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【求助】安装mpich2时如何产生mpicc及mpifort
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mpich2安装好了之后没有mpicc或者mpifort啊，怎么办，下一步单机并行编译的时候需要这个东西啊，看了网上很多帖子，还是没有弄明白，大家怎么让icc成为mpicc及ifort成为mpifort的，不会是做个软链接吧，我太菜了看不懂啊 也就是如何让mpicc认定自己链接的是icc，还是gcc，及mpifort链接的是ifort还是gfortran 谢谢了 [ Last edited by xk6891 on 2010-11-29 at 08:57 ] |
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太感谢了，我刚刚做好，但是效率不高。原来做过一次并行lammps，是直接从新立德里面安装的openmpi，我当时不知道怎么生成的这些mpif77，mpicc这些东西。直到昨天晚上想把cpmd并行一下，一直无法成功，才发现这些新立德安装的东西是直接指向gfortran与gcc的，而cpmd貌似不能用gfortran编译，我不知道怎么办了（如果可以更改新立德的mpif77的软链接指向ifort或者f77，可能就可以通过了）。接着用mpich2，自己设置了一下。下面是比较并行与串行的结果： （1）并行 ================================================================ BIG MEMORY ALLOCATIONS EIGRB 1716008 SCR 811025 SCR 810871 TWNS 520000 ATWFR 401600 C2 367016 C0 367016 SC0 367016 PME 367008 GNL 321280 ---------------------------------------------------------------- [PEAK NUMBER 100] PEAK MEMORY 7655183 = 61.2 MBytes ================================================================ **************************************************************** * * * TIMING * * * **************************************************************** SUBROUTINE CALLS CPU TIME ELAPSED TIME FFT-G/S 43614 149.00 135.40 INVFFTN 9600 88.00 114.19 FNONLOC 141 85.00 96.83 RNLSM1 259 54.00 59.25 FWFFTN 3384 39.00 40.34 RHOOFR 259 31.00 35.82 N-FFTCOM 12984 30.00 37.82 FWFFT 1295 25.00 24.74 VPSI 141 21.00 23.22 GCENER 259 19.00 19.43 EICALC 259 15.00 13.30 INVFFT 1036 15.00 19.29 RGS 221 14.00 10.27 GLOSUM 2864 12.00 10.72 PHASE 2331 7.00 5.43 FFTCOM 2331 7.00 13.26 RNLSM2 11 6.00 8.21 GRADEN 259 5.00 8.10 XCENER 259 4.00 4.58 ROTATE 141 4.00 3.06 PCGRAD 100 4.00 5.73 VOFRHOA 259 3.00 2.17 FORCES 141 2.00 1.22 ---------------------------------------------------------------- TOTAL TIME 639.00 692.40 **************************************************************** CPU TIME : 0 HOURS 10 MINUTES 42.00 SECONDS ELAPSED TIME : 0 HOURS 11 MINUTES 45.81 SECONDS *** CPMD| SIZE OF THE PROGRAM IS 46828/ 156904 kBYTES *** PROGRAM CPMD ENDED AT: Mon Nov 29 11:33:57 2010 ================================================================ = COMMUNICATION TASK AVERAGE MESSAGE LENGTH NUMBER OF CALLS = = SEND/RECEIVE 38691. BYTES 481. = = BROADCAST 10919. BYTES 543. = = GLOBAL SUMMATION 9510. BYTES 3687. = = GLOBAL MULTIPLICATION 0. BYTES 1. = = ALL TO ALL COMM 594281. BYTES 15315. = = PERFORMANCE TOTAL TIME = = SEND/RECEIVE 98.938 MB/S 0.188 SEC = = BROADCAST 198.743 MB/S 0.030 SEC = = GLOBAL SUMMATION 2.342 MB/S 14.973 SEC = = GLOBAL MULTIPLICATION 0.000 MB/S 0.001 SEC = = ALL TO ALL COMM 178.818 MB/S 50.898 SEC = = SYNCHRONISATION 0.085 SEC = ================================================================ （2）串行 ================================================================ BIG MEMORY ALLOCATIONS EIGRB 3433808 SCR 1649515 SCR 1649361 SC0 734312 C0 734312 C2 734312 PME 734304 XF 610610 PSI 610610 YF 610610 ---------------------------------------------------------------- [PEAK NUMBER 98] PEAK MEMORY 14009863 = 112.1 MBytes ================================================================ **************************************************************** * * * TIMING * * * **************************************************************** SUBROUTINE CALLS CPU TIME ELAPSED TIME INVFFTN 9600 172.00 178.95 FNONLOC 141 99.00 103.04 FFT-G/S 25968 87.00 98.18 RNLSM1 259 76.00 80.03 FWFFTN 3384 60.00 64.62 RHOOFR 259 45.00 44.45 FWFFT 1295 39.00 42.39 INVFFT 1036 37.00 33.23 GCENER 259 36.00 34.37 VPSI 141 34.00 28.35 EICALC 259 16.00 14.40 RGS 221 13.00 11.96 RNLSM2 11 9.00 10.64 PHASE 2331 8.00 7.07 XCENER 259 7.00 7.94 GRADEN 259 6.00 10.17 ROTATE 141 5.00 4.80 PCGRAD 100 4.00 5.14 FORCES 141 3.00 1.29 VOFRHOB 259 3.00 3.66 OVLAP 141 3.00 4.35 KIN_ENERGY 259 2.00 1.18 ---------------------------------------------------------------- TOTAL TIME 764.00 790.19 **************************************************************** CPU TIME : 0 HOURS 12 MINUTES 46.00 SECONDS ELAPSED TIME : 0 HOURS 13 MINUTES 15.23 SECONDS *** CPMD| SIZE OF THE PROGRAM IS 65168/ 156984 kBYTES *** PROGRAM CPMD ENDED AT: Mon Nov 29 10:29:00 2010 （3）并行只用一个cpu ================================================================ BIG MEMORY ALLOCATIONS EIGRB 3433808 SCR 1649515 SCR 1649361 SC0 734312 C0 734312 C2 734312 PME 734304 YF 610610 XF 610610 PSI 610610 ---------------------------------------------------------------- [PEAK NUMBER 100] PEAK MEMORY 14128259 = 113.0 MBytes ================================================================ **************************************************************** * * * TIMING * * * **************************************************************** SUBROUTINE CALLS CPU TIME ELAPSED TIME INVFFTN 9600 171.00 171.87 FFT-G/S 43614 149.00 134.67 FNONLOC 141 133.00 70.52 RNLSM1 259 100.00 51.25 FWFFTN 3384 53.00 59.53 FWFFT 1295 51.00 37.25 RHOOFR 259 47.00 48.39 VPSI 141 36.00 29.66 GCENER 259 33.00 33.61 INVFFT 1036 25.00 29.12 RGS 221 15.00 6.36 EICALC 259 12.00 13.97 RNLSM2 11 12.00 6.32 PCGRAD 100 9.00 5.07 FFTCOM 2331 6.00 3.76 OVLAP 141 6.00 2.54 GRADEN 259 5.00 9.44 N-FFTCOM 12984 4.00 6.13 PHASE 2331 4.00 8.01 XCENER 259 4.00 7.83 ROTATE 141 4.00 2.36 VOFRHOA 259 3.00 2.97 VOFRHOB 259 2.00 3.54 ---------------------------------------------------------------- TOTAL TIME 884.00 744.18 **************************************************************** CPU TIME : 0 HOURS 14 MINUTES 48.00 SECONDS ELAPSED TIME : 0 HOURS 12 MINUTES 29.39 SECONDS *** CPMD| SIZE OF THE PROGRAM IS 67768/ 177868 kBYTES *** PROGRAM CPMD ENDED AT: Mon Nov 29 11:47:49 2010 AMD Athlon64 X2的cpu，用的是icc与ifort，好像内存的使用率一直不高，并行和串行的差不多，但是cpu的利用率一直都是很高的。这是只能达到这个并行的地步了，还是还有提高的空间，我刚接触linux还很菜，还请专家多多指教。谢谢了。 |
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