| 查看: 5058 | 回复: 6 | ||||||
meixinqing金虫 (著名写手)
梅心晴｜一只蘑菇
|
[交流]
【分享】metadynamics 的几篇文献 已有6人参与
|
|
最近在研究metadynamics，发现小木虫上讨论的很少，之搜索到2个相关帖子，都是很久以前的 metadynamics主要用于计算free energy，有很多针对不同variables的sampling方法，我自己用的比较多是coordination number。 因为metadynamics可以做到time independent, 计算不同键长键角下的自由能，对研究化学反应的模拟有很大意义 下面一篇是Parrinello 的原始文献，另一个是CPMD 4DAY tutorial的例子和练习，希望有所帮助，呵呵。 希望更多做metadynamics的可以来讨论讨论～ 那个4DAY tutorial源下载地址已经失效了，但是很多论坛上都有下载，相信熟悉cpmd的同学都不陌生，我就不提供啦 http://pic.muchong.com/file.php?id=151 [ Last edited by meixinqing on 2010-11-29 at 06:39 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 科研技巧 | 计算科学经验总结 | 我学习计算的一些帖子 |
» 猜你喜欢
070303 总分349求调剂
已经有5人回复
-
309求调剂
已经有5人回复
-
070300化学学硕求调剂
已经有5人回复
-
277材料科学与工程080500求调剂
已经有3人回复
-
0703化学调剂 ，六级已过，有科研经历
已经有5人回复
-
环境工程调剂
已经有4人回复
-
材料专硕306英一数二
已经有4人回复
-
326求调剂
已经有3人回复
-
0854控制工程 359求调剂 可跨专业
已经有8人回复
-
国自科面上基金字体
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 近两年关于石墨烯研究的几篇文献包括两篇综述性文献（求支持，帮忙顶起来）
已经有102人回复
- 求关于聚噻吩的几篇文献
已经有3人回复
- 关于柴油脱氮精制技术研究进展的几篇文献，写个综述啊！呵呵...
已经有10人回复
- 求助几篇文献资料，谢谢
已经有4人回复
- 【求助】小弟求助几篇文章，因为不知道题目，所以没法在文献求助版发布消息
已经有7人回复
- 大家一天能看几篇文献啊！
已经有51人回复
- 审稿人让加几篇参考文献怎么办
已经有29人回复
- 【求助】求几篇文献的题目
已经有9人回复
- word参考文献怎样引用几篇连续文献？
已经有7人回复
qphll
金虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 10
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 2708.7
- 散金: 2294
- 红花: 8
- 帖子: 554
- 在线: 227.1小时
- 虫号: 89654
- 注册: 2005-08-29
- 性别: GG
- 专业: 碳素材料与超硬材料
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-11-29 18:14:42
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-11-29 18:14:42
|
楼主做化学反应, 或者计算rare event? metadynamics比较tricky, 当然, 所有的rare event的模拟, 现在还都没有很好的方法. 觉得有几点值得关注: (1) String method http://www.cims.nyu.edu/~eve2/ (2) Accelerated molecular dynamics methods 文献蛮多的, 也有综述 (3) 日本有个家伙在做 abinit+Blue Moon method, 可是似乎还没有收工 (4) Lammps里面的PRD, 也是这一类的. 我自己对这个也有些兴趣, 大家可以一起讨论. |
2楼2010-11-29 09:47:59
meixinqing
金虫 (著名写手)
梅心晴｜一只蘑菇
- 应助: 46 (小学生)
- 贵宾: 0.122
- 金币: 5691.4
- 散金: 423
- 红花: 35
- 帖子: 1923
- 在线: 369.4小时
- 虫号: 280674
- 注册: 2006-09-17
- 性别: MM
- 专业: 实验地球化学和计算地球化
- 管辖: 签证指南
|
木有做化学反应，模拟的也是很简单的体系，诸如几十个H2O＋若干金属离子＋阴离子之类的。因为我研究的体系对coordination number有要求，正好metadynamics可以以这个作为其中一个变量，所以就拿来用（老板的idea。。我也是初学） ls提出的观点很专业，呵呵。也不知道算不算是计算小概率事件。之前想通过fitting potential然后用MM计算的，但是fitting potential貌似很困难，用DFT算出来的结果怎么都不能fit到L-J potential，所以用metadynamics计算free energy也是一个尝试吧 另外因为metadynamics是time independent的 所以也想计算到更长时间， ab initio计算几个ps感觉还是比较短 这是目前的一点体会，也不知道对不对，要是有错误的地方还请ls专家多多指教  |
3楼2010-11-29 18:22:44
哥是传说
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 6409.2
- 散金: 26
- 红花: 2
- 帖子: 541
- 在线: 755.8小时
- 虫号: 1028025
- 注册: 2010-05-25
- 性别: GG
- 专业: 金属材料的合金相、相变及
4楼2011-02-27 11:18:04
gavinliu7390
木虫 (著名写手)
叶落鹰飞
- 应助: 51 (初中生)
- 贵宾: 0.481
- 金币: 1564.7
- 散金: 2975
- 红花: 34
- 帖子: 1278
- 在线: 241.4小时
- 虫号: 675997
- 注册: 2008-12-17
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
5楼2011-12-18 23:24:02
6楼2015-12-24 14:30:50
7楼2016-02-29 13:50:59
