的研究目的,我觉得应该将这部分化学结构补齐,但怎么在不影响复合物其他结合信息的情况下补齐化合物结构,很是费解,哪位同学帮下忙指导下,多谢了
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caixin5120

木虫 (正式写手)


★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-15 22:29:04
很是不明白你的意思!你费解,也让我很费解:)

“但是由于已知化合物的一部分化学基团在蛋白活性口袋外,在pdb文件中没有标出这部分基团,所以小分子结构不完全。”  PDB下载的 小分子配体怎么可能不完整?
2楼2010-12-15 13:24:21
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