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zhugezilong

木虫 (著名写手)

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[交流] 【求助】较大分子的结构优化问题

自己合成的一个枝状物大分子，是把六个染料通过一个中心核连接在一起，总共有470个原子（C,H,O,N,S）。现在想对其进行简单的结构优化，以评估其空间构象。
在chem3D忠进行MM2优化，总是显示说Iteration 25: Minimization terminated in error because of repeated or severe errors from the line search。

在gaussian09中分别进行AM1优化和PM6优化，在计算过程中总是出错，说是不能收敛。打开out文件总是显示有两个染料基团的尾部绕在一起成一团了。本来预期的结果应该是在空间中分的很开的。我用chem3D建的输入文件，还特意把结构调整的看起来合理一些，但几次都是出现同样的问题。

请问，对于这种几百个原子的大分子有没有什么好的优化方法？我的要求也不是很高，只是需要一个三维的空间分布图。一篇文章需要补上一个构型图。

怎么去避免在这两种半经验方法中本应该离得很远的两个基团结在一起而导致计算终止的问题？
非常感谢。

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1楼 2010-12-01 05:45:34

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ykwang

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
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★ ★ ★ ★ ★ ★
小红豆(金币+5):感谢参与交流，常来哦。 2010-12-01 08:36:42
heyo_123(金币+1):鼓励交流！ 2010-12-01 08:49:42
zhugezilong(金币+5):谢谢指导 2010-12-02 04:35:28

很可能是因为你的分子太大，可能的构象太多，且初始结构又远离最优结构所致。一种可能的解决办法是：先把分子分成几个小的片段（切断处补氢）分别进行结构优化；再将片段分子两两组合(去掉前面所加的氢原子)，进行结构优化。最后合成一个大分子，再优化一次。如果你有足够的经验，按这种方法可以很快找到最优结构，并可避免所述问题。