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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】MS中分子动力学计算
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咖啡喝不醉

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】MS中分子动力学计算 已有9人参与

MS 中分子动力学计算方面在进行NPT动力学模拟的时候，运行了很久之后结果以失败而告终。请问问题可能出现在哪里呢？
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1楼 2010-10-21 08:56:35
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
16楼: Originally posted by lanchunlan at 2014-04-15 22:09:00
问一下，若是想做一个带正电荷的有机溶剂，并且几何优化，应该怎么办啊？例如，N上少了一个H，显+1价，计算的时候应该怎么弄啊？

如果是做MD，并且有力场涵盖该基团，力场会自动分配电荷
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
18楼2014-04-16 14:26:40
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lianglinlin

金虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-21 16:02:16
你可以去out结果中查看，里面会写出错的原因的
赞一下(3人) 回复此楼
2楼2010-10-21 09:50:28
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amynihao

金虫 (正式写手)

寂寞大虫
★
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-21 16:02:23
或者换个力场再试试
赞一下(2人) 回复此楼
不是要做一个单纯优秀的人，而是要做一个不可替代的人。
3楼2010-10-21 10:22:26
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xjw040

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-26 07:56:22
可能是你的能量tolerance的值有关。最好设置得大些!
赞一下(3人) 回复此楼
4楼2010-10-26 07:33:36
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