应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】遇见很让我纠结的事情。。。。。
141/2返回列表12下一页
查看: 1041  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yidaqunyan

木虫 (正式写手)

博士

[交流] 【求助/交流】遇见很让我纠结的事情。。。。。

遇到一件很纠结的事情，基因分离的文章对基因功能的描述，竟然和上传至genebank的结果不一致，不知道是我错了还是作者错了。
文章题目《Identification and In Vivo Functional Analysis by Gene Disruption
of ctnA, an Activator Gene Involved in Citrinin Biosynthesis in Monascus purpureus》
前言：Citrinin, a secondary fungal metabolite of polyketide origin, is moderately nephrotoxic to vertebrates, including humans. From the red-pigment producer Monascus purpureus, a 21-kbp region flanking pksCT, which encodes citrinin polyketide synthase, was cloned. Four open reading frames (ORFs) (orf1, orf2, orf3, and orf4) in the 5′-flanking region and one ORF (orf5) in the 3′-flanking region were identified in the vicinity of pksCT. orf1 to orf5 encode a homolog of a dehydrogenase (similarity, 46%), a regulator (similarity, 38%), an oxygenase (similarity, 41%), an oxidoreductase (similarity, 26%), and a transporter (similarity, 58%), respectively. orf2 (2,006 bp with four introns) encodes a 576-amino-acid protein containing a typical Zn(II)2Cys6 DNA binding motif at the N terminus and was designated ctnA. Although reverse transcriptase PCR analysis revealed that all of these ORFs, except for orf1, were transcribed with pksCT under citrinin production conditions, the disruption of ctnA caused large decreases in the transcription of pksCT and orf5, together with reduction of citrinin production to barely detectable levels, suggesting that these two genes are under control of the ctnA product. Complementation of the ctnA disruptant with intact ctnA on an autonomously replicating plasmid restored both transcription and citrinin production, indicating that CtnA is a major activator of citrinin biosynthesis.
全文链接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1950990/
前言分明提到“indicating that CtnA is a major activator of citrinin biosynthesis.
”整个文章中也是在说CtnA基因是activator
可是在作者提交的genebank里面http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/106879076
是这么说明的“Monascus purpureus orf1, ctnR, ctnA, ctnB, ctnC genes for dehydrogenase, citrinin biosynthesis transcriptional activator CtnR, citrinin biosynthesis oxygenase CtnA, citrinin biosynthesis oxydoreductase CtnB, citrinin biosynthesis transporter CtnC, complete cds”     CtnA又成了“citrinin biosynthesis oxygenase ”。。。。。我纠结了，虽然GenBank里面的activator和文章中的同样都是orf2，但是毕竟在文章里orf2是CtnA，但是在Genbank里面orf3是CtnA。。。真正的actvator到底是谁呢？
感觉小日本太坏了。这篇文章里面公布的引物就是错误的。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
不孝有三，读博为大！
1楼 2010-11-03 22:01:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yidaqunyan

木虫 (正式写手)

博士
诶。。一天了，为啥没人理我呢。。纠结了、、、
赞一下 回复此楼
不孝有三，读博为大！
2楼2010-11-04 20:48:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)
★
scelab(金币+1):欢迎多来交流！:tiger06: 2010-11-04 23:24:10
yidaqunyan(金币+1):谢谢你，朋友 2010-11-05 09:44:49
genbank的错误本来就很多。何必纠结呢。
。好比你看到大马路上别人扔了个可乐瓶，就说大马路多么不好。。。然后问别人为什么会有这个可乐瓶。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-11-04 22:58:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

snoopyzxx

木虫 (著名写手)
★
dhd997(金币+1):热心鼓励。 2010-11-05 08:37:32
yidaqunyan(金币+2):谢谢您的提示，， 2010-11-05 09:46:20
还有很多质量更高的数据库，里面的数据是别人验证过的，比如uniprot。等。
仅供参考。

Genbank貌似不对数据真实性进行判断。比如说，你得到一个数据，想让全世界知道你做了这个事情，同时也希望同行对此进行评判，就可以提交到genbank。
赞一下(1人) 回复此楼
生物资源交流QQ群：1044518333
4楼2010-11-05 01:16:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

plantaqp

金虫 (正式写手)
yidaqunyan(金币+1):谢谢你的交流 2010-11-05 09:47:19
发表的东西靠不住也正常
赞一下 回复此楼
5楼2010-11-05 03:00:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhengchao0008

木虫 (小有名气)
yidaqunyan(金币+1):谢谢鼓励 2010-11-05 09:47:28
相信自己，重复几次！
赞一下 回复此楼
6楼2010-11-05 08:20:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jhu132llh

荣誉版主 (知名作家)

大洪
yidaqunyan(金币+1):谢谢你，看来你也是深受其害。。 2010-11-05 09:47:48
Genbank上的东西本来就是各自上传的，所以良莠不齐的，出错也是常见的事情。
话说小日本确实挺坏的，老有这种事情出现在他们的文章里
赞一下 回复此楼
青春的岁月，我们身不由己，只因这胸中燃烧的梦想！
7楼2010-11-05 09:36:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yidaqunyan

木虫 (正式写手)

博士
引用回帖:
Originally posted by yixuanwin at 2010-11-04 22:58:27:
genbank的错误本来就很多。何必纠结呢。
。好比你看到大马路上别人扔了个可乐瓶，就说大马路多么不好。。。然后问别人为什么会有这个可乐瓶。

关键是我真的不知道究竟应该相信哪个。。。。这对我下一步研究很重要诶~
赞一下 回复此楼
不孝有三，读博为大！
8楼2010-11-05 09:45:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yidaqunyan

木虫 (正式写手)

博士
引用回帖:
Originally posted by snoopyzxx at 2010-11-05 01:16:26:
还有很多质量更高的数据库，里面的数据是别人验证过的，比如uniprot。等。
仅供参考。

Genbank貌似不对数据真实性进行判断。比如说，你得到一个数据，想让全世界知道你做了这个事情，同时也希望同行对此进行评 ...

我会尝试下别的数据库的。。
赞一下 回复此楼
不孝有三，读博为大！
9楼2010-11-05 09:46:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yidaqunyan

木虫 (正式写手)

博士
引用回帖:
Originally posted by jhu132llh at 2010-11-05 09:36:37:
Genbank上的东西本来就是各自上传的，所以良莠不齐的，出错也是常见的事情。
话说小日本确实挺坏的，老有这种事情出现在他们的文章里

还是那句话，关键是我不知道，文章和genbank究竟要相信哪个。。
赞一下 回复此楼
不孝有三，读博为大！
10楼2010-11-05 09:48:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yidaqunyan 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭