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sxjsn1

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】vasp无法并行计算

输入mpirun －np2 vasp时出现这个错误
/usr/local/bin/mpdroot: open failed for root's mpd conf filempiexec_laoshan.daoren (__init__ 1208): forked process failed; status=255
在论坛上看见同样几个帖子 可惜都答的不清楚  求高手解答  装vasp我断断续续都花了几个月了 真崩溃阿
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1楼2010-11-29 22:05:31
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lightgjx

木虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1):鼓励交流 2010-11-30 10:08:07
sxjsn1(金币+2): 2010-11-30 11:12:03
引用回帖:
Originally posted by sxjsn1 at 2010-11-29 22:05:31:
输入mpirun －np2 vasp时出现这个错误
/usr/local/bin/mpdroot: open failed for root's mpd conf filempiexec_laoshan.daoren (__init__ 1208): forked process failed; status=255
在论坛上看见同样几个帖子  ...

在保证mpi安装正确的基础上：
执行：mpd&
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2楼2010-11-30 09:51:46
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lightgjx at 2010-11-30 09:51:46:


在保证mpi安装正确的基础上：
执行：mpd&

[root@laoshan Fe-bulk]# mpirun -np 2 vasp
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  1 types and    1 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  1 types and    1 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
这样的话是不是编译成功了呢？ 我看别人上面有一句
running on 4 nodes
我的上面怎么没有这一句阿？
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3楼2010-11-30 11:27:32
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夕阳西下

金虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-11-30 12:17:54
sxjsn1(金币+2): 2010-11-30 15:25:55
[quote]Originally posted by sxjsn1 at 2010-11-30 11:27:32:

[root@laoshan Fe-bulk]# mpirun -np 2 vasp
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  1 types and    1 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCA ... [/quo
应该算是成功了，否则也不会运行啊。mpirun -np 2 vasp -mpi>out试试。
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4楼2010-11-30 11:51:22
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)
★
sunyang1988(金币+1):谢谢指点 2010-12-02 15:15:55
引用回帖:
Originally posted by sxjsn1 at 2010-11-30 11:27:32:

[root@laoshan Fe-bulk]# mpirun -np 2 vasp
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  1 types and    1 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCA ...

别人是跨节点吧，用了4个节点，你就一台机器
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5楼2010-11-30 12:18:45
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 夕阳西下 at 2010-11-30 11:51:22:
[quote]Originally posted by sxjsn1 at 2010-11-30 11:27:32:

[root@laoshan Fe-bulk]# mpirun -np 2 vasp
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  1 types and    1 ions
LDA part: xc-t ...

崩溃了 早上还能运算  下午开机后用mpirun -np 2 vasp就不行了
mpdroot: perror msg: Connection refused
mpdroot: cannot connect to local mpd at: /tmp/mpd2.console_root
    probable cause:  no mpd daemon on this machine
    possible cause:  unix socket /tmp/mpd2.console_root has been removed
mpiexec_laoshan.daoren (__init__ 1208): forked process failed; status=255
这是啥意思阿？
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6楼2010-11-30 14:56:04
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
补充一下，我的／tmp里有mpd2.console_root这个文件
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7楼2010-11-30 14:57:21
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-11-30 12:18:45:


别人是跨节点吧，用了4个节点，你就一台机器

不是啊，我们实验室有个工作站，单机4核的
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8楼2010-11-30 14:58:24
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)
★
sxjsn1(金币+1):呵呵 谢谢你回答问题 2010-11-30 15:10:15
sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-02 15:16:09
引用回帖:
Originally posted by sxjsn1 at 2010-11-30 14:58:24:

不是啊，我们实验室有个工作站，单机4核的

不好意思，我说错了，那是四核，呵呵
你提交的是2核的任务
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9楼2010-11-30 15:00:25
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-11-30 15:00:25:


不好意思，我说错了，那是四核，呵呵
你提交的是2核的任务

是我没说清楚，我在4核的机子上运行mpirun －np 4 vasp
出现一行
running on 4 nodes
而在我的双核机子上运行mpirun -np 2 vasp
应该有一行
running on 2 nodes吧 但是没有
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10楼2010-11-30 15:04:04
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lightgjx

木虫 (正式写手)
★
sxjsn1(金币+1): 2010-11-30 15:27:38
sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-02 15:16:32
引用回帖:
Originally posted by sxjsn1 at 2010-11-30 11:27:32:

[root@laoshan Fe-bulk]# mpirun -np 2 vasp
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  1 types and    1 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCA ...

看样子有问题，感觉应该是你的并行没有编译好
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11楼2010-11-30 15:24:01
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 夕阳西下 at 2010-11-30 11:51:22:
[quote]Originally posted by sxjsn1 at 2010-11-30 11:27:32:

[root@laoshan Fe-bulk]# mpirun -np 2 vasp
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  1 types and    1 ions
LDA part: xc-t ...

我用mpirun -np 2 vasp -mpi>out了 没反应阿
[root@laoshan Fe-bulk]# mpirun -np 2 vasp -mpi>out
[root@laoshan Fe-bulk]#
请问下一步怎么办？
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12楼2010-11-30 15:27:08
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lightgjx at 2010-11-30 15:24:01:

看样子有问题，感觉应该是你的并行没有编译好

您是说mpi编译还是vasp编译有问题阿？ 我也感觉不对 哎
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13楼2010-11-30 15:28:29
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
还有个有趣的问题
我刚刚出现这个问题
mpdroot: perror msg: Connection refused
mpdroot: cannot connect to local mpd at: /tmp/mpd2.console_root
    probable cause:  no mpd daemon on this machine
    possible cause:  unix socket /tmp/mpd2.console_root has been removed
mpiexec_laoshan.daoren (__init__ 1208): forked process failed; status=255
我查了一下，有人告诉我打开另一个终端 然后输入mpd 不要关闭这个终端
再回到第一个终端 执行 mpirun -np 2 vasp就行了
我试了下 还真行  这是什么原因阿？
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14楼2010-11-30 15:33:38
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lightgjx

木虫 (正式写手)
★
ym23(金币+1):谢谢参与帮助 2010-11-30 20:43:07
引用回帖:
Originally posted by sxjsn1 at 2010-11-30 15:28:29:

您是说mpi编译还是vasp编译有问题阿？ 我也感觉不对 哎

感觉是mpi编译有问题，应该根本就没有并行，你还是再看看网上说的并行安装步骤吧。也许是哪里出了问题，很难说
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15楼2010-11-30 16:17:32
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dirtor

木虫 (正式写手)
★
ym23(金币+1):谢谢参与帮助 2010-11-30 20:43:15
没见你执行mpdboot的步骤
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16楼2010-11-30 17:13:32
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dirtor at 2010-11-30 17:13:32:
没见你执行mpdboot的步骤

执行mpdboot？ 是不是创建个mpd.conf 里面设置个MPD_SECRET=******之类的？
如果不是，mpdboot怎么执行？
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17楼2010-11-30 20:59:04
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dirtor

木虫 (正式写手)
★ ★
ym23(金币+2):感谢答疑 2010-11-30 22:15:18
sxjsn1(金币+2): 2010-12-01 09:32:55
引用回帖:
Originally posted by sxjsn1 at 2010-11-30 20:59:04:

执行mpdboot？ 是不是创建个mpd.conf 里面设置个MPD_SECRET=******之类的？
如果不是，mpdboot怎么执行？

引用回帖:
有人告诉我打开另一个终端 然后输入mpd 不要关闭这个终端  

好像你用的是mpich2
mpd就是执行了本地守护进程，
退出终端仍然存在的话运行mpd &就可以了

如果使用节点的话，需要设置.mpd.conf
并使用mpd.hosts文件来启动文件中各节点上的mpd：
mpdboot –n -f mpd.hosts

详细设置搜一下mpich2使用方法。
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18楼2010-11-30 21:57:49
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dirtor at 2010-11-30 21:57:49:



好像你用的是mpich2
mpd就是执行了本地守护进程，
退出终端仍然存在的话运行mpd &就可以了

如果使用节点的话，需要设置.mpd.conf
并使用mpd.hosts文件来启动文件中各节点上的mpd：
mpdboot –n  ...

谢谢您的帮助 我想问一下，我的单机双核的不用使用节点吧  我对这方面是个小白。。。
我运行mpd对不对啊？ 还有 像我前面说的， 没有runningon 2 nodes这行，我那算不算已经并行运算了啊？
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19楼2010-12-01 09:32:49
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
补充一下 我的是mpich2
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20楼2010-12-01 09:33:26
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dirtor

木虫 (正式写手)
★
ellsaking(金币+1):感谢回答 2010-12-01 14:43:47
sxjsn1(金币+2):最后的2金币了 非常感谢～～～ 2010-12-01 15:47:32
引用回帖:
Originally posted by sxjsn1 at 2010-12-01 09:32:49:

谢谢您的帮助 我想问一下，我的单机双核的不用使用节点吧  我对这方面是个小白。。。
我运行mpd对不对啊？ 还有 像我前面说的， 没有runningon 2 nodes这行，我那算不算已经并行运算了啊？

mpd &就可以了
运行中，直接top看一下有没有两个vasp的进程最直接了。
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21楼2010-12-01 13:53:27
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dirtor at 2010-12-01 13:53:27:


mpd &就可以了
运行中，直接top看一下有没有两个vasp的进程最直接了。

看了下 有两个vasp进程  用vasp命令的话就一个进程
确定并行了马？ 还是不太保险 哈哈
非常感谢哈
赞一下 回复此楼
22楼2010-12-01 15:46:39
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ellsaking

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-01 23:22:00
引用回帖:
Originally posted by sxjsn1 at 2010-12-01 15:46:39:

看了下 有两个vasp进程  用vasp命令的话就一个进程
确定并行了马？ 还是不太保险 哈哈
非常感谢哈

两个进程的话，应该是并行了~~
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23楼2010-12-01 15:48:38
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ellsaking at 2010-12-01 15:48:38:

两个进程的话，应该是并行了~~

每个结果出现2次，感觉像每个核独立计算同一个东西，两核之间不通信似的，不像2个核合作运行。。。
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24楼2010-12-01 15:50:49
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dirtor

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ellsaking(金币+1):好主意 2010-12-01 23:08:00
sxjsn1(金币+3): 2010-12-02 15:14:42
引用回帖:
Originally posted by sxjsn1 at 2010-12-01 15:50:49:

每个结果出现2次，感觉像每个核独立计算同一个东西，两核之间不通信似的，不像2个核合作运行。。。

kill其中一个进程，如果是并行，另一个也会终止。
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25楼2010-12-01 22:17:28
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sxjsn1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dirtor at 2010-12-01 22:17:28:



kill其中一个进程，如果是并行，另一个也会终止。

呃 悲剧发生了 kill掉一个 另一个继续运行。。。
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26楼2010-12-02 15:13:09
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