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maoalbert

新虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】高分子链相邻小珠距离太远已有3人参与

各位大虫们：
不知道你们有没有遇到这样的问题，在MD模拟的时候，高分子链用的是FENE弹性能，但是在移动的时候避免不了会出现相邻小珠之间距离大于R0的情况，我不知道该怎样在这个时候优化小珠的位置，以保证相邻小珠距离不会太远，怎么处理这种情况呢？请大家赐教！谢谢！

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1楼 2010-11-21 15:22:00

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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

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专业: 理论和计算化学

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-11-22 14:48:03

引用回帖:

Originally posted by maoalbert at 2010-11-21 16:12:09:

我原来用过很小步长的，那样的话移动的太慢了，即使是这样也没能避免距离大于R0，而且是个别的小珠，我都头疼了几个月了，郁闷呀！它当然还要受到其它力的作用，好像是避免不了的事情一样！我自己编程的！所 ...

那就是你计算力的程序有问题

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6楼2010-11-22 14:41:38

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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

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引用回帖:

Originally posted by maoalbert at 2010-11-21 15:22:00:
各位大虫们：
不知道你们有没有遇到这样的问题，在MD模拟的时候，高分子链用的是FENE弹性能，但是在移动的时候避免不了会出现相邻小珠之间距离大于R0的情况，我不知道该怎样在这个时候优化小珠的位置，以 ...

说明你在MD中所用的步长太大。

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2楼2010-11-21 15:27:33

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖