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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】【求助同源模建用ram图分析后达到多少值优化才有意义？】
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lvyanni

金虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】【求助同源模建用ram图分析后达到多少值优化才有意义？】

各位好：
       我想请问下我是swiss prot同源模建后，马上用ram图分析后，值为77.1，这个值并不高，请问接着就马上优化是否有意义，还是说这样子的值说明了结构本身有问题了，要优化到90以上可能吗？
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1楼 2010-11-01 08:10:52
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-11-01 18:38:24
lvyanni(金币+6): 2010-11-05 08:41:40
lvyanni(金币+12): 2010-11-23 16:37:00
首先要看你的蛋白序列和模板蛋白序列的一致性，如果大于35%用同源模建才能达到比较好的效果，在此基础上，序列一致性越大越好。通过能量最小化或者分子动力学有可能能达到更大的RAM值，但是能提高多少不好说，此外，RAM只是一个指标，高的话未必代表结构接近真实结构，而只能说二面角符合统计学标准
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2楼2010-11-01 09:44:52
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