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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助成功】段错误的解决方法是不是只有重新编译
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Prettyswan

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助成功】段错误的解决方法是不是只有重新编译

引用回帖:
Originally posted by hedaors at 2010-11-10 22:55:58:
Ba 的原子要比 Ca 的多很多，内存就可能不够。
这个在要求精度不变的情况下，只能牺牲速度，你用的是几个核心？你只用一个核心提交任务试试，应该没问题。

我使用两个进程提交任务，提示虚拟内存不足；使用了一个进程进行计算，发现计算会很快退出并提示段错误，不管是并行（使用IFC）还是串行（使用gfortran）
引用回帖:
running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
vasp.4.6.28 25Jul05 complex
POSCAR found :  4 types and   80 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: wrap around errors must be expected
[node11:02919] *** Process received signal ***
[node11:02919] Signal: Segmentation fault (11)
[node11:02919] Signal code: Address not mapped (1)
[node11:02919] Failing at address: 0x351761ab8
[node11:02919] [ 0] /lib64/tls/libpthread.so.0 [0x317210c430]
[node11:02919] [ 1] /home/software/openmpi-1.2.2-intel9/lib/libopen-pal.so.0 [0x2a966ea7f0]
[node11:02919] [ 2] /home/software/openmpi-1.2.2-intel9/lib/libopen-pal.so.0(_int_malloc+0x627) [0x2a966ea07f]
[node11:02919] [ 3] /home/software/openmpi-1.2.2-intel9/lib/libopen-pal.so.0(malloc+0x67) [0x2a966e93bf]
[node11:02919] [ 4] /home/bin/vasp.openmpi(for_allocate+0x89) [0x699c01]
[node11:02919] [ 5] /home/bin/vasp.openmpi(wave_mp_allocw_+0x2c7) [0x4a9977]
[node11:02919] [ 6] /home/bin/vasp.openmpi(MAIN__+0x1504d) [0x428b8d]
[node11:02919] [ 7] /home/bin/vasp.openmpi(main+0x32) [0x413b2a]
[node11:02919] [ 8] /lib64/tls/libc.so.6(__libc_start_main+0xdb) [0x317161c3fb]
[node11:02919] [ 9] /home/bin/vasp.openmpi [0x413a6a]
[node11:02919] *** End of error message ***
mpirun noticed that job rank 0 with PID 2919 on node node11 exited on signal 11 (Segmentation fault).

我看到有帖子说是编译器的问题
引用回帖:
Originally posted by hakuna at 2010-10-27 16:29:54:
我16G内存也会出现这问题！
你大概是用intel的编译器干活的，当体系一大，刚进入主循环就会退出来，并提示上面的错误！前面提到降低截断能、减少K点主要是降低内存的消耗，如果是这样的的话，那便是内存溢出了，原因在于编译时INTEL默认将缓存写在堆栈里，堆栈小时便会出现上述错误，你可以尝试在编译VASP时，在FFLAGS里加上参数-heap-arrays  64试试看，如果还不行的话，就换一下编译器，PGI应该会好点。
祝你好运！别忘了报道一下你的结果啊

也有用修改计算精度的
引用回帖:
Originally posted by xianggui7895 at 2010-10-31 19:31:46:
你说的应该是正解。现在我找到一条折衷的解决方法，就是把PREC设为Medium之后就能算了，之前用的是PREC=Accurate……
[ Last edited by xian ...

但是我发现，我改动Medium是不行的，还是段错误。那么是不是对于段错误来说唯一的正确的解决方法就是重新编译？

[ Last edited by Prettyswan on 2010-11-16 at 17:46 ]
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1楼 2010-11-11 09:04:27
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ym23(金币+1):也是啊 2010-11-11 10:35:46
Prettyswan(金币+3): 2010-11-11 15:10:46
是的。唯一的正确的解决方法就是重新编译
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-11-11 10:04:48
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Prettyswan

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2010-11-11 10:04:48:
是的。唯一的正确的解决方法就是重新编译

引用回帖:
Originally posted by hakuna at 2010-10-27 16:29:54:
我16G内存也会出现这问题！
你大概是用intel的编译器干活的，当体系一大，刚进入主循环就会退出来，并提示上面的错误！前面提到降低截断能、减少K点主要是降低内存的消耗，如果是这样的的话，那便是内存溢出了，原因在于编译时INTEL默认将缓存写在堆栈里，堆栈小时便会出现上述错误，你可以尝试在编译VASP时，在FFLAGS里加上参数-heap-arrays  64试试看，如果还不行的话，就换一下编译器，PGI应该会好点。
祝你好运！别忘了报道一下你的结果啊

在对FFLAGS加参数“-heap -arrays 64”时，64与-heap -arrays之间是什么关系？是两个参数么？
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3楼2010-11-11 22:12:15
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