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[交流] 【求助】请教怎么看一下小分子在蛋白晶体结构中的可能的结构?

    文章发表有已经被证明的小分子和靶点蛋白结合的晶体结构,我想把它原来的分子抠出来,设计新的分子填进去,看看到底和原来的氨基酸残基的binding方式有何不同。或者原来的分子还是呆在里边,我做一个分子结构填充进去与之复合看看和原来的分子有什么区别。
   又或者我添加了一些基团,想看看这些基团、侧链的走向(当然是模拟的,未必是真实的),能否按我的要求,触及某氨基酸残基,进而进行进一步药物设计。
   关于看晶体结构的软件,pymol很好用,我也在学,但是,如果做到如我所述的上边的那些工作的话,大家推荐用什么软件呢?autodock?? 多谢多谢!


[ Last edited by ghcacj on 2010-11-15 at 13:37 ]
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2楼2010-11-15 12:17:49
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