| 查看: 1216 | 回复: 2 | |||
[交流]
【求助】较大分子的结构优化问题
|
|
自己合成的一个枝状物大分子，是把六个染料通过一个中心核连接在一起，总共有470个原子（C,H,O,N,S）。现在想对其进行简单的结构优化，以评估其空间构象。 在chem3D忠进行MM2优化，总是显示说Iteration 25: Minimization terminated in error because of repeated or severe errors from the line search。 在gaussian09中分别进行AM1优化和PM6优化，在计算过程中总是出错，说是不能收敛。打开out文件总是显示有两个染料基团的尾部绕在一起成一团了。本来预期的结果应该是在空间中分的很开的。我用chem3D建的输入文件，还特意把结构调整的看起来合理一些，但几次都是出现同样的问题。 请问，对于这种几百个原子的大分子有没有什么好的优化方法？我的要求也不是很高，只是需要一个三维的空间分布图。一篇文章需要补上一个构型图。 怎么去避免在这两种半经验方法中本应该离得很远的两个基团结在一起而导致计算终止的问题？ 非常感谢。 |
回复此楼» 猜你喜欢
申请2027年材料/化学类博士
已经有6人回复
-
瑞典林雪平大学范立洲课题组现招聘博士后、岗位制博士生
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有224人回复
-
中国科大仿生界面材料科学全国重点实验室戴懿涛研究员/江雷院士团队招聘科研助理
已经有0人回复
-
中国科大仿生界面材料科学全国重点实验室戴懿涛研究员/江雷院士团队招聘科研助理
已经有0人回复
-
寻求物理化学学报最新的投稿模板！
已经有4人回复
-
求相关合成条件
已经有12人回复
-
2027春季申博自荐
已经有6人回复
-
投稿咨询
已经有7人回复
-
自科面上 散金币 祈福
已经有61人回复
-
青基的材料青椒们，可以把硕士联培生送我这里，要研二男生
已经有63人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小红豆(金币+5):感谢参与交流，常来哦。 2010-12-01 08:36:42
heyo_123(金币+1):鼓励交流！ 2010-12-01 08:49:42
zhugezilong(金币+5):谢谢指导 2010-12-02 04:35:28
小红豆(金币+5):感谢参与交流，常来哦。 2010-12-01 08:36:42
heyo_123(金币+1):鼓励交流！ 2010-12-01 08:49:42
zhugezilong(金币+5):谢谢指导 2010-12-02 04:35:28
| 很可能是因为你的分子太大，可能的构象太多，且初始结构又远离最优结构所致。一种可能的解决办法是：先把分子分成几个小的片段（切断处补氢）分别进行结构优化；再将片段分子两两组合(去掉前面所加的氢原子)，进行结构优化。最后合成一个大分子，再优化一次。如果你有足够的经验，按这种方法可以很快找到最优结构，并可避免所述问题。 |
2楼2010-12-01 08:11:13
3楼2010-12-01 20:17:48
投票:
