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yidaqunyan木虫 (正式写手)
博士
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[交流]
【求助/交流】遇见很让我纠结的事情。。。。。
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遇到一件很纠结的事情，基因分离的文章对基因功能的描述，竟然和上传至genebank的结果不一致，不知道是我错了还是作者错了。 文章题目《Identification and In Vivo Functional Analysis by Gene Disruption of ctnA, an Activator Gene Involved in Citrinin Biosynthesis in Monascus purpureus》 前言：Citrinin, a secondary fungal metabolite of polyketide origin, is moderately nephrotoxic to vertebrates, including humans. From the red-pigment producer Monascus purpureus, a 21-kbp region flanking pksCT, which encodes citrinin polyketide synthase, was cloned. Four open reading frames (ORFs) (orf1, orf2, orf3, and orf4) in the 5′-flanking region and one ORF (orf5) in the 3′-flanking region were identified in the vicinity of pksCT. orf1 to orf5 encode a homolog of a dehydrogenase (similarity, 46%), a regulator (similarity, 38%), an oxygenase (similarity, 41%), an oxidoreductase (similarity, 26%), and a transporter (similarity, 58%), respectively. orf2 (2,006 bp with four introns) encodes a 576-amino-acid protein containing a typical Zn(II)2Cys6 DNA binding motif at the N terminus and was designated ctnA. Although reverse transcriptase PCR analysis revealed that all of these ORFs, except for orf1, were transcribed with pksCT under citrinin production conditions, the disruption of ctnA caused large decreases in the transcription of pksCT and orf5, together with reduction of citrinin production to barely detectable levels, suggesting that these two genes are under control of the ctnA product. Complementation of the ctnA disruptant with intact ctnA on an autonomously replicating plasmid restored both transcription and citrinin production, indicating that CtnA is a major activator of citrinin biosynthesis. 全文链接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1950990/ 前言分明提到“indicating that CtnA is a major activator of citrinin biosynthesis. ”整个文章中也是在说CtnA基因是activator 可是在作者提交的genebank里面http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/106879076 是这么说明的“Monascus purpureus orf1, ctnR, ctnA, ctnB, ctnC genes for dehydrogenase, citrinin biosynthesis transcriptional activator CtnR, citrinin biosynthesis oxygenase CtnA, citrinin biosynthesis oxydoreductase CtnB, citrinin biosynthesis transporter CtnC, complete cds” CtnA又成了“citrinin biosynthesis oxygenase ”。。。。。我纠结了，虽然GenBank里面的activator和文章中的同样都是orf2，但是毕竟在文章里orf2是CtnA，但是在Genbank里面orf3是CtnA。。。真正的actvator到底是谁呢？ 感觉小日本太坏了。这篇文章里面公布的引物就是错误的。。 |
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