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meixinqing金虫 (著名写手)
梅心晴｜一只蘑菇
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【分享】metadynamics 的几篇文献 已有6人参与
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最近在研究metadynamics，发现小木虫上讨论的很少，之搜索到2个相关帖子，都是很久以前的 metadynamics主要用于计算free energy，有很多针对不同variables的sampling方法，我自己用的比较多是coordination number。 因为metadynamics可以做到time independent, 计算不同键长键角下的自由能，对研究化学反应的模拟有很大意义 下面一篇是Parrinello 的原始文献，另一个是CPMD 4DAY tutorial的例子和练习，希望有所帮助，呵呵。 希望更多做metadynamics的可以来讨论讨论～ 那个4DAY tutorial源下载地址已经失效了，但是很多论坛上都有下载，相信熟悉cpmd的同学都不陌生，我就不提供啦 http://pic.muchong.com/file.php?id=151 [ Last edited by meixinqing on 2010-11-29 at 06:39 ] |
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ghcacj(金币+4):谢谢 2010-11-29 18:14:42
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ghcacj(金币+4):谢谢 2010-11-29 18:14:42
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楼主做化学反应, 或者计算rare event? metadynamics比较tricky, 当然, 所有的rare event的模拟, 现在还都没有很好的方法. 觉得有几点值得关注: (1) String method http://www.cims.nyu.edu/~eve2/ (2) Accelerated molecular dynamics methods 文献蛮多的, 也有综述 (3) 日本有个家伙在做 abinit+Blue Moon method, 可是似乎还没有收工 (4) Lammps里面的PRD, 也是这一类的. 我自己对这个也有些兴趣, 大家可以一起讨论. |
2楼2010-11-29 09:47:59
meixinqing
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木有做化学反应，模拟的也是很简单的体系，诸如几十个H2O＋若干金属离子＋阴离子之类的。因为我研究的体系对coordination number有要求，正好metadynamics可以以这个作为其中一个变量，所以就拿来用（老板的idea。。我也是初学） ls提出的观点很专业，呵呵。也不知道算不算是计算小概率事件。之前想通过fitting potential然后用MM计算的，但是fitting potential貌似很困难，用DFT算出来的结果怎么都不能fit到L-J potential，所以用metadynamics计算free energy也是一个尝试吧 另外因为metadynamics是time independent的 所以也想计算到更长时间， ab initio计算几个ps感觉还是比较短 这是目前的一点体会，也不知道对不对，要是有错误的地方还请ls专家多多指教  |
3楼2010-11-29 18:22:44
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