| 查看: 515 | 回复: 1 | |||
[交流]
【求助】the usage of ++nodelist and ++local
|
|
各位大侠，请教一个问题，非常感谢回答： Is NAMD_2.7_Linux-x86_64 only used in the Individual Linux Workstations, other than the infiniband network, even if I add ++nodelist in the command line? This question initiates from Recently, I'm relating to using NAMD_2.7_Linux-x86_64 in the Linux cluster of infiniband Network. When I sub my job, in the log file, there are just two lines: Warning> Randomization of stack pointer is turned on in kernel, thread migration may not work! Run 'echo 0 > /proc/sys/kernel/randomize_va_space' as root to disable it, or try run with '+isomalloc_sync'. Charm++: scheduler running in netpoll mode. No more information write out in the log file. Then I change the last command line in job-sub-file to: $NAMD/charmrun ++local +p${n_proc} $NAMD/namd2 2rh1.md > 2rh1_64cpu.log It can run normally. So, I'm confused about the usage of ++nodelist and ++local. Because my Linux cluster is infiniband network, then it may be right to use ++nodelist, but the ++nodelist can not work. Furthermore, if I change to ++local, the speed of calculation is much slower than the NAMD_2.7_Linux-x86_64-ibverbs. Could anyone help me understand this? My job-submitting file is: >cat sub.sh #!/bin/bash -x #PBS -N 2rh1_nodelist_10 #PBS -l nodes=8:ppn=8 #PBS -j oe #PBS -q parallel # #define variables # n_proc=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l) echo $PBS_NODEFILE $n_proc # #running jobs # cd $PBS_O_WORKDIR echo $PBS_O_WORKDIR # # Setup the MPI topology # export CONV_RSH=ssh echo "group main" >node1 awk '{print "host ", $1}' $PBS_NODEFILE >>node1 export NAMD=/home/users/ymei/sjn/NAMD_2.7_Linux-x86_64 $NAMD/charmrun ++nodelist node1 +p${n_proc} $NAMD/namd2 2rh1.md > 2rh1_64cpu.log |
回复此楼» 猜你喜欢
298求调剂一志愿211
已经有3人回复
-
求调剂一志愿海大，0703化学学硕304分，有大创项目，四级已过
已经有8人回复
-
298求调剂
已经有5人回复
-
环境学硕288求调剂
已经有5人回复
-
284求调剂
已经有3人回复
-
275求调剂
已经有8人回复
-
305分求调剂（食品工程）
已经有6人回复
-
求调剂院校信息
已经有6人回复
-
能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名
已经有17人回复
-
一志愿北京化工大学 070300 学硕 336分 求调剂
已经有3人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
持续创业者，A8离异男征婚，事业遇到瓶颈，寻找创业生活伴侣
+1/461
-
2026年国基求好运！
+5/240
-
上海真诚脱单，这是一篇很认真的相亲贴，找一个灵魂伴侣
+1/188
-
农业信息工程技术（专硕）招收调剂 沈阳农业大学
+1/181
-
求购电镜上的液氮罐
+5/180
-
广东工业大学-木质纤维素高值化利用团队招博士研究生
+1/82
-
浙江大学侯阳教授团队诚聘博士后---高性能固态电解质与固态电池器件设计
+1/80
-
春天就该逛吃逛吃
+1/79
-
中国药科大学211-课题组招收2026博士/硕士-有机化学
+1/48
-
江苏科技大学能源材料化学课题组郭兴梅教授招收博士研究生1-2名
+1/45
-
上海交通大学沈道智副教授招收2026年联培博士/硕士研究生（微纳器件与制造方向）
+1/33
-
招收荧光探针/有机合成/生物学 博士后--薪金: 30万-50万
+1/33
-
从专科一路到211硕士，到TOP5博士，也想进高校体制
+1/30
-
南京理工大学优青团队招聘副教授、博士后、博士、硕士生（化学、催化方向）
+1/29
-
中山大学院士团队微纳器件、脑机接口方向博士招生、博后招聘
+1/18
-
南京林业大学-国家级青年人才团队 招2026级申请考核制博士（合成化学、植物化学方向）
+1/13
-
北京某研究院生物化学与分子生物学相关专业申请考核制博士招生（春季）
+1/10
-
南昌航空大学代威力教授招收光催化和光热催化研究方向博士生
+1/8
-
武汉工程大学资源生物技术课题组生物/环境/化工硕士、博士研究生招生
+2/8
-
福州大学国家级人才汤育欣教授课题组2026年招收”申请考核制“储能电池方向博士研究生
+1/6
2楼2014-04-21 20:37:45
