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lvyanni

金虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】【求助同源模建用ram图分析后达到多少值优化才有意义?】

各位好:
       我想请问下我是swiss prot同源模建后,马上用ram图分析后,值为77.1,这个值并不高,请问接着就马上优化是否有意义,还是说这样子的值说明了结构本身有问题了,要优化到90以上可能吗?
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-11-01 18:38:24
lvyanni(金币+6): 2010-11-05 08:41:40
lvyanni(金币+12): 2010-11-23 16:37:00
首先要看你的蛋白序列和模板蛋白序列的一致性,如果大于35%用同源模建才能达到比较好的效果,在此基础上,序列一致性越大越好。通过能量最小化或者分子动力学有可能能达到更大的RAM值,但是能提高多少不好说,此外,RAM只是一个指标,高的话未必代表结构接近真实结构,而只能说二面角符合统计学标准
2楼2010-11-01 09:44:52
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