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maoalbert

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】高分子链相邻小珠距离太远 已有3人参与

各位大虫们:
       不知道你们有没有遇到这样的问题,在MD模拟的时候,高分子链用的是FENE弹性能,但是在移动的时候避免不了会出现相邻小珠之间距离大于R0的情况,我不知道该怎样在这个时候优化小珠的位置,以保证相邻小珠距离不会太远,怎么处理这种情况呢?请大家赐教!谢谢!
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by maoalbert at 2010-11-21 15:22:00:
各位大虫们:
       不知道你们有没有遇到这样的问题,在MD模拟的时候,高分子链用的是FENE弹性能,但是在移动的时候避免不了会出现相邻小珠之间距离大于R0的情况,我不知道该怎样在这个时候优化小珠的位置,以 ...

说明你在MD中所用的步长太大。
2楼2010-11-21 15:27:33
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maoalbert

新虫 (小有名气)


zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-11-21 17:45:12
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-11-21 15:27:33:


说明你在MD中所用的步长太大。

我原来用过很小步长的,那样的话移动的太慢了,即使是这样也没能避免距离大于R0,而且是个别的小珠,我都头疼了几个月了,郁闷呀!它当然还要受到其它力的作用,好像是避免不了的事情一样!我自己编程的!所以有些细节不能把握!
3楼2010-11-21 16:12:09
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zyj8119

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by maoalbert at 2010-11-21 16:12:09:



我原来用过很小步长的,那样的话移动的太慢了,即使是这样也没能避免距离大于R0,而且是个别的小珠,我都头疼了几个月了,郁闷呀!它当然还要受到其它力的作用,好像是避免不了的事情一样!我自己编程的!所 ...

主要是看FRENKEL那本书写的程序吧?
好好学习,天天向上。
4楼2010-11-21 20:59:01
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maoalbert

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-11-21 20:59:01:

主要是看FRENKEL那本书写的程序吧?

差不多,那本书也有看!
5楼2010-11-22 10:37:28
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-11-22 14:48:03
引用回帖:
Originally posted by maoalbert at 2010-11-21 16:12:09:



我原来用过很小步长的,那样的话移动的太慢了,即使是这样也没能避免距离大于R0,而且是个别的小珠,我都头疼了几个月了,郁闷呀!它当然还要受到其它力的作用,好像是避免不了的事情一样!我自己编程的!所 ...

那就是你计算力的程序有问题
6楼2010-11-22 14:41:38
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maoalbert

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-11-22 14:41:38:


那就是你计算力的程序有问题

我尽量再检查一遍看看,谢谢你了!
7楼2010-11-24 20:05:45
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