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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】请教卟吩环的问题
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zhou2009

版主 (著名写手)

[交流] 【求助】请教卟吩环的问题 已有3人参与

请教虫友：

卟吩加上支链变成卟啉，卟啉再加上支链加上镁变成叶绿素，这期间进行结构优化，原始的卟吩环在结构上变化大吗？键长、键角变化有多大？

即能否固定原始的卟吩环的坐标不变，而只优化随后加上去的支链？
也即虽然原始的卟吩环的坐标不能变，但它的影响甚小，电荷分布还是会随着加上去的支链而变化，使卟吩环的坐标不能变转化为系统误差？
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1楼 2010-11-09 15:54:11
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
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zhou2009(金币+2): 2010-11-09 16:06:45
这样做完全可以，卟吩环本身是一个非常刚性的大环共轭体系。加一个支链取代基很难改变卟吩环的结构，因此您设想的这种方法是完全可以接受的
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2楼2010-11-09 16:01:31
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ykwang

金虫 (正式写手)
★ ★
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zhou2009(金币+1): 2010-11-09 16:58:53
所述方法毫无疑问可以用来加快分子稳定构型的搜索。但用这一方法得到整个大分子的稳定构型后，还得作一次全局优化，否则就得看审稿人的脸色啦（我有一位同事就遇到过这样的问题）。
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Nothing_Is_Impossible!
3楼2010-11-09 16:33:09
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
★ ★ ★
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zhou2009(金币+2): 2010-11-09 16:57:21
不知道总的计算体系有多少原子 多少重原子，LZ所述方法在我看来适合机理猜测以及印证实验，如果真的要发文章的话，建议你对全模型进行计算，减少计算量的方法可以通过使用混合基组，ONIOM等完成。高档次的杂志，reviewer很挑剔。
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惺惺相惜情不自禁
4楼2010-11-09 16:46:51
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