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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » CPMD/CP2K » 【分享】metadynamics 的几篇文献
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meixinqing

金虫 (著名写手)

梅心晴｜一只蘑菇

[交流] 【分享】metadynamics 的几篇文献 已有6人参与

最近在研究metadynamics，发现小木虫上讨论的很少，之搜索到2个相关帖子，都是很久以前的

metadynamics主要用于计算free energy，有很多针对不同variables的sampling方法，我自己用的比较多是coordination number。

因为metadynamics可以做到time independent, 计算不同键长键角下的自由能，对研究化学反应的模拟有很大意义

下面一篇是Parrinello 的原始文献，另一个是CPMD 4DAY tutorial的例子和练习，希望有所帮助，呵呵。

希望更多做metadynamics的可以来讨论讨论～

那个4DAY tutorial源下载地址已经失效了，但是很多论坛上都有下载，相信熟悉cpmd的同学都不陌生，我就不提供啦

http://pic.muchong.com/file.php?id=151

[ Last edited by meixinqing on 2010-11-29 at 06:39 ]
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1楼 2010-11-29 06:38:10
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meixinqing

金虫 (著名写手)

梅心晴｜一只蘑菇
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-11-29 09:47:59:
楼主做化学反应, 或者计算rare event?

metadynamics比较tricky, 当然, 所有的rare event的模拟, 现在还都没有很好的方法.

觉得有几点值得关注:

(1) String method

[url]http://www.cims.nyu.edu/~e ...

木有做化学反应，模拟的也是很简单的体系，诸如几十个H2O＋若干金属离子＋阴离子之类的。因为我研究的体系对coordination number有要求，正好metadynamics可以以这个作为其中一个变量，所以就拿来用（老板的idea。。我也是初学）

ls提出的观点很专业，呵呵。也不知道算不算是计算小概率事件。之前想通过fitting potential然后用MM计算的，但是fitting potential貌似很困难，用DFT算出来的结果怎么都不能fit到L-J potential，所以用metadynamics计算free energy也是一个尝试吧

另外因为metadynamics是time independent的 所以也想计算到更长时间， ab initio计算几个ps感觉还是比较短

这是目前的一点体会，也不知道对不对，要是有错误的地方还请ls专家多多指教
赞一下 回复此楼
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3楼2010-11-29 18:22:44
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-11-29 18:14:42
楼主做化学反应, 或者计算rare event?

metadynamics比较tricky, 当然, 所有的rare event的模拟, 现在还都没有很好的方法.

觉得有几点值得关注:

(1) String method

http://www.cims.nyu.edu/~eve2/

(2) Accelerated molecular dynamics methods

文献蛮多的, 也有综述

(3) 日本有个家伙在做 abinit+Blue Moon method, 可是似乎还没有收工

(4) Lammps里面的PRD, 也是这一类的.

我自己对这个也有些兴趣, 大家可以一起讨论.
赞一下(3人) 回复此楼
Life, Love, Laugh.
2楼2010-11-29 09:47:59
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哥是传说

铁杆木虫 (正式写手)

下不了

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by meixinqing at 2010-11-29 06:38:10:
最近在研究metadynamics，发现小木虫上讨论的很少，之搜索到2个相关帖子，都是很久以前的

metadynamics主要用于计算free energy，有很多针对不同variables的sampling方法，我自己用的比较多是coordination num ...

下不下来啊，方便的话发我Q吧 540523457@qq.com 谢谢啦
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-02-27 11:18:04
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)

叶落鹰飞
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
chaizhm(金币+2): 谢谢 2011-12-19 11:22:18
metadynamics翻译成中文是巨动力学。实际是连续的用NVT系宗模拟来探索相变。不是用来计算体系的自由能。它实际就是一个加强版的NPT系宗。
赞一下(2人) 回复此楼
真理是一点点接近的！
5楼2011-12-18 23:24:02
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