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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助成功】vasp认识负的分数坐标吗？
汕头大学海洋科学接受调剂
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Me卓

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助成功】vasp认识负的分数坐标吗？ 已有6人参与

算东西有段时间了，今天突然意识到一个问题。我的POSCAR使用分数坐标，但是有负的数值。我不知道vasp能不能认识负的分数坐标，CONTCAR出来的貌似都是正值。如果vasp不认识负值，那我岂不是白算了。请大家帮忙指教一下，谢谢！
这是我优化一个甲醇分子的POSCAR：
CH3OH
15
1 0 0
0 1 0
0 0 1
1 1 4
Direct
0.07247  -0.00000   0.00000
0.09662  -0.03416  -0.05917
0.17036  -0.02883  -0.06235
0.03558  -0.04937   0.04448
0.02517   0.05584  -0.02052
0.13131   0.02936   0.03810
这是出来的CONTCAR：
CH3OH                                   
   15.0000000000000     
     1.0000000000000000    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    1.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000    1.0000000000000000
   1   1   4
Direct
  0.0711867625366919  0.0032946507459112  0.0055364472858323
  0.1066965840224323  0.9591722407947124  0.9283834707001456
  0.1709691013169874  0.9656345848337698  0.9286045536257209
  0.0345372273134889  0.9549076794189322  0.0468409299672217
  0.0245297680941611  0.0559113565150622  0.9844473870316466
  0.1235905567162498  0.0339194876916105  0.0467272113894312

[ Last edited by zzy870720z on 2010-11-11 at 23:00 ]
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1楼 2010-11-11 17:22:45
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
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mazuju028(金币+1):谢谢交流 2010-11-11 19:28:56
引用回帖:
Originally posted by Me卓 at 2010-11-11 17:22:45:
算东西有段时间了，今天突然意识到一个问题。我的POSCAR使用分数坐标，但是有负的数值。我不知道vasp能不能认识负的分数坐标，CONTCAR出来的貌似都是正值。如果vasp不认识负值，那我岂不是白算了。请大家帮忙指教 ...

处理的是周期性体系，负值没问题，而且通过对比你的POSCAR与CONTCAR可以发现POSCAR中的负值都通过加了一个周期（+1）转到晶胞内了
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心之所向无惧无悔
2楼2010-11-11 18:05:26
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Me卓

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by sunyang1988 at 2010-11-11 18:05:26:

处理的是周期性体系，负值没问题，而且通过对比你的POSCAR与CONTCAR可以发现POSCAR中的负值都通过加了一个周期（+1）转到晶胞内了

谢谢你。我就是有点不明白，你看6个原子，只有这几个原来是负值的Z坐标加了1，那这样不统一加减，能行吗？因为我看大家调坐标都是每个原子的三个方向的坐标统一加减同样的值
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3楼2010-11-11 21:54:02
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主
★ ★ ★
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sunyang1988(金币+2):谢谢交流 2010-11-12 00:08:24
引用回帖:
Originally posted by Me卓 at 2010-11-11 21:54:02:



谢谢你。我就是有点不明白，你看6个原子，只有这几个原来是负值的Z坐标加了1，那这样不统一加减，能行吗？因为我看大家调坐标都是每个原子的三个方向的坐标统一加减同样的值

周期结构的特征就是有平移对称性
当然如果你感觉不爽，有负坐标的方向可以整体平移0.5或其他值直到全是正值为止
建议看看固体物理学书籍
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博学、审问、慎思、明辨、笃学
4楼2010-11-11 22:04:18
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Me卓

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-11-11 22:04:18:


周期结构的特征就是有平移对称性
当然如果你感觉不爽，有负坐标的方向可以整体平移0.5或其他值直到全是正值为止
建议看看固体物理学书籍

恩，谢谢。理论知识我是该补充
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5楼2010-11-11 22:11:30
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stractor

金虫 (著名写手)
★ ★
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youzhizhe(金币+1):谢谢交流。 2010-11-11 22:26:42
VASP处理周期体系，负分数坐标没问题，例如分数坐标（-0.25 0.5 0.5）就相当于（0.75 0.5 0.5）。
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6楼2010-11-11 22:24:27
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Me卓

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by stractor at 2010-11-11 22:24:27:
VASP处理周期体系，负分数坐标没问题，例如分数坐标（-0.25 0.5 0.5）就相当于（0.75 0.5 0.5）。

谢谢你通俗易懂的解释
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7楼2010-11-11 22:36:54
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qiqi2926

铜虫 (小有名气)
★ ★
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sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-11-12 10:04:45
周期性的晶体，他会把负坐标转换为正坐标的（所以没问题，可以这样写）
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8楼2010-11-12 09:27:33
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gleerat

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-11-13 14:48:05
负值是可以的，对称性检查会把负值换算到晶体的合理位置（周期性平移）。实际上，我用MS导出来的坐标文件中就含了很多负值，但是计算过后在OUTCAR中可以找到非负值的坐标或者基矢。
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明察、慎思、笃行
9楼2010-11-13 12:49:20
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