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lovemydog

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】DMOL3搜索过渡态计算失败——关于虚频

前两天使用DMOL3做了一个过渡态搜索,在对生成的过渡态进行frequency计算(vibration analysis)后,发现有很多虚频,请问下大家该怎么样消掉虚频呢?有没有一些具体的方法或者参考资料都行。另外在计算的时候如果发现在进行vibration analysis后没有虚频该怎么办?
希望大家能给点意见和指导,先谢谢大家了   

[ Last edited by lovemydog on 2010-9-24 at 21:14 ]
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18796262890

新虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by jinna319 at 2014-10-22 11:26:57
你好!你说的第三步过渡态验证,使用的文件是search后的那个xtd文件,还是优化后的xtd文件?...

请问楼主用哪个呢
18楼2017-09-21 19:41:01
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查看全部 21 个回答

qiangwxr

木虫 (小有名气)


★ ★ ★
lovemydog(金币+1):谢谢参与
lovemydog(金币+1): 2010-09-29 10:16:51
aylayl08(金币+2):谢谢解释 2010-09-29 12:21:46
1. “在对生成的过渡态进行frequency计算(vibration analysis)后”,你具体是怎么进行frequency计算?是DMol3 Energy计算时选上frequency吗?还是直接用菜单Tool-vibration analysis?
2. 如果没有用DMol3等模块计算过频率,直接分析的话似乎强度都是零。
3. 出现虚频,好像是观看虚频对应的振动方向,然后调整分子结构。
4楼2010-09-29 08:20:31
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lovemydog

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by qiangwxr at 2010-09-29 08:20:31:
1. “在对生成的过渡态进行frequency计算(vibration analysis)后”,你具体是怎么进行frequency计算?是DMol3 Energy计算时选上frequency吗?还是直接用菜单Tool-vibration analysis?
2. 如果没有用DMol3等模 ...

非常感谢你的回答。
我在计算的frequency是用dmol3进行几何优化时性质栏勾选上的,而vibrational analysis就是对这个frequency分析。
按你说的,对应虚频的振动方向来调整分子结构有什么原则或规律指导么?或者什么方法?感觉实际操作每个准则啊
7楼2010-09-29 10:24:36
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homebaby

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
lovemydog(金币+1):谢谢参与
aylayl08(金币+2):谢谢讨论 2010-09-29 18:24:51
lovemydog(金币+1): 2010-09-30 09:25:53
我也在用dmol做过渡态,参照的是创腾公司的教程,1确定.产物反应物没有虚频2.过渡态搜索同时勾选Frequency3.分析过渡态的frequency,若不是只有一个虚频,就需要做TS Optimization 3.过渡态验证:TS confirmation. 我也是菜鸟,希望能对你有用。
8楼2010-09-29 15:53:49
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