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qphll金虫 (正式写手)
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[交流]
【求助成功】VASP POSCAR 关于模拟盒子大小 求助一下
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有个VASP的问题求助一下, 从文献SupportInformation得到的POSCAR文件. 我在尝试相同的结构, 但是现在关于计算盒子的大小, 我有个疑惑. 这个结构是一个 MOF 结构, 本身该MOF是一个cubic的unit cell, 但是由于计算时间的考虑, 在实际的计算中使用的是其rhombohedral primitive cell (a=b=c, alpha=beta=gamma=60 degree). 那个POSCAR文件的头几行是这样的: CuBTC 156 atom cell 1.00000 0.0000000000000000 13.15720000000000 13.157200000000000 13.157200000000000 0.000000000000000 13.157200000000000 13.157200000000000 13.15720000000000 0.0000000000000000 按照我的理解, 它的意思是 模拟盒子的大小为a=b=c=13.1582 angstrom. (这个理解对吗??) 但是我在VMD中将这个结构按照文件类型为'VASP POSCAR'导入, 然后在Tk Console里面输入命令: pbc box显示周期性边界, 然后继续输入命令: pbc get, 我得到的信息是: {18.607090, 18.607090, 18.607090, 60.0, 60.0, 60.0}, 也就是说在VMD下, 这个模拟盒子的大小为a=b=c=18.607090 angstrom. 我之所以有一个问题, 是在那篇文献中, 作者最后得到的lattice parameter a0 = 26.51angstrom. (我想作者这里指的应该是该MOF的unit cell的lattice parameter), 和实验值 26.224 angstrom较吻合. 我自己在MS中按照原始文献将该MOF的Unit cell画了出来, 其lattice parameter为26.343 angstrom, 然后我在MS里面生成其primitive cell, 对应的盒子大小为: a=b=c =18.627314 angstrom. 因此这个周期性盒子的信息, 到底哪个是正确的呢? 13.1582 or 18.607090? 多谢! 完整的POSCAR文件内容如下: CuBTC 156 atom cell 1.00000 0.0000000000000000 13.15720000000000 13.157200000000000 13.157200000000000 0.000000000000000 13.157200000000000 13.157200000000000 13.15720000000000 0.0000000000000000 72 12 24 48 Selective dynamics Direct 0.9763986 0.4302246 0.1623322 t t t 0.9763986 0.1623322 0.4302246 t t t 0.9763986 0.4302246 0.4302246 t t t 0.9699994 0.4306274 0.2992766 t t t 0.9699994 0.2992766 0.4306274 t t t 0.9699994 0.2992766 0.2992766 t t t 0.9695054 0.3865398 0.256595 t t t 0.9695054 0.3865398 0.3865398 t t t 0.9695054 0.256595 0.3865398 t t t 0.8372578 0.5693654 0.0231914 t t t 0.8372578 0.0231914 0.5693654 t t t 0.8372578 0.5693654 0.5693654 t t t 0.742995 0.6130502 0.0300846 t t t 0.742995 0.6130502 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