| 查看: 890 | 回复: 2 | |||
qphll金虫 (正式写手)
|
[交流]
【求助成功】VASP POSCAR 关于模拟盒子大小 求助一下
|
|
有个VASP的问题求助一下, 从文献SupportInformation得到的POSCAR文件. 我在尝试相同的结构, 但是现在关于计算盒子的大小, 我有个疑惑. 这个结构是一个 MOF 结构, 本身该MOF是一个cubic的unit cell, 但是由于计算时间的考虑, 在实际的计算中使用的是其rhombohedral primitive cell (a=b=c, alpha=beta=gamma=60 degree). 那个POSCAR文件的头几行是这样的: CuBTC 156 atom cell 1.00000 0.0000000000000000 13.15720000000000 13.157200000000000 13.157200000000000 0.000000000000000 13.157200000000000 13.157200000000000 13.15720000000000 0.0000000000000000 按照我的理解, 它的意思是 模拟盒子的大小为a=b=c=13.1582 angstrom. (这个理解对吗??) 但是我在VMD中将这个结构按照文件类型为'VASP POSCAR'导入, 然后在Tk Console里面输入命令: pbc box显示周期性边界, 然后继续输入命令: pbc get, 我得到的信息是: {18.607090, 18.607090, 18.607090, 60.0, 60.0, 60.0}, 也就是说在VMD下, 这个模拟盒子的大小为a=b=c=18.607090 angstrom. 我之所以有一个问题, 是在那篇文献中, 作者最后得到的lattice parameter a0 = 26.51angstrom. (我想作者这里指的应该是该MOF的unit cell的lattice parameter), 和实验值 26.224 angstrom较吻合. 我自己在MS中按照原始文献将该MOF的Unit cell画了出来, 其lattice parameter为26.343 angstrom, 然后我在MS里面生成其primitive cell, 对应的盒子大小为: a=b=c =18.627314 angstrom. 因此这个周期性盒子的信息, 到底哪个是正确的呢? 13.1582 or 18.607090? 多谢! 完整的POSCAR文件内容如下: CuBTC 156 atom cell 1.00000 0.0000000000000000 13.15720000000000 13.157200000000000 13.157200000000000 0.000000000000000 13.157200000000000 13.157200000000000 13.15720000000000 0.0000000000000000 72 12 24 48 Selective dynamics Direct 0.9763986 0.4302246 0.1623322 t t t 0.9763986 0.1623322 0.4302246 t t t 0.9763986 0.4302246 0.4302246 t t t 0.9699994 0.4306274 0.2992766 t t t 0.9699994 0.2992766 0.4306274 t t t 0.9699994 0.2992766 0.2992766 t t t 0.9695054 0.3865398 0.256595 t t t 0.9695054 0.3865398 0.3865398 t t t 0.9695054 0.256595 0.3865398 t t t 0.8372578 0.5693654 0.0231914 t t t 0.8372578 0.0231914 0.5693654 t t t 0.8372578 0.5693654 0.5693654 t t t 0.742995 0.6130502 0.0300846 t t t 0.742995 0.6130502 0.6130502 t t t 0.742995 0.0300846 0.6130502 t t t 0.7003134 0.7003134 0.0295906 t t t 0.7003134 0.7003134 0.5689626 t t t 0.7003134 0.5689626 0.7003134 t t t 0.7003134 0.0295906 0.7003134 t t t 0.7003134 0.5689626 0.0295906 t t t 0.7003134 0.0295906 0.5689626 t t t 0.6130502 0.742995 0.0300846 t t t 0.6130502 0.742995 0.6130502 t t t 0.6130502 0.6130502 0.0300846 t t t 0.6130502 0.6130502 0.742995 t t t 0.6130502 0.0300846 0.6130502 t t t 0.6130502 0.0300846 0.742995 t t t 0.5693654 0.8372578 0.5693654 t t t 0.5693654 0.5693654 0.0231914 t t t 0.5693654 0.5693654 0.8372578 t t t 0.5693654 0.0231914 0.5693654 t t t 0.5693654 0.8372578 0.0231914 t t t 0.5693654 0.0231914 0.8372578 t t t 0.5689626 0.7003134 0.0295906 t t t 0.5689626 0.0295906 0.7003134 t t t 0.5689626 0.7003134 0.7003134 t t t 0.4306274 0.9699994 0.2992766 t t t 0.4306274 0.2992766 0.9699994 t t t 0.4306274 0.2992766 0.2992766 t t t 0.4302246 0.9763986 0.4302246 t t t 0.4302246 0.4302246 0.1623322 t t t 0.4302246 0.4302246 0.9763986 t t t 0.4302246 0.1623322 0.4302246 t t t 0.4302246 0.9763986 0.1623322 t t t 0.4302246 0.1623322 0.9763986 t t t 0.3865398 0.9695054 0.256595 t t t 0.3865398 0.256595 0.9695054 t t t 0.3865398 0.9695054 0.3865398 t t t 0.3865398 0.3865398 0.256595 t t t 0.3865398 0.3865398 0.9695054 t t t 0.3865398 0.256595 0.3865398 t t t 0.2992766 0.9699994 0.2992766 t t t 0.2992766 0.4306274 0.2992766 t t t 0.2992766 0.2992766 0.4306274 t t t 0.2992766 0.2992766 0.9699994 t t t 0.2992766 0.9699994 0.4306274 t t t 0.2992766 0.4306274 0.9699994 t t t 0.256595 0.3865398 0.3865398 t t t 0.256595 0.9695054 0.3865398 t t t 0.256595 0.3865398 0.9695054 t t t 0.1623322 0.9763986 0.4302246 t t t 0.1623322 0.4302246 0.9763986 t t t 0.1623322 0.4302246 0.4302246 t t t 0.0300846 0.6130502 0.6130502 t t t 0.0300846 0.742995 0.6130502 t t t 0.0300846 0.6130502 0.742995 t t t 0.0295906 0.7003134 0.5689626 t t t 0.0295906 0.5689626 0.7003134 t t t 0.0295906 0.7003134 0.7003134 t t t 0.0231914 0.8372578 0.5693654 t t t 0.0231914 0.5693654 0.8372578 t t t 0.0231914 0.5693654 0.5693654 t t t 0.5655692 0.4340208 0 t t t 0.5655692 0 0 t t t 0.5655692 0 0.4340208 t t t 0.4340208 0.5655692 0 t t t 0.4340208 0 0 t t t 0.4340208 0 0.5655692 t t t 0 0.5655692 0.4340208 t t t 0 0.5655692 0 t t t 0 0.4340208 0.5655692 t t t 0 0.4340208 0 t t t 0 0 0.5655692 t t t 0 0 0.4340208 t t t 0.9721958 0.2662926 0.2662926 t t t 0.9721958 0.494399 0.2662926 t t t 0.9721958 0.2662926 0.494399 t t t 0.7332974 0.505191 0.0273942 t t t 0.7332974 0.0273942 0.505191 t t t 0.7332974 0.7332974 0.0273942 t t t 0.7332974 0.7332974 0.505191 t t t 0.7332974 0.505191 0.7332974 t t t 0.7332974 0.0273942 0.7332974 t t t 0.505191 0.7332974 0.7332974 t t t 0.505191 0.7332974 0.0273942 t t t 0.505191 0.0273942 0.7332974 t t t 0.494399 0.2662926 0.2662926 t t t 0.494399 0.9721958 0.2662926 t t t 0.494399 0.2662926 0.9721958 t t t 0.2662926 0.9721958 0.494399 t t t 0.2662926 0.494399 0.9721958 t t t 0.2662926 0.9721958 0.2662926 t t t 0.2662926 0.494399 0.2662926 t t t 0.2662926 0.2662926 0.494399 t t t 0.2662926 0.2662926 0.9721958 t t t 0.0273942 0.7332974 0.7332974 t t t 0.0273942 0.7332974 0.505191 t t t 0.0273942 0.505191 0.7332974 t t t 0.9791992 0.5087896 0.38684 t t t 0.9791992 0.5087896 0.1243512 t t t 0.9791992 0.38684 0.5087896 t t t 0.9791992 0.1243512 0.5087896 t t t 0.9791992 0.38684 0.1243512 t t t 0.9791992 0.1243512 0.38684 t t t 0.8752388 0.61275 0.0203908 t t t 0.8752388 0.61275 0.4908004 t t t 0.8752388 0.4908004 0.61275 t t t 0.8752388 0.0203908 0.61275 t t t 0.8752388 0.4908004 0.0203908 t t t 0.8752388 0.0203908 0.4908004 t t t 0.61275 0.8752388 0.0203908 t t t 0.61275 0.8752388 0.4908004 t t t 0.61275 0.4908004 0.8752388 t t t 0.61275 0.0203908 0.8752388 t t t 0.61275 0.4908004 0.0203908 t t t 0.61275 0.0203908 0.4908004 t t t 0.5087896 0.9791992 0.38684 t t t 0.5087896 0.9791992 0.1243512 t t t 0.5087896 0.38684 0.9791992 t t t 0.5087896 0.1243512 0.9791992 t t t 0.5087896 0.38684 0.1243512 t t t 0.5087896 0.1243512 0.38684 t t t 0.4908004 0.61275 0.0203908 t t t 0.4908004 0.0203908 0.61275 t t t 0.4908004 0.8752388 0.0203908 t t t 0.4908004 0.0203908 0.8752388 t t t 0.4908004 0.8752388 0.61275 t t t 0.4908004 0.61275 0.8752388 t t t 0.38684 0.5087896 0.1243512 t t t 0.38684 0.1243512 0.5087896 t t t 0.38684 0.9791992 0.1243512 t t t 0.38684 0.1243512 0.9791992 t t t 0.38684 0.9791992 0.5087896 t t t 0.38684 0.5087896 0.9791992 t t t 0.1243512 0.9791992 0.38684 t t t 0.1243512 0.38684 0.9791992 t t t 0.1243512 0.5087896 0.38684 t t t 0.1243512 0.38684 0.5087896 t t t 0.1243512 0.9791992 0.5087896 t t t 0.1243512 0.5087896 0.9791992 t t t 0.0203908 0.8752388 0.4908004 t t t 0.0203908 0.4908004 0.8752388 t t t 0.0203908 0.61275 0.4908004 t t t 0.0203908 0.4908004 0.61275 t t t 0.0203908 0.8752388 0.61275 t t t 0.0203908 0.61275 0.8752388 t t t [ Last edited by qphll on 2010-9-28 at 21:07 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
全日制（定向）博士
已经有5人回复
-
假如你的研究生提出不合理要求
已经有10人回复
-
萌生出自己或许不适合搞科研的想法，现在跑or等等看？
已经有4人回复
-
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有4人回复
-
参与限项
已经有3人回复
-
实验室接单子
已经有4人回复
-
对氯苯硼酸纯化
已经有3人回复
-
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？
已经有12人回复
-
所感
已经有4人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复
hgye
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1406
- 帖子: 180
- 在线: 46.1小时
- 虫号: 461024
- 注册: 2007-11-18
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
2楼2010-09-28 14:05:00
fanchen021
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 7 (幼儿园)
- 金币: 7994.9
- 散金: 1844
- 红花: 4
- 帖子: 776
- 在线: 569小时
- 虫号: 773188
- 注册: 2009-05-18
- 专业: 理论和计算化学
3楼2010-09-28 14:12:58