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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】相关函数曲线异常
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astringent

铜虫 (著名写手)

[交流] 【求助】相关函数曲线异常 已有5人参与

我做了相关函数的曲线，可是并不像书上所画的，开始时为1，长时间接近0。按我的数据做的图为蓝色部分，可是一直也没有接近0，横轴的时间是以ps为单位的。粉色的线是我用exp（-a/t）得到的。请大家帮我分析一下，为什么会这样呢？是我的模拟时间不够还是怎么回事？多谢了。


[ Last edited by ghcacj on 2010-12-8 at 16:39 ]
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1楼 2010-12-08 16:00:25
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huai

木虫 (职业作家)
什么量的相关函数？
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2楼2010-12-08 16:23:47
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astringent

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by huai at 2010-12-08 16:23:47:
什么量的相关函数？

hydrogen bond
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3楼2010-12-08 17:34:06
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-09 14:31:03
如果你算得是纯水的相关函数的话，那么你的算法有可能是错的

这是我算得一个相关函数




这是个文献上的nature，379-4


可能平衡不够或者时间太短
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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
4楼2010-12-08 19:18:30
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astringent

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-12-08 19:18:30:
如果你算得是纯水的相关函数的话，那么你的算法有可能是错的

这是我算得一个相关函数


[img]http://pic.muchong.com/201012/8/239560_191517.jp ...

我算不是纯水，是氨基酸周围的水氢键的相关函数。
你说的平衡不够或者时间太短，是说我抽样阶段的模拟时间短吗？
从我的图来看，一点接近零的趋势都没有啊。
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5楼2010-12-09 03:06:27
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2010-12-09 14:30:54
引用回帖:
Originally posted by astringent at 2010-12-09 03:06:27:

我算不是纯水，是氨基酸周围的水氢键的相关函数。
你说的平衡不够或者时间太短，是说我抽样阶段的模拟时间短吗？
从我的图来看，一点接近零的趋势都没有啊。

你这个图形尾巴的地方应该是采样太少引起的大涨落所致。看看你的算法是不是有问题
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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
6楼2010-12-09 11:36:09
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astringent

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-12-09 11:36:09:



你这个图形尾巴的地方应该是采样太少引起的大涨落所致。看看你的算法是不是有问题

我的采样确实有点问题。在采样阶段，老板只让我做了100ps，每隔100fs取一次样，所以我只有1000个点，所以采样到到最后时，样本就很少。至于算法，我是这样写的：
do i=1,10000 (粒子数)
     do ntel=1,npoints (共有npoints个数据)
          if (确定timeorigin的条件) then
             t0=t0+1
             time0(t0)=ntel
             tcf0(t0)=tcf(ntel)         
             do t=1,t0
                  delt=ntel-time0(t)+1
                  tcf(delt)=tcf(delt)+tcf(ntel)*tcf0(t)  
                  tcf0(delt)=tcf0(delt)+tcf0(t)*tcf0(t)
             enddo
           endif
    enddo
enddo
do ical=1,npoints
tcf(ical)=（tcf(ical)/nparticle*ntime(ical)/(tcf0(ical) /nparticle*ntime(ical)
enddo
有劳你帮我看看，这个算法有没有问题，多谢。
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7楼2010-12-09 15:55:50
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葵sunny

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
不知道楼主可否告诉一下相关函数怎么算呢，怎么出来上面类似的图呢，谢谢啦
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8楼2012-10-27 10:12:20
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rusong231

铜虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
最简单的方法直接用me软件计算就行了，然后将时间步长取短一些，周期性晶胞取大些时候计算时间取长点，不一定

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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9楼2012-10-27 10:26:00
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