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六块石头

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】怎样判断其是构型稳定的？急求 已有6人参与

各位大虾好，本人做的是酶反应机理，在PDB里面取出晶体结构，然后优化初始结构，我想知道我怎么知道得到的优化好的结构就是我需要的呢？有什么判断标准吗？
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1楼 2010-09-24 16:22:17
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husnjls

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
小红豆(金币+2):感谢交流 2010-09-25 16:14:25
看优化出来的结构有没有虚频
如果有虚频说明这个结构不是很稳定
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12楼2010-09-25 15:53:12
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
★
yjcmwgk(金币+1): 2010-09-24 22:23:04
引用回帖:
Originally posted by 六块石头 at 2010-09-24 16:22:17:
各位大虾好，本人做的是酶反应机理，在PDB里面取出晶体结构，然后优化初始结构，我想知道我怎么知道得到的优化好的结构就是我需要的呢？有什么判断标准吗？

优化结构与实验值相比较 相差不大就可以
赞一下(1人) 回复此楼
惺惺相惜情不自禁
3楼2010-09-24 21:42:51
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lingznpmg

铁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
小红豆(金币+3):感谢交流 2010-09-25 16:13:28
周期性模型的话，与实验值或前人的计算比较键长键角、磁距、能带等性质就可以。
团簇主要有键长键角、光谱项、能带等性质。

大家帮忙啊！
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-09-24 22:57:05
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六块石头

银虫 (小有名气)
★ ★
小红豆(金币+2):感谢分享 2010-09-25 16:13:47
我用的QM方法来模拟计算蛋白质机理，所以是用高斯来优化的
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6楼2010-09-25 10:23:45
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