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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【求助】高分子链相邻小珠距离太远
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maoalbert

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】高分子链相邻小珠距离太远 已有3人参与

各位大虫们：
       不知道你们有没有遇到这样的问题，在MD模拟的时候，高分子链用的是FENE弹性能，但是在移动的时候避免不了会出现相邻小珠之间距离大于R0的情况，我不知道该怎样在这个时候优化小珠的位置，以保证相邻小珠距离不会太远，怎么处理这种情况呢？请大家赐教！谢谢！
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1楼 2010-11-21 15:22:00
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by maoalbert at 2010-11-21 15:22:00:
各位大虫们：
       不知道你们有没有遇到这样的问题，在MD模拟的时候，高分子链用的是FENE弹性能，但是在移动的时候避免不了会出现相邻小珠之间距离大于R0的情况，我不知道该怎样在这个时候优化小珠的位置，以 ...

说明你在MD中所用的步长太大。
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2楼2010-11-21 15:27:33
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maoalbert

新虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-11-21 17:45:12
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-11-21 15:27:33:


说明你在MD中所用的步长太大。

我原来用过很小步长的，那样的话移动的太慢了，即使是这样也没能避免距离大于R0，而且是个别的小珠，我都头疼了几个月了，郁闷呀！它当然还要受到其它力的作用，好像是避免不了的事情一样！我自己编程的！所以有些细节不能把握！
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3楼2010-11-21 16:12:09
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by maoalbert at 2010-11-21 16:12:09:



我原来用过很小步长的，那样的话移动的太慢了，即使是这样也没能避免距离大于R0，而且是个别的小珠，我都头疼了几个月了，郁闷呀！它当然还要受到其它力的作用，好像是避免不了的事情一样！我自己编程的！所 ...

主要是看FRENKEL那本书写的程序吧？
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好好学习，天天向上。
4楼2010-11-21 20:59:01
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maoalbert

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-11-21 20:59:01:

主要是看FRENKEL那本书写的程序吧？

差不多，那本书也有看！
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5楼2010-11-22 10:37:28
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-11-22 14:48:03
引用回帖:
Originally posted by maoalbert at 2010-11-21 16:12:09:



我原来用过很小步长的，那样的话移动的太慢了，即使是这样也没能避免距离大于R0，而且是个别的小珠，我都头疼了几个月了，郁闷呀！它当然还要受到其它力的作用，好像是避免不了的事情一样！我自己编程的！所 ...

那就是你计算力的程序有问题
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6楼2010-11-22 14:41:38
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maoalbert

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-11-22 14:41:38:


那就是你计算力的程序有问题

我尽量再检查一遍看看，谢谢你了！
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7楼2010-11-24 20:05:45
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