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pkuchemistry

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[交流] 【求助】请教怎么看一下小分子在蛋白晶体结构中的可能的结构？

文章发表有已经被证明的小分子和靶点蛋白结合的晶体结构，我想把它原来的分子抠出来，设计新的分子填进去，看看到底和原来的氨基酸残基的binding方式有何不同。或者原来的分子还是呆在里边，我做一个分子结构填充进去与之复合看看和原来的分子有什么区别。
又或者我添加了一些基团，想看看这些基团、侧链的走向（当然是模拟的，未必是真实的），能否按我的要求，触及某氨基酸残基，进而进行进一步药物设计。
关于看晶体结构的软件，pymol很好用，我也在学，但是，如果做到如我所述的上边的那些工作的话，大家推荐用什么软件呢？autodock?? 多谢多谢！

[ Last edited by ghcacj on 2010-11-15 at 13:37 ]

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